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octubre, 2010:

Zerbitzua Gehien Aipatzen duten Ikertzaileak

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http://labs.researcherid.com/mashlets/rid/mashletsServer.jsp?rid=F-3072-2010&mid=CitationDistribution&cat=Categories

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Acceso

Cómo obtener cuenta

Los clusters se encuentran accesibles a todos los investigadores de la UPV/EHU que para conectarse deben de solicitar una cuenta, empresas y otras entidades contactar con los técnicos. No obstante, para utilizar los nodos de cálculo es necesario también solicitar tiempo de cálculo que será facuturado. Se evaluarán las peticiones y asignarán los recursos. La tarifas se encuentran en este link. El cluster Pendulo es de uso gratuito y no es necesario la solicitud de tiempo de cálculo.

Cómo conectarse

Para conectarse al servidor es necesario usar un cliente ssh. En máquinas con sistema operativo Windows/Mac(sin OSX) usar un programa tipo (Secure Shell, putty). Para poder exportar las ventanas de aplicaciones gráficas es necesaria una herramienta auxiliar, por ejemplo Xwin32 (consultar al CIDIR sobre las licencias o para instalarlo, ext 15-4400), Cygwin o X2GO.

En máquinas con sistema operativo Unix/Linux (también Mac OSX) simplemente usar desde un terminal:

ssh -X usuario@katramila.lgp.ehu.es

ssh -X usuario@kalk2017.lgp.ehu.es

Aplicaciones gráficas

El flag -X de la sección anterior nos permitirá ejecutar aplicaciones gráficas en Linux o OSX.

Para utilizar herramientas gráficas como StarCD, StarCCM+, ADF, Maestro, ECCE, … es recomedable usar X2GO tanto en Windows como en Linux, ya que estás irán mucho más rápido. La instalación es sencilla,únicamente debéis tener en cuenta la elección del servidor Guinness, Katramila o Péndulo y seleccionar tipo de sesión “Aplicación” y comando “Terminal” en las preferencias de sesión.

TORQUE/MAUI Ilara-sistema

Zerbitzarian test txikiak konpilatu eta egin daitezke: ordu bete baino gehiagoko lanak automatikoki ezabatzen dira. Kalkulu handiagoak egiteko ilara-sistemaren bidez bidali behar dira. (más…)

Ohizko qsub komando

Programak ilaretara bidaltzeko agindu hau erabiltzen da qsub:

qsub script_file
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qsub interaktiboa

Modu interaktiboa: Ez bada inongo fitxeroa zehazten eta qsub soilik exekutatzen bada
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Sarbidea

Nola lortu kontu bat

Klusterrak EHUko ikertzaile guztien eskura daude; konektatzeko kontua eskatu behar dute, enpresak eta beste erakundeak jarri arremanetan teknikariekin. Dena den, kalkulu-nodoak erabiltzeko ere kalkulu-denbora eskatu behar da;  denbora hori fakturatu egiten da. Baliabideak eskaerak ebaluatu ondoren esleituko dira. EHUko ikertzaileei fakturatuko zaien indarrean dagoen salneurriaren arabera. Péndulo klusterra doanik da eta ez da beharrezkoa kalkulu denbora eskaera egitea.

Nola Konektatu

Zerbitzarira konektatzeko ezinbestekoa da ssh bezeroa izatea. Windows/Mac (OSX gabe) sistema eragilea duten makinetan (Secure Shell, putty) programaren modukoak erabili. Aplikazio grafikoen leihoak esportatu ahal izateko tresna osagarri bat behar da, adibidez Xwin32 (IISIGen kontsultatu baimenen gaia edo intalatzeko, 15-4400 luzapena), Cygwin edo X2GO (gomendatuta etxetik konektatzeko eta windows ordenagailuentzat).

Unix/Linux sistema eragilea duten makinetan (Mac OSXen ere bai), terminal batetik erabili:

ssh -X usuario@katramila.lgp.ehu.es

ssh -X usuario@kalk2017.lgp.ehu.es

Aplikazio grafikoak

Flag-X delakoari esker aplikazio grafikoak exekutatu ahal izango ditugu Linuxen eta OSXen

Aplikazio grafikoak erabiltzerakoan, hau da, StarCD, StarCCM+, ADF, Maestro, ECCE, … bezalakoak,  X2GO tresna bitartez egitea gomendatzen dugu, askoz ere azkarrago erabili ahal izango baitituzue. Instalazioa erraza da. Kontutan hartu behar duzuena  Guinness, Maiz edo Péndulo zerbitzaria erabiltzea besterik ez da. Aukeratu behar da saioaren ezaugarrietan, saio mota “Aplicación” eta komandoa “Terminala”.

