SECCIÓN DEL TÍTULO

La sección del título contiene información sobre las macromoléculas biológicas representadas en el registro y sobre los detalles experimentales.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HEADER


Después de la palabra "HEADER" se indica a qué categoría pertenece la molécula, la fecha en que se depositaron las coordenadas atómicas en la base de datos y un identificador único para el registro dentro de la base de datos PDB.

Ejemplos:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

OBSLTE


OBSLTE aparece en los registros que han sido retirados de la base de datos. Indica (si se da el caso) qué registros han sustituido al que ha sido retirado.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TITLE


Aquí se incluye el título del experimento o tipo de análisis representado en el registro. Es algo análogo al título de un artículo científico.

Ejemplo:

 

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SPLIT


Se utiliza cuando un registro determinado forma parte de un complejo macromolecular de gran tamaño. Describe los registros del PDB que hacen falta para reconstruir la totalidad del complejo.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

CAVEAT


Esta línea advierte sobre posibles errores de quiralidad en el registro.

 

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

COMPND


Aquí se describe cada una de las macromoléculas incluidas en el registro.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SOURCE


Aquí se indica el origen biológico y/o químico de cada una de las moléculas biológicas incluidas en el registro.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

KEYWDS


Aquí se incluye una serie de términos relevantes relacionados con el registro. Las palabras clave permiten establecer categorías entre los registros y construir un índice. También se pueden incluir anotaciones adicionales.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

EXPDTA


Aquí se incluye información sobre el experimento que ha permitido generar la información contenida en el registro.

Ejemplos:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

NUMMDL


The NUMMDL record indicates total number of models in a PDB entry.

Ejemplos:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

MDLTYP


Aquí se incluyen anotaciones adicionales relacionadas con las coordenadas que aparecen en el registro.

Ejemplos:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

AUTHOR


Aquí se incluyen los nombres de los autores que han participado en la generación de los contenidos del registro.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

REVDAT


Aquí se incluye un registro histórico de las modificaciones que se han realizado en el registro desde su publicación.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SPRSDE


Aquí se incluye una lista de aquéllos registros de la base de datos que han quedado obsoletos tras la obtención de los datos almacenados en el registro.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

JRNL


Aquí se incluye la cita bibliográfica más importante que describe el experimento que dio lugar al conjunto de coordenadas atómicas almacenadas en el registro. Si hay más referencias, éstas se incluyen en las líneas REMARK 1.

JRNL incluye varios subcampos: AUTH, TITL, EDIT, REF, PUBL y REFN.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

REMARK ANNOTATIONS


Aquí se incluyen detalles experimentales, anotaciones, comentarios e información que no se ofrece en los demás apartados.

La primera línea REMARK va en blanco y actúa como espaciador.

A continuación de la palabra REMARK se añade un número que indica el tipo de información que se ofrece. Por ejemplo:

  • REMARK 1: publicaciones relevantes
  • REMARK 2: resolución máxima alcanzada por el experimento
  • REMARK 3: información sobre los programas de refinamiento
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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA


La sección de la estructura primaria contiene información sobre la secuencia de aminoácidos de cada cadena que compone la macromolécula.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

DBREF


Aquí se incluyen referencias cruzadas con otras bases de datos.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SEQADV


Aquí se indican conflictos entre la información de la secuencia contenida en el apartado SEQRES y los registros de las bases de datos que aparecen en el apartado DBREF.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SEQRES


Aquí se incluye la secuencia de aminoácidos (o de nucleótidos) de cada macromolécula incluida en el registro.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

MODRES


Aquí se describen las modificaciones (químicas o posttraduccionales) sufridas por los residuos de aminoácido de una proteína o por los nucleótidos de un ácido nucleico.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN HETEROGÉNEA


La sección heterogénea contiene una descripción completa de los residuos no estándar del registro.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HET


Aquí se describen residuos no estándar: grupos prostéticos, inhibidores, y moléculas de disolvente o de iones cuyas coordenadas atómicas aparecen en el registro. Los grupos que no forman parte del polímero descrito en el apartado SEQRES pertenecen a la categoría HET.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HETNAM


Aquí se indica el nombre químico del compuesto.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HETSYN


Aquí se incluye, si los hay, cualquier sinónimo de los compuestos que aparecen en el apartado HETNAM.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

FORMUL


Aquí se describen la fórmula química y la carga de un grupo no estándard.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA


La sección de la estructura secundaria describe las hélices, hojas beta y giros que están presentes en la estructura proteica.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HELIX


Las líneas HELIX definen la posición de las hélices a en la molécula. Cada hélice recibe un nombre y un número. Se indica en qué residuo comienza y en qué residuo acaba la hélice, así como su longitud total.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SHEET


Las líneas SHEET definen la posición de las estructuras b en la molécula. Cada estructura b recibe un nombre y un número. Se indica en qué residuo comienza y en qué residuo acaba y si es paralela o antiparalela con respecto a la anterior (mediante los números 0, +1 y -1).

