Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

julio, 2011:

OOMMF

General information

1.2 version of the micromagnetic simulation program. It has not been compiled with the parallel version of tcl.

How to use

By executing

oommf.tcl

GUI will appear to prepare and analize calculations. To submit OOMMF to the queue system you can execute

send_oommf

which will build a correct script and submit it.

Benchmark

A small benchmark has been made with the 1.2 version. OOMMF scales quite well up to 4 cores in the xeon nodes, where best results are obtained..

Node type xeon20 xeon12 xeon8
Time
776
905 1224

More information

OOMMF home page.

OOMMF documentation.

Orca

Informazio Orokorra

Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT  ugari ditu.

Nola Erabili

Exekutagarriak  /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.

 Nola bidali Orca lanak

Benchmarkak

Orca (B3LYP optimizazioa)  kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.

Cores Xeon Denbora Speed Up Eraginkortasuna
1 3438 100%
8 498 6.9 86%
16 316 10.90 62%
32 218 15.77 50%

Orca nola bidali

send_orca agindua

send_orca aginduak Orca lanak  modu erraz batean bidaltzen ditut ilara sistemara.

Send_orca komandoa erabiltzea gomendatzen dugu. Komando honek TORQUE  scripta prestatu eta ilarara bidaliko du.  remote_molden/remote_vi (ikus behean)  tresnekin jarraitu ahal izango dira kalkukluaren gorabeherak.

Erabiltzeko modua honakoa da:

send_orca lana kola_edo_denbora num_node num_proc [mem] [opciones de TORQUE]
  • lana: Orca sarrera fitxategia inp luzapena  gabe izena.
  • kola edo denbora:  ilara edo  kalkulu denbora formatuan ( mm: ss hh)  zehaztu daitezke.
  • num_node: Erabili nahi den nodo kopurua.
  • num_proc:  nodo bakoitzeko erabili nahi dituzun  prozesadoreak kopurua 8 edo 8 baino txikiagoa izateaz gain,  8-ren multiploa ere izan daiteke.
  • mem:  memoria en GB-etan.
  • [beste TORQUE aukerak]: TORQUE-ren aukra aurreratuak.

Adibideak

send_orca h2o p_slow 1 8
send_orca h2o p_slow 2 8 20
send_orca h2o 23:00:00 1 16:xeon 4 ``-m be -M niri@ehu.es -W depend=afterany:4827''

Lanen Jarraipena

remote_vi  eta remote_molden tresnak erabili daitezke  *.out  fitxategia aztertzeko. Adibidez:

remote_vi 2341

remote_molden 2341

edo

remote_vi 2341.arina
remote_molden 2341.arina

non 2341(.arina)  ilarako  lanaren identifikatzailea den.

Orca

ORCA (3.0.3) is a flexible, efficient and easy-to-use general purpose tool for quantum chemistry with specific emphasis on spectroscopic properties of open-shell molecules. It features a wide variety of standard quantum chemical methods ranging from semiempirical methods to DFT to single- and multireference correlated ab initio methods. It can also treat environmental and relativistic effects.

Información general

ORCA es un programa, flexible, eficiente y fácil de utilizar, una herramienta de propósito general para la química cuántica, con especial hincapié en las propiedades espectroscópicas de moléculas con capa abierta. Cuenta con una amplia variedad de métodos estándar de química cuántica desde los métodos semiempíricos, DFT  …

Cómo usar

Los ejecutables de  se encuentran instalados en /software/orca, y para un uso más sencillo se ha creado la herramienta send_orca. Para usarla ver cómo enviar Orca.

Benchmark

Presentamos los datos de un benchmark  realizados con Orca (optimización b3lyp) en las máquinas del servicio, excluimos itanium porque el rendimientro es muy pobre.

Cores Xeon Tiempo Speed Up Eficiencia
1 3438 100%
8 498 6.9 86%
16 316 10.90 62%
32 218 15.77 50%