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Archive for July, 2010

Hand’s on Workshop annoucement: nanoexcite2010

July 27th, 2010

SISSA and CNR-IOM-DEMOCRITOS are organizing a Hand’s on Workshop on
electronic excitations, nanoexcite2010. During the workshop advanced
concepts of Time Dependent Density Functional Theory, GW and
Bethe-Salpeter Equation will be introduced. Short theoretical lectures
will be followed by extensive hands-on classes. Participants will have
the opportunity of testing on realistic systems the theoretical tools
by using several public codes and their respective dedicated tutorials.
The codes that will be used are

* PWscf
* Yambo
* Sax
* Real-Time TDDFT
* TDFTPT
* GWL

Participants are expected to have a strong background in Density
Functional Theory and long experience with Quantum ESPRESSO. The
Workshop will be held at SISSA (Trieste, Italy) from October 18th to
22th. For further information and subscription please see
http://www.democritos.it/nanoexcite2010

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mkdir

July 27th, 2010

mkdir

Regla mnemotécnica

mkdirMake directory

El comando mkdir nos permite crear directorios. Lo mejor es ilustrarlo con ejemplos. Crear un directorio llamado Nuevo_dir

$ mkdir Nuevo_dir

Para crear otro directorio dentro del anterior

$ mkdir Nuevo_dir/Nuevo_dir2

Podemos crear directamente toda una rama de directorios con el modificador -p (create parent directories). Por ejemplo, los dos comandos anteriores equivalen

$ mkdir -p Nuevo_dir/Nuevo_dir2

Hay algún modificador más pero no son especialmente interesante o funcionales para un nivel básico.

Comandos básicos

rm

July 26th, 2010

rm

Regla mnemotecnica

rmRemove

El comando rm nos permite eliminar archivos. Lo mejor es ilustrarlo con ejemplos. Borrar un archivo

$ rm fichero1

Borrar una carpeta (carpeta_vieja) y todos sus contenidos recursivamente

$ rm -r carpeta_vieja

Para borrar una carpeta o directorio vacío también está el comando rmdir. Borrar varias carpetas y ficheros

$ rm fichero1 fichero2 carpeta_vieja

Según nuestra configuración nos puede solicitar confirmación antes de borrar cada fichero, lo cual puede ser muy tedioso para borrados masivos. Podemos forzar a que borre sin preguntar con el modificador -f. Así

$ rm -r fichero1 fichero2 carpeta_vieja

borra sin preguntar.

Hay más modificadores pero no son especialmente interesante o funcionales para un nivel básico.

Comandos básicos

Ampliación de recursos computacionales

July 22nd, 2010

El Servicio General de Informática Aplicada a la Investigación (Cálculo Científico) ha ampliado sus recursos computacionales. Esta nueva ampliación consta de nodos de cálculo basados en procesadores Xeon a 2.3 GHz con un servidor de conexión y un sistema de ficheros paralelo. En más detalle:

  1. Un nuevo servidor de conexión y compilación con 2 procesadores xeon (8 cores) y 12 GB de RAM.
  2. 55 servidores de cálculo con 2 procesadores xeon (8 cores) y un total de 440 cores. 18 servidores tienen 24 GB de RAM, 36 servidores tienen 48 GB de RAM y hay otro servidor de 96 GB de RAM. Cada servidor también tiene un disco local para almacenamiento temporal durante el cálculo de 170 GB.
  3. Un sistema de ficheros compartido por todos los nodos para almacenamiento temporal durante los cálculos basado en Lustre. Éste es un sistema especial que escribe de manera paralela en varios discos obteniendo un alto rendimiento. La capacidad es de 7.1 TB (1 TB=1024 GB).
  4. Todos los elementos además de por una red ethernet 1000 para gestión están conectados por una red infiniband de altas prestaciones especiales para cálculo de baja latencia y con un ancho de banda de 40 GBytes/s.

General

cp

July 21st, 2010

cp

Regla mnemotecnica

cpCopy

El comando cp nos permite copiar archivos. Lo mejor es ilustrarlo con ejemplos. Copiar un archivo

$ cp outfile outfile_copia_seguridad

Copiar un archivo en otra carpeta, en este caso en la carpeta copias.