Pendulora eta Arinara bidaltzeko

Arina eta Péndulo TORQUE/MAUI ilara sistema banatutak dite. Konektatuta zauden serbitzariko ilara sistemara bidaltzen da lana defektuz. Lanak bidaltzeko komandoa da:
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Beste TORQUE Agindu Interesgarriak

Informazio eta agindu gehiago nahi badituzu, jo ezazu TORQUE eta MAUI eskuliburuetara.

Torqueren online eskuliburua.

Mauiren online eskuliburua

TORQUEk posta-helbide jakin batera mezua bidal diezagun agindu dezakegu, jakiteko lana noiz hazten den ibiltzen (b); lana bukatutakoan ere (e) mezua bidal diezaguke ; horretarako, scriptari hau gehitu behar diogu:

#PBS -M nirekontua@ehu.es
#PBS -m be

Nodo mota edo arkitektura aukeratzko etiketa bat gehitu behar zaio nodes lerrora. Balio diren etiketak opteron, itanium, itanium4, itanium8 eta itaniumb. Nodoak dituzten etiketak itanium eta opteron ezaugarrietan ikusi daitezke. Jarri adibidez:

#PBS -l nodes=1:ppn=8:itanium

Lana bidaltzeko nodoak aukera daitezke. Adibidez, scriptaren lerro honekin:

#PBS -l nodes=cn13:ppn=4+cn14:ppn=2

lana 4 prozesadore dituzten cn13 nodoetara eta 2 prozesadore dituen cn14 nodora bidaltzen du.

Lana kide garen beste talde batera bidali nahi badugu eta talde hori lehenetsita ez badago, erantsi sasiagindu hau:

#PBS -W group_list=grupo

grupo taldearen izena da. Lan horren fakturazioa adierazitako taldeari egokitzen zaio.

Software de desarrollo

Compiladores y versiones instaladas en las diferentes arquitecturas.

Compiladores

Xeon
Itanium Opteron
Pendulo
GNU ok ok ok ok
Intel ok ok ok ok
Portlan (PGI) 10.9 10.9
Cuda 3.2
Java Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode)OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode) Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM(build 14.0-b16, mixed mode)
HMPP ok

MPI

Xeon
Itanium
Opteron Pendulo
HP-MPI ok ok
Bull-MPI ok ok
Intel MPI ok ok ok
Openmpi ok ok
mvapich2 1.4.1 ok

Librerías

Xeon Itanium
Opteron Pendulo
Intel MKL ok ok ok ok
FFTW ok ok ok ok
GSL ok ok ok ok

AMBER

Informazio orokorra

AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) programaren 14. bertsioa eta AMBER-tools15. Potentzial enpirikoak erabiltzen dituen programa da eta dimanika molekularra eta energi minimizazioak egiten ditu. Sistema biologikoetarako erabiltzen da bereziki.

Nola erabili

Seriean eta paraleloan konpilatuta dago eta direktorio honetan topatu daitezke programak:

/software/bin/amber/

send_amber

lanak kolara bidalteko send_amber tresna prestatu dugu:

send_amber "Sander_options" Nodes Procs_Per_Node[property] Time [or Queue] [Mem] ["Other_queue_options"]

Sander_options: the options you want to use in the calculation, inside quotes
Nodes: is the number of nodes
Procs: is the number of processors (you may uinclude the node type) per node.
Time: or Queue the walltime (in hh:mm:ss format) or the queue name of the calculation
Mem: the PBS memory (in gb)
[Mem] and ["Other_queue_options"] are optional

“Other queue options” aukerarentzako see examples below:

send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" job1 1 8 p_slow
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 2 8:xeon vfast 16 "-W depend=afterany:1234"
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 4 8 24:00:00 32 "-m be -M mi.email@ehu.es"

Informazio gehiago

Amber home page.

On-line eskuliburua.

Tutorialak.

