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Tecnologías de secuenciación: ¿son los nanoporos el futuro?

Aunque la tecnología que permite realizar la secuenciación masiva ha ido mejorando progresivamente y ahora se anuncia que es posible secuenciar el genoma completo de un humano al precio de 1.000$, no hay descanso en el intento de conseguir  secuenciar más rápida y económicamente.

Hace ya años que se habla de que una de las posibles tecnologías que podría ser de utilidad en la secuenciación de genomas es la basada en los nanoporos, pero hasta el momento no había producido ningún desarrollo que realmente le permitiese competir en esta carrera de fondo que es la secuenciación masiva.

Según una nota que ha aparecido en Science Now, ahora los investigadores han demostrado, por primera vez, que esta tecnología puede ser una nueva forma de secuenciación rápida y segura y que su aplicación puede permitir reducir el precio actual de la secuenciación del genoma humano a menos de 1.000$.

La técnica del nanoporo no modifica el DNA, ni lo copia, ni utiliza marcadores fluorescentes. La técnica permite diferenciar las letras del DNA haciendo atravesar las moléculas de ácidos nucléicos por unos diminutos poros. Cuando los nucleótidos atraviesan el poro, se produce un cambio de carga eléctrica, específica para cada tipo de base nucleotídica, que pueden ser detectados, registrados y almacenados para posteriormente presentarse en forma de secuencia de nucleótidos.

Hace dos años se consiguió resolver uno de los problemas que presentaba esta tecnología: cuando se aplicaba un voltaje eléctrico, el DNA tendía a moverse a través del nanoporo demasiado rápido como para poder leerse. La solución consistió en añadir al nanoporo la proteína phi29 (una polimerasa que tiene gran afinidad por el DNA), la cual ralentizaba el paso de las moléculas de DNA por el nanoporo.

Ahora, un equipo dirigido por Jens Gundlach, un físico de la Universidad de Washington, Seattle, ha publicado online el 25 de marzo de 2012, en la revista Nature Biotechnology, que ha incorporado al nanoporo una proteína denominada Mycobacterium smegmatis porina A3 (MSPA) , además de la polimerasa phi29. Según este trabajo, el nuevo sistema de nanoporo resuelve los cambios de campo eléctrico y controla la tasa de translocación del DNA a través del poro. Han probado la eficiencia del sistema utilizando 6 diferentes secuencias de DNA con regiones legibles de 42-53 nucleótidos de largo, con aparentes muy buenos resultados.

Por otro lado, la empresa denominada Oxford Nanopore Technologies anunció en febrero que para principios del año 2013 estará ya vendiendo máquinas con miles de nanoporos que permitirán secuenciar un genoma completo en sólo 15 minutos y por algo menos de 1.000$. A falta de pruebas de las ventajas que presenta esta tecnología frente a otras ya introducidas en el mercado de la secuenciación masiva, sólo nos queda esperar un poco y comprobarlo.

http://vimeo.com/36907534

 

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