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agosto, 2008:

Cómo enviar Orca

Comando send_orca

El comando send_orca envía los cálculos orca de un modo sencillo al sistema de colas.

Recomendamos el uso del comando send_orca. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de out (*.out) se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto, pero send_orca envía el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas remote_viremote_molden (ver más abajo).

modo de uso del comando send_orca es el siguiente:

send_orca trabajo cola_o_tiempo nim_nodes num_proc [mem] [opciones de TORQUE]

donde:

  • trabajo: Es el nombre del input de orca sin la extensión (*.inp).
  • cola o tiempo: Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el cálculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).
  • num_nodes: El número de nodos que se quiere usar-
  • num_proc: El número de procesadores que se quiere usar por nodo. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:xeon
  • mem:  la memoria en GB.
  • [opciones de TORQUE]: Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.

Ejemplos

send_orca h2o p_slow 1 8

Enviará el trabajo h2o en  1 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).

send_orca h2o p_slow 2 8 20

Enviará el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadores en cada uno  a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.

send_orca h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Enviará el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno,  con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.

Seguimiento del trabajo

Existen las herramietas remote_viremote_molden, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usarsend_gaussianqsub interactivo. Su uso el el siguiente:

remote_vi 2341
remote_molden 2341

o

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.