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1er CURSO DE GRADO DE BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR

1er CURSO DE GRADO DE BIOTECNOLOGÍA

METODOLOGÍA BIOQUÍMICA BÁSICA (CURSO 2014-2015)

(Pincha en cada tema para acceder al material de estudio)

TEMARIO

Tema 1.- Artículos y revistas científicas: estructura de un manuscrito científico. Cómo se escribe un artículo de investigación. Cómo se publica un artículo de investigación. Tipos de revistas científicas. El factor de impacto. Revistas en formato electrónico.

Tema 2.- Búsqueda bibliográfica: Bases de datos de artículos científicos. La base de datos PubMed. Estructura de un registro PubMed. El motor de búsqueda de PubMed. Estrategias de búsqueda. Bibliometría: Journal of Citation Reports y Science Citation Index.

Tema 3.- El método científico en la investigación bioquímica: planteamiento de una hipótesis. Diseño experimental. Tratamiento de los resultados. Elaboración de conclusiones. Consideraciones éticas.

Tema 4.- Buenas prácticas en un laboratorio de bioquímica: Identificación de peligros (físicos, químicos, biológicos y radiológicos). Medidas de seguridad generales y personales. Normativas de seguridad. Comportamiento en situaciones de emergencia.

Tema 5.- Niveles de experimentación en bioquímica: estudios con animales intactos, con órganos, tejidos o células aisladas. Estudios moleculares (estructurales o funcionales). Sistemas celulares. Técnicas para la separación de diferentes tipos celulares (centrifugación, elutriación centrífuga, citometría de flujo). Cultivos celulares. Cuantificación y viabilidad celular. Líneas celulares. Cuantificación y viabilidad celular. El hemocitómetro.

Tema 6.- Fraccionamiento subcelular: Métodos para la homogeneización y obtención del extracto crudo. Centrifugación preparativa (diferencial y en gradiente de densidad). Enzimas marcadores para identificar los diversos orgánulos celulares. Viabilidad de los orgánulos. Centrifugación analítica.

Tema 7.- Cromatografía. Conceptos básicos y principios generales. Técnicas cromatográficas basadas en la polaridad (cromatografía líquido-sólido, cromatografía gas-líquido, cromatografía líquido-líquido). Técnicas cromatográficas basadas en la carga (cromatografía de intercambio iónico). Técnicas cromatográficas basadas en el tamaño (cromatografía de tamizado molecular). Cromatografía de afinidad.

Tema 8.- Técnicas electroforéticas. Conceptos básicos y principios generales. Soportes electroforéticos. Métodos de tinción. Electroforesis en gradiente. Electroforesis en gel de poliacrilamida en presencia de SDS. Isoelectroenfoque. Electroforesis bidimensional. Electroforesis capilar.

Tema 9.- Técnicas espectrofotométricas. Conceptos básicos y principios generales. Cromóforos en bioquímica. Coeficiente de absorción molar. La ley de Lambert-Beer. Instrumentación: espectroscopía visible y ultravioleta.

Tema 10.- Diseño de un ensayo enzimático. Métodos para la cuantificación de la actividad catalítica. Determinación experimental de los parámetros cinéticos.

Tema 11.- Técnicas radioquímicas. Átomos e isótopos. Desintegración radioactiva. Tipos de emisiones radioactivas. Unidades de radioactividad. Detección y medida de radioactividad.

Tema 12.- Técnicas inmunoquímicas. Anticuerpos. Interacción antígeno-anticuerpo. Anticuerpos policlonales y monoclonales. Marcaje de anticuerpos. Inmunoprecipitación. Inmunoensayos (RIA, IRMA, ELISA).

Tema 13.- Técnicas de hibridación. Desnaturalización y renaturalización del ADN. Efectos hipocrómico e hipercrómico. Preparación y marcaje de sondas. Hibridación de ácidos nucleicos. Reacción en cadena de la polimerasa (PCR). RTPCR. Chips de ADN.

Tema 14-. Técnicas de identificación (blotting). Conceptos básicos. Transferencia (blotting). Southern blot. Northern blot. Western-blot. Dot-blot.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 1


Artículos y revistas científicas. Estructura de un manuscrito científico o paper. Cómo se escribe un paper. Cómo se publica un paper. Tipos de revistas científicas. El factor de impacto. Revistas en formato electrónico.

APUNTES

Artículos científicos .........................................................................

ENLACES

1.- Artículos científicos (como los apuntes, pero en formato web)

2.- Instrucciones para los autores

3.- PubMed Central: Una base de datos de artículos científicos

4.- Science Direct

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 2


Búsqueda bibliográfica. Bases de datos de artículos científicos. La base de datos PubMed. Estructura de un registro PubMed. El motor de búsqueda de PubMed. Estrategias de búsqueda. Bibliometría: Journal of Citation Reports y Science Citation Index.

APUNTES

Búsqueda bibliográfica .........................................................................

PRESENTACIONES

PubMed ..............................................................................................

Journal of Citation Reports....................................................................

Science Citation Index...........................................................................

MATERIAL BIBLIOGRÁFICO

PubMed: The Bibliographic Database .................................................................................................

PubMed Central (PMC): An Archive for Literature from Life Science Journals...................

Manual de uso de PubMed (En inglés, muy completo)......................................................

Ejemplo de carta para pedir un artículo a los autores ....................................................,................

