El modo de uso es el siguiente:
send_mmodel JOBNAME
donde JOBNAME es el fichero de entrada sin extensión.
qsub interactivo
También se puede usar [intlink id=»233″ type=»post»]qsub interactivo[/intlink] para enviar macromodel.
El modo de uso es el siguiente:
send_mmodel JOBNAME
donde JOBNAME es el fichero de entrada sin extensión.
También se puede usar [intlink id=»233″ type=»post»]qsub interactivo[/intlink] para enviar macromodel.
Para mandar Jaguar se ha definido el comando send_jaguar:
send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']
donde
JOBNAME: | Nombre del input de siesta sin extensión. |
NODES: | Número de nodos. |
PROCS: | Número de procesadores. |
TIME: | Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. |
MEM: | memoria en Gb y sin especificar la unidad. |
[``Other queue options''] | Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Más información sobre estas opciones |
send_jaguar job1 1 8:itaniumb 04:00:00 1
send_jaguar job3 2 4 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
send_jaguar job3 1 8 400:00:00 15 ``-m be -M mi.email@ehu.es''
También se pueden enviar los cálculos con el [intlink id=»233″ type=»post»]qsub interactivo.[/intlink]
Existen 3 posibilidades.
send-siesta
.qsub
en interactivo.qsub
.Si se ejecuta send_siesta muestra una ayuda de como ejecutarse. El modo de mso del comando send_siesta es el siguiente:
send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [``Other queue options'']
JOBNAME: | Nombre del input de siesta sin extensión. |
NODES: | Número de nodos. |
PROCS: | Número de procesadores por nodo. |
TIME: | Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. |
MEM: | memoria en Gb y sin especificar la unidad. |
[``Other queue options''] | Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Más información sobre estas opciones |
El comando send_siesta
o qsub
interactivo copia el contenido del directorio desde el que se lanza al /scratch o /gscratch -si se usan 2 o más nodos-. Y es allí donde realiza el cálculo.
Ejemplos
Mandamos Siesta con el input job1.fdf a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:
send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
Mandamos Siesta con el input job3.fdf a 2 nodos, 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 60 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute después del trabajo 1234.arinab:
send_siesta job3 2 4 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
Mandamos Siesta con el input job3.fdf a 1 nodo y 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 400 horas, 15 GB de RAM y que nos envíe un email al inicio y final del cálculo a la direción especificada.
send_siesta job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M mi.email@ehu.es''
Ejecutamos
qsub
sin argumentos y respondemos a las preguntas.
También existe la posibilidad de mandar siesta de la forma clásica, donde el usuario se créa su script de PBS. Hay ejemplos en este link. Hay que añadir al script la orden:
/software/bin/siesta/siesta_mpi < input.fdf > log.out
Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos, existen las suiguientes herramientas si ha sido enviado usando send_siesta o qsub en interactivo:
El uso de todas estas herramientas es muy similar, hay que ejecutarlas seguido el identificador que el cálculo tiene en el sistema de colas. Ejemplos para monitorizar el trabajo con identificador 3465:
remote_vi 3465
remote_xmakemol 3465
remote_qmde 3465