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Imposible recuperar DNA del ámbar

Todos recordamos el argumento inicial de la película Jurassic Park: la re-creación de los dinosaurios utilizando DNA de antiguos dinosaurios y aplicando las metodologías de la técnica de clonación. La clave del proceso estaba en utilizar DNA de dinosaurios que se hubiese preservado del paso del tiempo. En la película, la fuente del DNA estaba en la sangre de mosquitos prehistóricos fosilizados en ámbar que en el jurásico se habían alimentado de sangre de dinosaurios. Una pequeña cantidad de DNA era suficiente ya que para reconstruir el genoma completo se utilizaba la técnica de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR).

Ahora, un artículo publicado en septiembre del 2013 en la revista PLOS ONE demuestra que todo esto no es más que un guión de película ya que el DNA no se conserva en el ámbar.

El trabajo, que ha sido realizado en la Universidad de Manchester, ha intentado obtener DNA de abejas conservadas en copal, una resina sub-fósil precursora del ámbar. Los investigadores han partido de dos especímenes de abejas sin aguijón preservadas en copal colombiano, una de tan sólo 60 años de antigüedad y la otra de hace unos 10.600 años.

Las medidas que el equipo de investigación ha adoptado durante la extracción del DNA, para evitar la contaminación con DNA actual o con los componentes del copal, han sido muy rigurosas. Además, han aplicado dos métodos de extracción, uno más severo y destructivo del material original que el otro. Finalmente, han sometido el extracto de DNA conseguido  directamente a un proceso de secuenciación masiva (GS Junior 454 System, de Roche), en lugar de amplificarla mediante la técnica de PCR.

Los resultados son demoledores: aunque las lecturas únicas son más numerosas cuando se utiliza el método destructivo y la muestra más joven, la técnica de secuenciación “lee” un número de fragmentos  extremadamente bajo.

Es más, cuando cotejan las secuencias en las bases de datos de nucleótidos encuentran que la mayor parte de las lecturas no tienen coincidencias significativas con secuencias conocidas y que las que sí coinciden lo hacen con genomas bacterianos. Sólo una excepción: una lectura de 97 nucleótidos que alineó con  dos segmentos no contiguos del un gen mitocondrial del abejorro asiático Bombus hypocrita.

La conclusión del trabajo parece clara: no se obtiene ninguna evidencia convincente de que el DNA se conserve en este tipo de material sub-fósil. Esto plantea serias dudas sobre la veracidad de los resultados de algunos trabajos realizados con DNA de insectos fosilizados en ámbar, el cual es muchísimo más antiguo que el copal.

Penney D, Wadsworth C, Fox G, Kennedy SL, Preziosi RF, et al. (2013) Absence of Ancient DNA in Sub-Fossil Insect Inclusions Preserved in ‘Anthropocene’ Colombian Copal. PLoS ONE 8(9)

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