ENLACES

1.- Búsqueda bibliográfica (la práctica de ordenador)

2.- PubMed -- Ayuda para utilizar PubMed -- Tutoriales de PubMed (Quick Tours)

3.- Ejemplo de un registro MEDLINE en PubMed

4.- Descripción de los campos de un registro PubMed (NCBI Web site)

5.- PubMed Central (Base de datos de artículos científicos)

6.- HighWire Press (otro buscador de bibliografía no muy conocido aún)

7.- Inicia una sesión en el Journal Citation Reports (JCR)

8.- Inicia una sesión en el ISI Web of Science (Science Citation Index)

 

¡¡¡ PON A PRUEBA TUS CONOCIMIENTOS !!!

(Cada icono es un miniexamen de 5 preguntas)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 3


El método científico en la investigación bioquímica. Planteamiento de una hipótesis. Diseño experimental. Tratamiento y evaluación de los resultados. Elaboración de conclusiones. Consideraciones éticas.

 

APUNTES

El cuaderno de laboratorio ........................................................................

 

BIBLIOGRAFÍA

1.- El cuaderno de laboratorio ()

2.- Preparación de Informes y Cuadernos de Laboratorio ()

3.- Decálogo del cuaderno de laboratorio ()

4.- El cuaderno de laboratorio. Guía de buenas prácticas ()

ENLACES

Wikipedia: El método científico - El método hipotético-deductivo -- Ciclo de la investigación científica

Writing Up An Experiment

Preparación de informes y cuaderno de laboratorio

Utilización del cuaderno de laboratorio (Guía Básica)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 4


Buenas prácticas en un laboratorio de Bioquímica. Identificación de peligros (físicos, químicos, biológicos y radiológicos). Medidas de seguridad generales y personales. Normativas de seguridad. Comportamiento en situaciones de emergencia

APUNTES

Seguridad ()

Peligros químicos ()

POWER POINT

Seguridad ()

Peligros físicos y de equipos de laboratorio ()

Peligros causados por radiaciones ()

Peligros químicos ()

Peligros biológicos ()

 

MATERIAL BIBLIOGRÁFICO

Manual de Seguridad y Salud en Laboratorios (Fremap) .....................................

Manual de Seguridad en Laboratorios Químicos (Panreac) ............................

Guía de Seguridad e Higiene en el Laboratorio (Universidad de Vigo) ..................

Manual de bioseguridad en el laboratorio (OMS) ..................................................

Buenas Prácticas de laboratorio (CSIC)................................................................

ENLACES

Clasificación de los productos químicos en función de su peligrosidad

Ejemplo de una ficha de datos de seguridad (ácido sulfúrico)

Listado de Frases R y S

Identificación de materiales peligrosos ( rombo NFPA)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 5


Niveles de experimentación en Bioquímica. Estudios con animales intactos, con órganos, tejidos o células aisladas. Estudios moleculares (estructurales o funcionales). Sistemas celulares: Cultivos celulares, líneas celulares, separación de diferentes tipos celulares (centrifugación, elutriación centrífuga, citometría de flujo, etc). Cuantificación y viabilidad celular. El hemocitómetro.

APUNTES

Cultivos celulares ....................................

Separación de células ........................................

Recuento de células y viabilidad ........................

POWER POINTS

100 años de cultivos celulares (Cultek) -- Cultivos celulares --

ANIMACIONES

1.- Citometría de flujo y FACS

2.- Flow cytometry

ARTÍCULOS CIENTÍFICOS

Nutrition needs of mammalian cells in tissue culture ................. ()

ENLACES

1910 to 1923 - Carrel and the early days of tissue culture

Introducción al cultivo de tejidos -- Cultivo celular (Wikipedia) -- Cultivos celulares -- Cultivos celulares (pdf)

Cultivos celulares (pdf)(Cultek) -- Fluorescence-Activated Cell Sorter (FACS)

Cell Coulter (Wikipedia) -- Counting cells: the hemocytometer - Hemocytometer (Wikipedia) - Hemocytometer calculator

Cell viability

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Cell counting

Cell Counting Using the Trypan Blue Exclusion Method

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 6


Fraccionamiento subcelular. Métodos para la homogeneización y obtención del extracto crudo. Centrifugación preparativa (diferencial y en gradiente de densidad). Enzimas marcadores para identificar los diversos orgánulos celulares. Viabilidad de los orgánulos. Centrifugación analítica.

 

MATERIAL BIBLIOGRÁFICO

Notas sobre Centrifugación (Universidad de Alcalá de Henares).......................................

Fraccionamiento subcelular (En inglés, pero muy bueno ) ..................................

ANIMACIONES

1.- Animación sobre la separación de moléculas en un gradiente de densidad

2.- Animación de fraccionamiento celular. Excelente. Con sonido. En inglés.

3.- Animación del experimento de Meselson y Stahl. En este experimento biológico clásico, se utilizó la centrifugación en un gradiente de densidad de Cloruro de Cesio para demostrar que la replicación del DNA tenía lugar de forma semiconservativa.

4.- La centrifugación diferencial (sencillita, en francés)

5.- La centrifugación en gradiente de sacarosa (sencillita, en francés)

6.- La centrifugación isopícnica (sencillita, en francés)

ENLACES

1.- Cuestiones básicas sobre la centrifugación (en inglés)

2.- Calculadora que convierte las RPM en g y viceversa según el tipo de rotor.

3.- Fraccionamiento subcelular. Excelente página que describe cómo se rompen las células y las diferentes técnicas de centrifugación que permiten separar los diversos orgánulos presentes en el homogenado celular. En castellano. De visita obligada. Contiene enlaces a Protocol On-line, una página con mucha información (en inglés) sobre técnicas muy diversas.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TEMA 10


Diseño de un ensayo enzimático. Métodos para la cuantificación de la actividad catalítica. Determinación experimental de los parámetros cinéticos.

 

APUNTES SOBRE ENZIMAS

Enzimas ................