$ cp outfile copias/
$ cp outfile copias/outfile
$ cp outfile copias/outfile_copia

Los dos primeros comandos son equivalentes y el tercero lo copia con otro nombre.

Podemos copiar varios ficheros en otra carpeta (copias) en un sólo comando

$ cp input_file output_file README copias

Para poder copiar carpetas debemos usar el modificador -r (recursivamente). Para copiar la carpeta resultados dentro la carpeta copias

$ cp -r resultados copias

Hay más modificadores pero no son especialmente interesante o funcionales para un nivel básico.

Comandos básicos, General, Linux

man

July 19th, 2010

man

Regla mnemotecnica

ls: Manual

Nos muestra una ayuda relativamente extensa de un comando de linux. Así

$ man ls

nos muestra ayuda del comando ls. Otro ejemplo

$ man man

nos muestra ayuda del propio comando man. Una opción interesante el -k que equivale al comando apropos y busca en las descripciones cortas de los comandos las palabras claves indicadas. Por ejemplo:

$ man -k e-mail
Mail::Field::AddrList (3pm)  - object representation of e-mail address lists
mailx               (rpm) - The /bin/mail program for sending e-mail messages.
xdg-email            (1)  - command line tool for sending mail using the user's preferred e-mail composer

Nos da un listado con los comandos que contienen e-mail en su descripción brebe.

Otra forma de conseguir ayuda sobre los comandos suele ser usando el modificador -h o -help o --help (según el comando usa una o otra opción). Por ejemplo:

$ ls --help

Nos muestra una ayuda completa, pero menos extensa que el man.

Comandos básicos, General, Linux

Comando ls

July 16th, 2010

ls

Regla mnemotecnica

ls: LiSt

El comando ls nos lista en pantalla el contenido del directorio en el que nos encontramos (ficheros, directorios, links). Por ejemplo:

$ ls
calculos input potenciales README

nos dice que en el directorio hay los 4 elementos señalados. Según la configuración de nuestra terminal los ficheros, directorios,etc tendrán diferentes colores. No obstante para obtener una información más detallada podemos usar el modificador -l que significa long format. Así nos aparecerá

$ls -l

drwxr-xr-x 6 edu users     4096 Feb  1  2009 calculos
-rw-r----- 1 edu users    11388 Feb  1  2009 input
drwxr-xr-x 2 edu users     4096 Jul 14 12:26 potenciales
-rw-r--r-- 1 edu users     2583 Dec 23  2009 README

La primera columna es información sobre los permisos (pendiente para otro post) y la primera letra nos indica con d cuales son directorios. La segunda columna en el caso de directorios nos dice cuantos elementos contiene cada uno. La tercera y cuarta columna nos dice el usuario y grupo propietarios del fichero (otro día hablamos de esto). La cuarta columna es el tamaño del fichero, en el caso de directorios no es especialmente relevante pues no nos dice el tamaño de su contenido sino 4 KB. Las siguientes son la fecha de modificación del elemento.

Otro modificador interesante es -h que nos da la información relativa al tamaño en formato humanreadable. Aprovechamos también para ver como podemos usar ls también con uno o varios elementos concretos

$ ls -lh input README


-rw-r----- 1 edu users    12K Feb  1  2009 input
-rw-r--r-- 1 edu users   2.6K Dec 23  2009 README

y como vemos nos muestra el tamaño de los ficheros en KB. Si aplicamos el comando sobre un directorio nos muestra su contenido:

$ ls potenciales
Al Co Fe H K Na Ni Zn

el directorio potenciales tiene 8 elementos en su interior. Otro modificador interesante es -a que nos muestra los archivos ocultos. En el ejemplo

$ ls -a
. .. calculos input .octave_hist potenciales README

nos ha aparecido el directorio . que hace referencia al directorio actual, el directorio .. que hace referencia al directorio padre (el que está jerárquicamente encima del actual) y el fichero oculto .octave_hist (donde el programa octave guarda
los comandos que se ejecutan en su interfaz).

Otro comando modificador interesante es -t que nos ordena por fecha el listado.

Finalmente para obtener un listado de todos los modificadores existentes se puede ejecutar ls --help o para obtener una ayuda más extensa man help.

Comandos básicos, General