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febrero, 2012:

Velvet

Informazio orokorra

1.2.03 bertsioa. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute. The tool takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired-end read and long read information, when available, to retrieve the repeated areas between contigs.

Begiratu ere instalatuta dagoen ABySS eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Nola erabili

velveth edo velvetg exekutatzeko Torque ilara sisteman gehitu zuen scriptetan:

/software/bin/velvet/velveth [velvet opzioak]
/software/bin/velvet/velvetg [velvet opzioak]

Erendimendua

Velvet OpenMP paralelizatzeko gaitasunarekin konpilatu da. Bere errendimendua neurtu dugu eta eskuragarri daude Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU dokumentuan. Velvetek RAM memoria kopuru handia behar dukalkulu handietarako eta neurtu dugu ere. Formula simple batzuk lortu ditugu RAM memoria aurreikusteko sarrera fitxeroen arabera, horrela ikertzaileak bere ikerketa planifikatu dezake.

Begiratu ere instalatuta dagoen ABySS eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Informazio gehiago

Velvet web horrialdea.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU, errendimenduari buruzko txostena.
hpc blogean sarrera: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.

Velvet

Información general

Versión 1.2.03. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute. The tool takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired-end read and long read information, when available, to retrieve the repeated areas between contigs.

Leer también sobre ABySS y el artículo que hemos publicado comparando ambos.

Cómo usar

Para ejecutar velveth o velvetg en el sistema de colas Torque añadir en los scripts:

/software/bin/velvet/velveth [opciones de velvet]
/software/bin/velvet/velvetg [opciones de velvet]

Rendimiento

Velvet ha sido compilado con soporte paralelo a través de OpenMP. Hemos medido el rendimiento y los resultados están disponibles en la memoria Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU. Velvet usa una enorme cantidad de memoria RAM para grandes cálculos y también la hemos medido. Hemos obtenido unas simples fórmulas para predecir el uso de memoria RAM en función de los ficheros de entrada de modo que el investigador pueda planificar su investigación.

Leer también sobre ABySS y el artículo que hemos publicado comparando ambos.

Más información

Página web de Velvet.
Memoria sobre el rendimiento Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.
Entrada en el blog hpc: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.

, post in the hpc blog

Velvet

General information

1.2.03 version. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute. The tool takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired-end read and long read information, when available, to retrieve the repeated areas between contigs.

See also the installed ABySS and comparing both we have published article.

How to use

To run velveth or velvetg add in your scripts for the Torque queue system the corresponding command:

/software/bin/velvet/velveth [velvet options]
/software/bin/velvet/velvetg [velvet option]

Performance

Velvet has been compiled with parallel support througth OpenMP. We have measured the perfomance and the results are available in the report about the Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU. Velvet uses huge amount of RAM for large calculations and we have measured it. In the report some simple formulas are obtained to predict the use of RAM for their input files, so the researches can know the needed RAM before start the calculations and in this way can plan their research.

See also the installed ABySS and comparing both we have published article.

More information

Velvet web page.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU report.
Velvet and ABySS performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU, post in the hpc blog.

BLAST

General Information

2.2.24 version of BLAST de NCBI. Due to performance reasons it has not been installed in Itanium nodes.

 

Data bases

The Service has installed several data bases, contact the technicians to use them or install new ones.

How to use

To submit jobs to the queue system we strongly recomend to use the command

send_blast

it will make some questions to prepare the job

Performance and gpuBLAST

We have compared BLAST with mpiBLAST and gpuBLAST, the result of the bechmarks are in the blog of Service. mpiBLAST is installed in the Service.

 

More information

BLAST web page.

Blast2GO y mpiBLAST is also installed.

BLAST

Informazio orokorra

BLAST-en 2.2.24 bertsioa. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.

Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.

Base datuak

Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin behar ez diren kopiak ez edukitzeko.

Nola erabili

Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu

send_blast

komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.

Errendimendua eta gpuBLAST

Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira. mpiBLAST Zerbitzuan instalatuta dabo. Baita gpuBLAST ere baina ez dago aktibatuta GPGU nodoak gutxi direlako eta errendimendua asko hobetzen ez delako.

Informazio gehiago

BLASTeko web orrialdea.
Blast2GO ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.
mpiBLAST ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.

BLAST

Información general

Versión 2.2.24 de BLAST de NCBI. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas, empleado en bioinformática. El programa es capaz de comparar una secuencia problema contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos y encontrar las que tienen mayor parecido así como la significación de cada resultado.

Por razones de rendimiento no se ha instalado en los Itanium.

Bases de datos

El Servicio tiene instaladas varias bases de datos para uso compartido, consulta con los técnicos para más información. Si quieres actualizar o instalar más bases de datos contacta con los técnicos para evitar copias múltiples innecesarias.

Cómo ejecutar

Para enviar trabajos al sistema de colas recomendamos el uso del comando

send_blast

que nos hará las preguntas necesarias para lanzar el trabajo.

Rendimiento y gpuBLAST

Hemos comparado el BLAST normal de NCBI  con mpiBLAST gpuBLAST. Se pueden encontrar los resultados en el blog del Servicio. mpiBLAST está instalado en el Servicio. También gpuBLAST pero no está activo dado que son pocos los nodos con GPGPUs y no se obtiene un rendimiento tan grande.

Más información

Para más información página web de BLAST.

También está instaldado Blast2GO y mpiBLAST.