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PRIMER CURSO DEL GRADO DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR

PRIMER CURSO DEL GRADO DE BIOTECNOLOGÍA

METODOLOGÍA

BIOQUÍMICA BÁSICA

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APUNTES

(CURSO 2017-2018)

 

TEMARIO

Tema 1.- Artículos y revistas científicas: Artículos científicos. Tipos de artículos. Tipos de revistas científicas. Factor de impacto. Revistas en formato electrónico. Estructura de un manuscrito científico. Cómo se publica un artículo de investigación.

Tema 2.- Búsqueda bibliográfica: Bases de datos de artículos científicos. MEDLINE, PubMed y PubMed Central. Estructura de un registro de MEDLINE. El motor de búsqueda de PubMed. Cómo conseguir una copia de un artículo científico. Bibliometría: Journal of Citation Reports y Science Citation Index.

Tema 3.- La investigación en bioquímica: El método científico. Planteamiento de una hipótesis. Diseño experimental. La metodología analítica. Tipos de experimentos. Fundamento de los métodos. El cuaderno de laboratorio. Tratamiento de los resultados. Elaboración de conclusiones. Consideraciones éticas. Niveles de experimentación en bioquímica: estudios con animales intactos, con órganos, tejidos o células aisladas. Estudios moleculares (estructurales o funcionales).

Tema 4.- Buenas prácticas en un laboratorio de bioquímica: Identificación de peligros (físicos, químicos, biológicos y radiológicos). Medidas de seguridad generales y personales. Normativas de seguridad. Comportamiento en situaciones de emergencia.

Tema 5.- Sistemas celulares: Cultivos celulares. Técnicas para la separación de diferentes tipos celulares (centrifugación, elutriación centrífuga, citometría de flujo). Cuantificación y viabilidad celular. El hemocitómetro. Líneas celulares.

Tema 6.- Fraccionamiento subcelular: Métodos para la homogeneización y obtención del extracto crudo. Centrifugación preparativa (diferencial y en gradiente de densidad). Enzimas marcadores para identificar los diversos orgánulos celulares. Viabilidad de los orgánulos. Centrifugación analítica.

Tema 7.- Cromatografía. Conceptos básicos y principios generales. Técnicas cromatográficas basadas en la polaridad (cromatografía líquido-sólido, cromatografía gas-líquido, cromatografía líquido-líquido). Técnicas cromatográficas basadas en la carga (cromatografía de intercambio iónico). Técnicas cromatográficas basadas en el tamaño (cromatografía de tamizado molecular). Cromatografía de afinidad.

Tema 8.- Técnicas electroforéticas. Conceptos básicos y principios generales. Soportes electroforéticos. Métodos de tinción. Electroforesis en gradiente. Electroforesis en gel de poliacrilamida en presencia de SDS. Isoelectroenfoque. Electroforesis bidimensional. Electroforesis capilar.

Tema 9.- Técnicas espectrofotométricas. Conceptos básicos y principios generales. Cromóforos en bioquímica. Coeficiente de absorción molar. La ley de Lambert-Beer. Instrumentación: espectroscopía visible y ultravioleta.

Tema 10.- Diseño de un ensayo enzimático. Métodos para la cuantificación de la actividad catalítica. Determinación experimental de los parámetros cinéticos.

Tema 11.- Técnicas radioquímicas. Átomos e isótopos. Desintegración radioactiva. Tipos de emisiones radioactivas. Unidades de radioactividad. Detección y medida de radioactividad.

Tema 12.- Técnicas inmunoquímicas. Anticuerpos. Interacción antígeno-anticuerpo. Anticuerpos policlonales y monoclonales. Marcaje de anticuerpos. Inmunoprecipitación. Inmunoensayos (RIA, IRMA, ELISA).

Tema 13.- Técnicas de hibridación. Desnaturalización y renaturalización del ADN. Efectos hipocrómico e hipercrómico. Preparación y marcaje de sondas. Hibridación de ácidos nucleicos. Reacción en cadena de la polimerasa (PCR). RTPCR. Chips de ADN.

Tema 14-. Técnicas de identificación (blotting). Conceptos básicos. Transferencia (blotting). Southern blot. Northern blot. Western-blot. Dot-blot.

ENLACES

El método definitivo para tomar notas a mano, según la Universidad de Cornell (El Confidencial del 21-1-2015) ()

CURSO DE BIOMOLÉCULAS EN INTERNET

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 1


Artículos y revistas científicas. Artículos científicos. Tipos de artículos. Tipos de revistas científicas. Factor de impacto. Revistas en formato electrónico. Estructura de un manuscrito científico. Cómo se publica un artículo de investigación.

