Secuenciación completa de genomas microbianos

Los días 16 y 17 de marzo, el Campus de Álava de la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea ha acogido la celebración de sendos seminarios bajo el título ‘Secuenciación completa de genomas microbianos'. Estos seminarios se enmarcan dentro del proyecto europeo INNUENDO, financiado por la Autoridad Europea para la Seguridad Alimentaria (EFSA), en el que participa la UPV/EHU y cuyo objetivo es integrar la genómica en la vigilancia epidemiológica de patógenos transmitidos por los alimentos.

El último brote epidémico de la infección por E. coli O104/H4 fue un claro ejemplo de las amenazas multinacionales a la Salud Pública de los microorganismos transmitidos por los alimentos. Unas de las lecciones aprendidas en ese contexto fueron la necesidad de potenciar un mayor nivel de cooperación entre las autoridades competentes locales, nacionales y de la UE, la necesidad de dedicar más esfuerzos a la formación, trabajar para obtener el objetivo de desarrollar una base de datos común y la necesidad de la validación de nuevos enfoques en la evaluación de riesgos microbianos.

En ese sentido, el proyecto INNUENDO se alinea con la misión de la EFSA de promover el desarrollo y validación de nuevos enfoques en la caracterización microbiana, coordinando esfuerzos entre todos los agentes interesados en la Salud Pública y la Seguridad Alimentaria, incluyendo laboratorios de control alimentario y de sanidad animal y humana.

Así, INNUENDO es una plataforma intersectorial para la integración de la genómica en la vigilancia epidemiológica de patógenos transmitidos por los alimentos, en la que participan la Universidad de Helsinki, la Universidad de Lisboa, la Universidad del País Vasco, la Universidad de Viena y los Centros Nacionales de Referencia THL-Finlandia, EVIRA-Finlandia, INSA-Portugal, BIOR-Letonia y VFL- Estonia.

El objetivo principal del proyecto es construir un marco estandarizado de referencia para el uso de las técnicas de secuenciación de genomas completos (WGS, de Whole Genome Sequencing) en bacterias, con el fin de que pueda ser integrado en la vigilancia epidemiológica y el control de la transmisión de enfermedades por los alimentos a nivel internacional. Esto facilitaría la disminución del número de casos de enfermedades transmitidas por alimentos a nivel internacional.

En particular, es esencial que los avances en la Bioinformática y la Genómica bacteriana se encuentren con las necesidades de la Salud Pública y la Microbiología alimentaria. La falta de una infraestructura bioinformática sofisticada para el procesamiento e integración de datos sigue siendo uno de los principales obstáculos para la aplicación del WGS. Para hacer frente a esa limitación, el consorcio incluye dos socios (Universidad de Lisboa y Universidad del País Vasco) con los conocimientos apropiados de bioinformática, principalmente en el análisis de datos de secuenciación de alto rendimiento y en el desarrollo de herramientas informáticas aplicadas a la tipificación microbiana. Además, el líder del proyecto (Universidad de Helsinki) y otros miembros del consorcio tienen un profundo conocimiento de la genética de poblaciones de varios patógenos trasmitidos por alimentos (Campylobacter, Yersinia, E. coli y Salmonella) y utilizarán ese conocimiento para promover el establecimiento de directrices para su uso en la vigilancia epidemiológica de las enfermedades infecciosas transmitidas por los alimentos.