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septiembre, 2008:

Como Mandar Macromodel

El modo de uso es el siguiente:

send_mmodel JOBNAME

donde JOBNAME es el fichero de entrada sin extensión.

qsub interactivo

También se puede usar qsub interactivo para enviar macromodel.

Como Mandar Jaguar

Comando send_jaguar

Para mandar Jaguar se ha definido el comando send_jaguar:

send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']

donde

JOBNAME: Nombre del input de siesta sin extensión.
NODES: Número de nodos.
PROCS: Número de procesadores.
TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad.
[``Other queue options''] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Más información sobre estas opciones

Ejemplos

  • Mandamos Jaguar con el input job1 a 1 nodo, 8 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM.
send_jaguar job1 1 8:itaniumb 04:00:00 1
  • Mandamos jaguar con el input job3 a 2 nodos, 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 60 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute después del trabajo 1234.arinab.
send_jaguar job3 2 4 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
  • Mandamos jaguar con el input job3 a 1 nodos y 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 500 horas, 15 GB de RAM y que nos envíe un email al inicio y final del cálculo a la direción especificada.
send_jaguar job3 1 8 400:00:00 15 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Qsub interactivo

También se pueden enviar los cálculos con el qsub interactivo.

Cómo mandar trabajos de Siesta

Cómo mandar trabajos de siesta

Existen 3 posibilidades.

  1. Con el comando send-siesta.
  2. Con el comando qsub en interactivo.
  3. Con un scrtip tradicional para qsub.

Comando send_siesta

Si se ejecuta send_siesta muestra una ayuda de como ejecutarse. El modo de mso del comando send_siesta es el siguiente:

send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [``Other queue options'']

JOBNAME: Nombre del input de siesta sin extensión.
NODES: Número de nodos.
PROCS: Número de procesadores por nodo.
TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad.
[``Other queue options''] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Más información sobre estas opciones

El comando send_siesta o qsub interactivo copia el contenido del directorio desde el que se lanza al /scratch o /gscratch -si se usan 2 o más nodos-. Y es allí donde realiza el cálculo.

Ejemplos

Mandamos Siesta con el input job1.fdf a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:

send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

Mandamos Siesta con el input job3.fdf a 2 nodos, 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 60 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute después del trabajo 1234.arinab:

send_siesta job3 2 4 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

Mandamos Siesta con el input job3.fdf a 1 nodo y 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 400 horas, 15 GB de RAM y que nos envíe un email al inicio y final del cálculo a la direción especificada.

send_siesta job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

 

qsub interactivo

Ejecutamos

 qsub

sin argumentos y respondemos a las preguntas.

qsub tradicional

También existe la posibilidad de mandar siesta de la forma clásica, donde el usuario se créa su script de PBS. Hay ejemplos en este link. Hay que añadir al script la orden:

/software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out

Monitorización de los cálculos

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos, existen las suiguientes herramientas si ha sido enviado usando send_siesta o qsub en interactivo:

  • remote_vi Nos enseña con el gvim el *.out del cálculo de siesta.
  • remote_xmakemol Nos enseña con el xmakemol el *.ANI del cálculo de siesta.
  • remote_qmde Nos enseña con el xmgrace la evolución de la energía respecto al tiempo de un cálculo de Dinámica Molecular .

El uso de todas estas herramientas es muy similar, hay que ejecutarlas seguido el identificador que el cálculo tiene en el sistema de colas. Ejemplos para monitorizar el trabajo con identificador 3465:

remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465