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agosto, 2009:

Cómo mandar Qsite

send_qsite

send_qsite JOBNAME DONES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [``Other queue options'']

  • JOBNAME: Nombre del input de siesta sin extensión.
  • NODES: Número de nodos.
  • PROCS: Número de procesadores.
  • TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
  • MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad.
  • [“Other queue options”] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Más información sobre estas opciones

Ejemplos:
Mandamos Jaguar con el input job1 a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:

  • send_qsite job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1

Mandamos qsite con el input job3 a 2 nodos, 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 60 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute después del trabajo 1234.arinab:

  • send_qsite job3 2 4 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

Mandamos qsite con el input job3 a 1 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 500 horas, 15 GB de RAM y que nos envíe un email al inicio y final del cálculo a la direción especificada.

  • send_qsite job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

qsub interactivo

qsub

y seguir la instruciones.
La versión de QSITE disponible es la 5. Los manuales están disponibles en arina:/software/schrodinger/docs.

Turbomole nola Bidali

send_turbo

Turbomole lanak bidaltzko,  send_turbo tresna sortu dugu.  Exekutatzean nola erabili eta aukera desberdinak erakusten du.

send_turbo "EXEC and Options" JOBNAME TIME[or QUEUE] PROCS[property]  MEM [``Otherqueue options'' ]

  • EXEC: Erabiltzea nahi den programaren izena.
  • JOBNAME: input-ren izena (normalean control).
  • PROCS: Prozesadore kopurua.
  • TIME[or QUEUE]: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan (edo ilararen izena).
  • MEM: memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.
  • [“Otras opciones de Torque”] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

Adibideak

Turbomole bidaltzeko (jobex) control inputarekin 4 orduko walltime eskatuz, 8 core eta 1 GB RAM memoria exekutatu:

send_turbo jobex control 04:00:00 8 1

Turbomole bidaltzeko (jobex -ri) control inputarekin 192 orduko walltime eskatuz, 16 core, 1 GB RAM, eta 1234 lana bukatu eta gero exekuta dadin memoria exekutatu:

send_turbo jobex -ri control 192:00:00 16 8 ``-W depend=afterany:1234''

Send_turbo aginduak direktorioan dauden fitxategiak /scratch edo /gscratch katalogora kopiatu eta bertan exekutatzen du kalkulua nodo bat edo gehiago erabiltzen direnaren arabera.

Cómo mandar Turbomole

send_turbo

Para lanzar al sistema de colas trabajos de Turbomole existe la utilidad send_turbo. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación:

send_turbo "EXEC and Options" JOBNAME TIME[or QUEUE] PROCS[property]  MEM [``Otherqueue options'' ]

  • EXEC: Nombre del programa de turbomole que se quiere usar.
  • JOBNAME: Nombre del input (normalmente control).
  • PROCS: Número de procesadores.
  • TIME[or QUEUE]: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss (o nombre de la cola).
  • MEM: memoria en GB y sin especificar la unidad.
  • [“Otras opciones de Torque”] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Ver ejemplos más abajo. Más información sobre estas opciones

Ejemplos

Para mandar Turbomole (binario jobex) con el input control a 1 nodo, 8 procesadores de ese nodo con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM ejecutar:

send_turbo jobex control 04:00:00 8 1

Para mandar Turbomole (jobex -ri) con el input control a 2 nodos, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute después del trabajo 1234.arina:

send_turbo jobex -ri control 192:00:00 16 8 ``-W depend=afterany:1234''

El comando send_turbo copia el contenido del directorio desde el que se lanza al /scratch o /gscratch -si se usan 2 o más nodos, es allí donde realiza el cálculo.

Lista de Distribución

La lista sirve para avisar a los usuarios sobre incidencias de las máquinas e información de interés. Nos gustaría que también fuera un foro de ayuda para los problemas y/o dudas que pueda generar el uso del del servicio (tanto de hardware como de software). Así, además de los técnicos, los usuarios también podrán tener conocimiento de los problemas de otros usuarios, que muchas veces coinciden con los propios.

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