APUNTES

Artículos científicos .........................................................................

ENLACES

1.- Instrucciones para los autores

2.- PubMed Central: Una base de datos de artículos científicos

3.- Science Direct (Gestor de acceso a las publicaciones científicas)

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 2


Búsqueda bibliográfica. Bases de datos de artículos científicos. MEDLINE, PubMed y PubMed Central. Estructura de un registro de MEDLINE. El motor de búsqueda de PubMed. Cómo conseguir una copia de un artículo científico. Bibliometría: Journal of Citation Reports y Science Citation Index.

APUNTES

Búsqueda bibliográfica .........................................................................

PRESENTACIONES

PubMed ..............................................................................................

Journal Citation Reports........................................................................

Science Citation Index...........................................................................

BIBLIOGRAFÍA

PubMed: The Bibliographic Database .............................................................................

PubMed Central (PMC): An Archive for Literature from Life Science Journals...................

Manual de uso de PubMed (En inglés, muy completo).......................................................

Ejemplo de carta para pedir un artículo a los autores ........................................................

ENLACES

1.- Búsqueda bibliográfica (la práctica de ordenador)

2.- PubMed -- Ayuda para utilizar PubMed -- Tutoriales de PubMed (Quick Tours)

3.- Ejemplo de un registro MEDLINE en PubMed

4.- Descripción de los campos de un registro PubMed (NCBI Web site)

5.- PubMed Central (Base de datos de artículos científicos)

6.- HighWire Press (otro buscador de bibliografía no muy conocido aún)

7.- Inicia una sesión en el Journal Citation Reports (JCR)

8.- Tutorial del JCR (en inglés)

9.- Inicia una sesión en el ISI Web of Science (Science Citation Index)

10.- SCOPUS

1.- Web of Science Quick Tour

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 3


El método científico en la investigación bioquímica. Planteamiento de una hipótesis. Diseño experimental. La metodología analítica. Tratamiento y evaluación de los resultados. Elaboración de conclusiones. Consideraciones éticas.

 

APUNTES

El método científico ........................................................................

El cuaderno de laboratorio ...............................................................

 

BIBLIOGRAFÍA

1.- El cuaderno de laboratorio ()

2.- Preparación de Informes y Cuadernos de Laboratorio ()

3.- Decálogo del cuaderno de laboratorio ()

4.- El cuaderno de laboratorio. Guía de buenas prácticas ()

 

ENLACES

1.- Wikipedia: El método científico - El método hipotético-deductivo -- Ciclo de la investigación científica -- El método empírico-analítico --

2.- Writing Up An Experiment

3.- Preparación de informes y cuaderno de laboratorio

4.- Utilización del cuaderno de laboratorio (Guía Básica)

5.- Pregnancy test animation

6.- Organismos modelo más estudiados en los laboratorios de bioquímica (CSIC)

7.- Artículo publicado en "El Confidencial" el 6-9-2015: "Así funciona el método científico: claves para que no te timen con un 'estudio' de chichinabo"

 

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 4


Buenas prácticas en un laboratorio de Bioquímica. Identificación de peligros (físicos, químicos, biológicos y radiológicos). Medidas de seguridad generales y personales. Normativas de seguridad. Comportamiento en situaciones de emergencia

APUNTES

Seguridad ()

Peligros químicos ()

PRESENTACIONES

Seguridad ()

Peligros físicos () Peligros causados por radiaciones () Peligros de los equipos de laboratorio ()

Peligros químicos () Peligro biológico 1 () - Peligro biológico 2 ()

 

BIBLIOGRAFÍA

Manual de Supervivencia en el laboratorios (Universidad de Alicante)..................

Manual de Seguridad y Salud en Laboratorios (Fremap) .....................................

Manual de Seguridad en Laboratorios Químicos (Panreac) ............................

Buenas Prácticas de laboratorio (CSIC)................................................................

Guía de Seguridad e Higiene en el Laboratorio (Universidad de Vigo) ..................

Manual de bioseguridad en el laboratorio (OMS) ..................................................

Bioseguridad en laboratorios de microbiología y biomedicina (CDC).....................

Cabinas de seguridad biológica: uso, desinfección y mantenimiento .......................

