1.- ¿Para qué se utiliza la base de datos AMCSD?
La
base de datos The American Mineralogist Crystal Structure
Database, AMCSD es una
fuente de modelos estructurales de minerales. En ella se recogen los
parámetros de celda elemental, el grupo espacial y las coordenadas atómicas de las estructuras de los minerales que se publican en
la revista de investigación American Mineralogist, publicada por la
Mineralogical Society of
America.Nosotros utilizaremos esta base de datos durante la práctica guiada para obtener la información cristalográfica de los materiales o minerales objeto de estudio, para posteriormente, mediante el programa PorderCell, realizar la representación de sus estructuras cristalinas y simular sus difractogramas de rayos X.
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2.- Acceso a la base de datos
www.minsocam.org/MSA/Crystal_Database.html
Desde la página de presentación (ver más arriba) se pueden obtener diversas informaciones sobre la base de datos. Puedes visitar si lo deseas estos enlaces para saber más sobre la AMCSD. Pero a nosotros nos interesa el enlace Crystal Structure Database para acceder a la pantalla que nos permite buscar y obtener la información estructural de los minerales.
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3.- ¿Qué información necesita AMCSD para buscar un mineral?
- El nombre del mineral (siempre en inglés).
- El autor del artículo en el que se publicó su estructura cristalina.
- La composición química del mineral.
- Los parámetros de celda elemental o la simetría de su estructura.
- La posición de algunos máximos de difracción de rayos X importantes del mineral que buscamos.
- Información general.
Quizás, el método más sencillo sea realizar la búsqueda utilizando el nombre del mineral o su composición química. Por ejemplo, si queremos obtener la información cristalográfica de la estructura cristalina del mineral anglesita, un sulfato de composición PbSO4, introduciremos la palabra anglesite en en el campo de búsqueda Mineral (siempre en inglés) y haremos clic en Search. Prueba a entrar en el enlace Mineral y verás que se te ofrece una lista de los minerales contenidos en la base de datos para que los selecciones.
El mineral anglesita puede buscarse en la base de datos utilizando como información su composición química. La forma más sencilla de hacer este tipo de búsquedas es entrar en el enlace Chemistry Search. Verás una nueva pantalla en la que se muestra la tabla periódica de los elementos. Con el ratón marca los elementos químicos del mineral que estás buscando y verás que se resaltan con un color más intenso: en nuestro caso seleccionaremos para la búsqueda Pb, S y O.
El resultado de la búsqueda incluirá todos los minerales que contengan estos tres elementos además de cualquier otro. Pero a nosotros nos interesa encontrar la anglesita, la cual SÓLO contiene plomo, azufre y oxígeno. En este caso debemos pulsar el botón Exclude Others, y se tacharán el resto de los elementos químicos, excluyéndolos de la búsqueda.El botón Search Selected Elements te devuelve a la ventana anterior con los elementos seleccionados en el campo de búsqueda Chemistry Search: en nuestro caso (O,S,Pb) - . Haz clic en Search y obtendrás los resultados.
Puedes realizar búsquedas más avanzadas, como por ejemplo:
-
Combinando dos o más criterios de búsqueda. En este caso debes indicar si dichos criterios deben cumplirse todos obligatoriamente (AND) o si debe cumplirse alguno de ellos (OR).
-
Utilizando la información cristalográfica disponible del mineral problema. En este caso la búsqueda es más especializada.
Además, en la ventana inferior deben estar marcados AND, amc long form y amc.
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4.- ¿Qué información nos da AMCSD?
- Formato amc: Propio de la base de datos. Muestra la información cristalográfica de forma clara. Es la que utilizaremos, ya sea en su versión extensa (amc long form) o en la versión resumida (amc short form)
- Formato cif: Desarrollado por la Unión Internacional de Cristalografía, IUCr, como estándar para el intercambio de información cristalográfica. Es un formato más avanzado y difícil de utilizar.
El formato en el que deseamos obtener la información de la base de datos, en la pantalla (Viewing) o en un fichero (Download), lo escogemos en la parte inferior de la ventana de búsqueda. Recomendamos utilizar las opciones marcadas en la figura: amc long form.
Tras realizar la búsqueda, nos aparecerá una pantalla con los resultados. El mineral anglesita tiene dos entradas en la base de datos, y se muestra la información de cada una de ellas. Si necesitamos más información de cada entrada, podemos obtenerla pinchando en los iconos (en caso de que estén presentes):
-
Información mineralógica (en formato pdf). 
Copia del artículo original (en formato pdf) publicado en la revista
American Mineralogist.
Cada registro obtenido de la base de datos contiene la siguiente información:
- La primera línea muestra el nombre del mineral o su fórmula química, dependiendo del criterio de búsqueda que hayamos utilizado.
- Referencia bibliográfica: nombre de los autores, seguido por la referencia del artículo de la revista y su título.
- Parámetros de celda y grupo espacial de simetría.
- Posiciones de los átomos (coordenadas atómicas x, y, z), factor de ocupación* de dichos átomos (cuando es distinto de 1.0) y sus parámetros de agitación térmicos (que no utilizaremos).
Veamos la primera ficha del mineral anglesita:
Si deseamos obtener esta información en un fichero en nuestro ordenador, la forma más cómoda es: {Clic derecho sobre el nombre del mineral -> Guardar destino como -> Teclea el nuevo nombre de fichero y selecciona el directorio donde quieres guardarlo}. Obtendrás un fichero con la misma información y el mismo formato que la obtenida en la pantalla. Para visualizar el contenido de este fichero (o modificarlo), puedes utilizar el bloc de notas de tu ordenador {Inicio -> Programas -> Accesorios -> Bloc de notas}, o el programa de tratamiento de texto que más te guste: ejecuta el bloc de notas y abre el fichero {Archivo -> Abrir... -> Selecciona el archivo descargado}. Ten siempre la precaución de guardar el fichero con el formato solo texto.
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5.- Referencias
La base de datos AMCSD está disponible para su uso en el ámbito docente e investigador de forma libre.
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Downs, R.T. and Hall-Wallace, M. (2003) The American Mineralogist Crystal Structure Database. American Mineralogist 88, 247-250.