Información general

Versión 2.2.24 de BLAST de NCBI. El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas, empleado en bioinformática. El programa es capaz de comparar una secuencia problema contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos y encontrar las que tienen mayor parecido así como la significación de cada resultado.

Por razones de rendimiento no se ha instalado en los Itanium.

Bases de datos

El Servicio tiene instaladas varias bases de datos para uso compartido, consulta con los técnicos para más información. Si quieres actualizar o instalar más bases de datos contacta con los técnicos para evitar copias múltiples innecesarias.

Cómo ejecutar

Para enviar trabajos al sistema de colas recomendamos el uso del comando

send_blast

que nos hará las preguntas necesarias para lanzar el trabajo.

Rendimiento y gpuBLAST

Hemos comparado el BLAST normal de NCBI  con mpiBLAST gpuBLAST. Se pueden encontrar los resultados en el blog del Servicio. [intlink id=»1495″ type=»post» target=»_blank»]mpiBLAST[/intlink] está instalado en el Servicio. También gpuBLAST pero no está activo dado que son pocos los nodos con GPGPUs y no se obtiene un rendimiento tan grande.

Más información

Para más información página web de BLAST.

También está instaldado [intlink id=»1493″ type=»post»]Blast2GO[/intlink] y [intlink id=»1495″ type=»post» target=»_blank»]mpiBLAST[/intlink].