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abril, 2009:

Como Mandar Gamess

Información General

Gamess es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propidedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecanico-cuánticas estandar para las funciones de onda o la densidad electrónica. La versión 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada en el cluster. En estos momentos, se podran ejecutar los trabajos de gamess en vários nodos, con 8 o más procesadores.

Comando send_gamess

Para mandar trabajos de gamess a la cola, recomendamos el uso del comando send_gamess. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El el *.log se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto.

Modo de Uso del comando send_gamess :

send_gamess trabajo num_nodos num_proc tiempo MEM (opciones del TORQUE)

donde:

trabajo: es el nombre del input de gamess sin la extensión (*.com).
cola o tiempo: se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el cálculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).
num_nodos: el número de nodos que se quiere usar.
num_proc: el número de procesadores que se quiere usar. Máximo 8. Es posible añadir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb
mem: La memoria en Gb. Si no se especifica, el valor por defecto es nproc*900mb.
(opciones del TORQUE) Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestros de colas TORQUE. Más información sobre estas opciones

Ejemplos:

send_gamess ti3_cor 1 8 90:00:00 4

Enviará el trabajo ti3_cor en 1 nodo, con 8 procesadores, 90 horas de duración y 4Gb de memoria RAM.

send_gamess ti3_cor 4 8 190:00:00 16
Enviará el trabajo ti3_cor en 4 nodos, y 8 procs en cada nodo, solicitando 190 horas y 16gb de memoria RAM.

send_gamess ti3_cor 4 4:itanium4 23:00:00 4 ``-m be -M niris@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Enviará el trabajo ti3_cor en 4 nodos con 4 procesadoeres que tengan la propiedad itanium4, 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviará un email al inicio y final del cálculo. Por otra parte este trabajo no empezará hasta que termine el trabajo 4827.

Seguimiento del Cálculo

Para poder visualizarlo, tenemos disponibles las herramientas

Para relaizar el seguimiento del trabajo existen las herramietas remote_vi y remote_molden. Su uso el el siguiente:

remote_vi 2341
o
remote_vi 2341.arinab

donde 2341(/.arinab) es el identificador del trabajo en la cola.

qsub interactivo

También se puede lanzar gamess con el comando qsub interactivo.