Comando send_orca
El comando send_orca envía los cálculos orca de un modo sencillo al sistema de colas.
Recomendamos el uso del comando send_orca. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de out (*.out) se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto, pero send_orca envía el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con las herramientas remote_vi y remote_molden (ver más abajo).
modo de uso del comando send_orca es el siguiente:
send_orca trabajo cola_o_tiempo nim_nodes num_proc [mem] [opciones de TORQUE]
donde:
trabajo: Es el nombre del input de orca sin la extensión (*.inp).cola o tiempo: Se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el cálculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).- num_nodes: El número de nodos que se quiere usar-
num_proc: El número de procesadores que se quiere usar por nodo. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:xeonmem: la memoria en GB.- [
opciones de TORQUE]: Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestor de colas TORQUE.
Ejemplos
send_orca h2o p_slow 1 8
Enviará el trabajo h2o en 1 nodo y 8 procesadores a la cola p_slow con los valores de memoria predeterminados en este caso 7.2Gb (nproc*900mb).
send_orca h2o p_slow 2 8 20
Enviará el trabajo h2o en dos nodos y 8 procesadores en cada uno a la cola p_slow con 20gb de memoria RAM.
send_orca h2o 23:00:00 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''
Enviará el trabajo h2o en 2 nodos Xeony 8 procesadoeres en cada uno, con 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.
Seguimiento del trabajo
Existen las herramietas remote_vi y remote_molden, que permiten ver el fichero .log o mostrar la estructura con Molden. Para ello hay que usarsend_gaussian o qsub interactivo. Su uso el el siguiente:
remote_vi 2341 remote_molden 2341
o
remote_vi 2341.arina remote_molden 2341.arina
donde 2341(.arina) es el identificador del trabajo en la cola.