Eskura kagoen kalkulu softwarea

 

Quantum Mechanics

Kola etiketak

 Katramila
xeon,rh7,xeon20
 Guinness
xeon,oxeon
Kalk2017
xeon,rh7,xeon28
Abinit ok ok
ADF 2017.110 2017.110 2017.110
BigDFT ok ok
Casino 2.4 ok
Dirac 08 ok
Espresso ok ok
Gamess Jan 2009 ok
Gaussian 03 & 09 ok ok ok
Jaguar ok ok ok
MIKA .81 ok
NBO 5 ok
NWChem 6.3 6.3 ok
Orca  3.0.3  ok ok
PSI4 ok ok
Qbox ok ok
Qsite ok ok ok
Siesta 2.0.1 ok
Siesta 3.0 ok
TB-LMTO 4.6 ok
Terachem ok
Turbomole 6.6 ok ok
VASP ok ok ok
Wien2K ok ok
Yambo 3.2.2 ok ok

Biochemistry / Molecular Mechanics

 Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
 Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Amber ok ok
DL_POLY ok ok
Gromacs ok ok ok
GULP 4.0 ok
LAMMPS ok
Macromodel ok ok ok
NAMD 2.6 ok
Towhee 7.0.2 ok

Matematika eta Grafikoak

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Coin-or ok ok
CPLEX ok ok
Grace 5.1.19 ok ok ok
Mathematica ok ok ok
Matlab ok ok
Matplotlib ok
Octave 3.2.3 ok
Octave 3.2.4 ok
R, RCommander eta RStudio 3.3.3 3.3.2 3.3.3
Scilab 5.1.1 ok
Scilab 5.2.2 ok

Genetika

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)

Kola Etiketak

xeon20
rh7
oxeon
xeon12
xeon8
xeon28
rh7
ABySS ok
BEAST ok ok
BLAST ok
Blast2Go ok
Clean_reads ok
CLUMPP ok
Cufflinks ok
Genepop ok
IDBA-UD ok ok
MetAMOS ok
mpiBLAST ok
QIIME ok
SPAdes ok ok
Structure ok
TopHat ok
Trinity ok
USEARCH ok
Velvet ok

Bisualizazio Softwarea

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
 
Gaussview ok
Maestro ok ok
Molden ok
NX client ok ok
P4VASP ok ok
x2Go ok ok
XCrysDen ok
Xmakemol ok ok
VMD ok ok

Beste Softwarea

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
GAP 4.4 ok
Gretl ok
HTK 3.4.1
NCL-NCAR ok
OOMMF ok ok
PHENIX ok
SCIPION ok
STAR-CCM+ ok ok ok
WRF 3.1 ok

Software de Cálculo

 

DL

Quantum Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Abinit ok ok ok ok
ADF 2017.110 2017.110 1017.110
BigDFT ok ok
Casino 2.4 ok
Dirac 08 ok
Espresso ok ok
Gamess Jan 2009 ok
Gaussian 03 & 09 ok ok ok
Jaguar ok ok ok
MIKA .81 ok
NBO 5 ok
NWChem 6.3 ok ok
Orca 3.0.3 ok ok
PSI4 ok ok
Qbox ok ok
Qsite ok ok ok
Siesta 2.0.1 ok
Siesta 3.0 ok
TB-LMTO 4.6 ok
Terachem ok
Turbomole 6.6 ok ok
VASP ok ok ok
Wien2K ok ok
Yambo 3.2.2 ok ok

BioChemistry / Molecular Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Amber ok ok
DL_POLY ok ok
Gromacs ok ok
GULP 4.0 ok
LAMMPS ok
Macromodel ok ok ok
NAMD 2.6 ok
Towhee 7.0.2 ok

Matemática y Gráficos

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Coin-or ok ok
CPLEX ok ok
Grace 5.1.19 ok ok ok
Mathematica ok ok ok
Matlab ok ok
Matplotlib ok
Octave 3.2.3 ok
Octave 3.2.4 ok
R, RCommander y RStudio 3.3.3 3.3.2 3.3.3
Scilab 5.1.1
Scilab 5.2.2 ok

Genética

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
ABySS ok
BEAST ok ok
BLAST ok
Blast2Go ok
Clean_reads ok
CLUMPP ok
Cufflinks ok
Genepop ok
IDBA-UD ok ok
MetAMOS ok
mpiBLAST ok
QIIME ok
SPAdes ok ok
structure ok
TopHat ok
Trinity ok
USEARCH ok
Velvet ok

Software de Visualización

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Gaussview ok
Maestro ok ok
Molden ok ok
NX client ok ok
P4VASP ok ok
x2Go ok ok
XCrysDen ok
Xmakemol ok ok
VMD ok ok

Otro Software

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
GAP 4.4 ok
Gretl ok
HTK 3.4.1
NCL-NCAR ok
OOMMF ok ok
PHENIX ok
SCIPION ok
STAR-CCM+ ok ok ok
WRF 3.1 ok