El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos donde se almacenan las estructuras cuya estructura tridimensional (es decir, sus coordenadas atómicas) ha sido resuelta.

Básicamente, hay tres métodos experimentales que permiten determinar la estructura tridimensional de una molécula:

• a partir de un cristal, por difracción de Rayos-X
• en disolución, por RMN
• a partir de micrografías electrónicas, mediante programas de reconstrucción de imágenes

Actualmente (Abril de 2014), el PDB contiene casi 100.000 registros, distribuidos del siguiente modo:

Estructura de los registros del Protein Data Bank

Los registros del PDB contienen gran cantidad de información. Esta información se distribuye en 12 secciones y cada sección comprende distintos apartados, tal y como se indica en la tabla inferior. Pasea el ratón sobre la figura para saber qué es cada cosa. Pinchando sobre los distintos epígrafes de la columna de la derecha se obtiene más información.

Ejemplo de un registro del PDB

POWER POINT

Protein Data Bank ()

EJERCICIO

Ejercicio PDB ()

ENLACES

The Protein Data Bank

PDB file structure

The Worl Wide Protein Data Bank

Membrane Proteins of known structure

Membrane Protein Data Bank

The Protein Data Bank of transmembrane proteins