Los mecanismos de protección frente a los microorganismos dependen de las características naturales de estos: estructura y composición molecular, fisiología y factores de patogenicidad. Por ello en esta sección consideramos cinco tipos de microorganismos patógenos: bacterias extracelulares e intracelulares, virus, hongos, protozoos y helmintos. El estudio de las respuestas inmunitarias frente a estos microorganismos pone de manifiesto la diversidad de la inmunidad antimicrobiana y la importancia fisiológica de las funciones efectoras de los linfocitos.
Así mismo, exponemos algunos de los sistemas empleados por los microorganismos para evadir los mecanismos de defensa del huésped.
Otro aspecto de la defensa frente a agentes patógenos es el hecho de que esta defensa puede causar lesión tisular y enfermedad de origen inmunológico en el huésped y mostramos algunos ejemplos de ello.