Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

julio, 2009:

QSITE

QSITE es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM/MM utilizando JAGUAR para la parte QM, pudiéndose también utilizar de modo independiente.

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NWchem

Información general

Nwchem es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Además, puede realizar simulaciones de dinámica molecular y QM/MM. La versión que está instalada es la versión 5.1.

Como mandar NWchem

Ver la sección del sistema de colas como mandar trabajos NWchem.

Más información

Nwchem home page.

VASP

Información general

Vienna Ab-initio of Simulation Package

Versión 5.4.4 del programa de cálculo ab-initio de DFT con base de ondas planas y pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en la Universidad de Viena. Permite realizar relajaciones atómicas (dinámica molecular). Incluye las herramientas VTST.

Se requiere licencia.

Cómo usar

Para ejecutar VASP en paralelo basta con ejecutar el comando

/software/bin/vasp

Se encuentra instalado el software de visualización p4vasp, XCrySDen. Para transformar los ficheros y poder ser leidos se puede usar XfsConvert ejecutando

v2xsf

Monitorizar cálculos

Se puede comprobar la convergencia de un cálculo en marcha con el comando

remote_vi JOB_ID

que nos abrirá los ficheros OSZICAR y OUTCAR además de dibujarnos la evolución de la energía y su variación. Es necesario conectarse con ssh -X o usar X2GO para que se abran las ventánas con los gráficos.

Más información

VASP home page y manuales.

VTST tools.