ENLACES

1.- Clasificación de los productos químicos en función de su peligrosidad

2.- Ejemplo de una ficha de datos de seguridad (ácido sulfúrico)

3.- Listado de Frases R y S ()

4.- Identificación de materiales peligrosos (rombo NFPA)

5.- Manual preventivo (Universidad Politécnica de Valencia) ()

6.- Manual de supervivencia en el laboratorio (Universidad de Alicante) ()

7.- UNL Chemistry Lab Safety Procedures

8.- Lab Safety Do's and Dont's for Students ()

9.- Pictogramas CLP - Reglamento CLP ()

10.- Biosafety in microbiological and biomedical laboratories (CDC)

11.- Recognizing the biosafety levels - Quick learn lesson (CDC)

12.- El laboratorio de biotecnología (monografías.com)

13.- Biosafety Level 4 Laboratory Tour

14.- Transporte de sustancias biológicas por carretera

 

VÍDEOS

1.- La seguridad en los laboratorios químicos

2.- Gestión de residuos en laboratorios químicos

3.- Safe handling of laboratory glassware

4.- Colección de vídeos sobre bioseguridad (en inglés)

5.- Take a look inside the world's most biosecure laboratory

6.- Working Safely BSC (Colección de 8 vídeos sobre CSB)

Working Safely BSC: Proper Preparation, Steps to Take Before You Begin Work (Chapter 3)
Take a look inside the world's most biosecure laboratory

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 5


Niveles de experimentación en Bioquímica. Estudios con animales intactos, con órganos, tejidos o células aisladas. Estudios moleculares (estructurales o funcionales). Sistemas celulares: Cultivos celulares, líneas celulares, separación de diferentes tipos celulares (centrifugación, elutriación centrífuga, citometría de flujo, etc). Cuantificación y viabilidad celular. El hemocitómetro.

APUNTES

Cultivos celulares ....................................

Separación de células ............................... (El Power Point incluye un video: video 1 )

Recuento de células y viabilidad ....................... (El Power Point incluye tres videos: vídeo 1 - video 2 - video 3 )

 

POWER POINTS

100 años de cultivos celulares (Cultek) -- Cultivos celulares --

 

ANIMACIONES

1.- Citometría de flujo y FACS

2.- Flow cytometry

3.- Introduction to flow cytometry (Web-based training)

 

ENLACES

1910 to 1923 - Carrel and the early days of tissue culture

Introducción al cultivo de tejidos -- Cultivo celular (Wikipedia) -- Cultivos celulares --

Tissue culture (what-when-how)

Cultivos celulares (pdf)(Cultek) -- Cultivos celulares (pdf) -- Cell culture (Cell Biology Wiki)

Cell Counter (Wikipedia) -- Hemocytometer (Wikipedia) -- Hemocytometer calculator

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

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Counting cells with a hemocytometer
Cell counting using the Trypan Blue Exclusion Method
Cell counting
Flow Cytometry
Citometría de flujo
Acoustic focusing
The two worlds of cell separation
Dynabeads©
MACS©

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 6


Fraccionamiento subcelular. Métodos para la homogeneización y obtención del extracto crudo. Centrifugación preparativa (diferencial y en gradiente de densidad). Enzimas marcadores para identificar los diversos orgánulos celulares. Viabilidad de los orgánulos. Centrifugación analítica.

 

MATERIAL BIBLIOGRÁFICO

Notas sobre Centrifugación (Universidad de Alcalá de Henares).......................................

Fraccionamiento subcelular (En inglés, pero muy bueno ) ...................................

Introduction to analytical centrifugation ...........................................................................

ANIMACIONES

1.- Animación sobre la separación de moléculas en un gradiente de densidad

2.- Animación de fraccionamiento celular. Excelente. Con sonido. En inglés.

3.- Animación del experimento de Meselson y Stahl. En este experimento biológico clásico, se utilizó la centrifugación en un gradiente de densidad de Cloruro de Cesio para demostrar que la replicación del DNA tenía lugar de forma semiconservativa.

 

ENLACES

1.- Cuestiones básicas sobre la centrifugación (en inglés)

2.- Calculadora que convierte las RPM en g y viceversa según el tipo de rotor - Otra calculadora (ENDMEMO)

3.- Centrifugation separations (Sidma-Aldlrich)

 

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 10


Diseño de un ensayo enzimático. Métodos para la cuantificación de la actividad catalítica. Determinación experimental de los parámetros cinéticos.

 

APUNTES SOBRE ENZIMAS

Enzimas ................