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TURN


Las líneas TURN definen los giros y bucles cortos que normalmente conectan entre sí a otros elementos de la estructura secundaria.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE ANOTACIONES SOBRE LA CONECTIVIDAD


La sección de anotaciones sobre conectividad permite introducir información sobre la existencia y uibicación de puentes disulfuro y otros tipo de enlace.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SSBOND


Las líneas SSBOND describen los puentes disulfuro presentes en las estructuras proteicas y polipeptídicas. Identifican los dos resisuos implicados en cada enlace.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

LINK


Las líneas LINK especifican conectividades entre átomos que no están implícitas en la estructura primaria.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

CISPEP


Las líneas CISPEP especifican las prolinas y otros péptidos que se encuentran en conformación cis.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE CARACTERÍSTICAS DIVERSAS


Aquí se describen características diversas, como el entorno que rodea a un residuo no estándard o a un centro activo.

A continuación de la palabra SITE se especifican los residuos que conforman un centro catalítico, un centro regulador, un cofactor o cualquier otro lugar de importancia. Estos lugares señalados en las líneas SITE deben estar convenientemente explicados en las líneas REMARK.

Ejemplo:

 

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN CRISTALOGRÁFICA


Aquí se describen la geometría del experimento cristalográfico.

A continuación de la palabra CRYST1 se incluyen los parámetros de la celda unidad, el grupo espacial y el valor Z.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE TRANSFORMACIÓN DE COORDENADAS


Aquí se describen las transformaciones realizadas en el sistema de coordenadas.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ORIGXn


Las líneas ORIGXn (n = 1, 2, o 3) indican la transformación que a partir de las coordenadas ortogonales contenidas en el registro genera las coordenadas enviadas por los autores.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SCALEn


Las líneas SCALEn (n = 1, 2, o 3) indican la transformación que a partir de las coordenadas ortogonales contenidas en el registro genera las coordenadas cristalográficas parciales.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

MTRIXn


Las líneas MTRIXn (n = 1, 2, o 3) indican las transformaciones que expresan una simetría no cristalográfica.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TVECT


Las líneas TVECT indican el vector de traslación para estructuras infinitas enlazadas de forma covalente.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE LAS COORDENADAS


Esta sección contiene la colección de coordenadas atómicas.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

MODEL


Las líneas MODEL especifican el número del modelo en el caso en que un registro contenga múltiples estructuras (como ocurre con las estructuras determinadas por RMN).

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ATOM


Las líneas ATOM contienen las coordenadas atómicas de los residuos estándard. Contienen, además, el símbolo químico del átomo, a qué residuo pertenecen y los factores de ocupación y de temperatura de cada átomo.

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SIGATM


Las líneas SIGATM indican la desviación estándard de los parámetros atómicos tal y como aparecen en las líneas ATOM y HETATM.

Ejemplo:

 

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ANISOU


La línea ANISOU contiene los factores de temperatura anisotrópicos.

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SIGUIJ


La línea SIGUIJ contiene las desviaciones estándard de los factores de temperatura anisotrópicos.

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

TER


La línea TER indica el final del listado de líneas ATOM/HETATM de una cadena.

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

HETATM


Las líneas HETATM contienen las coordenadas atómicas de los átomos que pertenecen a los grupos no estándard, a las moléculas de agua y a los grupos indicados en las líneas HET.

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

ENDMDL


Cada línea ENDMDL está asociada a una línea MODEL para agrupar las diversas estructuras individuales que puedan encontrarse en un registro.

Ejemplo:

Vuelve al listado de secciones de un registro del PROTEIN DATA BANK

Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE CONECTIVIDAD


Aquí se ofrece información sobre la conectividad química.

A continuación de la palabra CONECT se especifica la conectividad entre átomos cuyas coordenas aparecen descritas.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SECCIÓN DE MANTENIMIENTO


En esta sección se ofrece información relativa al propio fichero.

A esta sección pertenecen las líneas encabezadas por las siguientes palabras:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

MASTER


La línea MASTER es una línea de control que se utiliza para el mantenimiento de la base de datos. Indica el número de líneas que contiene el registro para determinados apartados.

Ejemplo:

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Más información

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

END


La línea END indica el final del fichero PDB.

Ejemplo:

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Más información