Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

Arina Clusterra

Configuración

La configuración física de Arina y Maiz se detalla en .

Arina consta de dos servidores, arina (itanium2) y maiz (opteron), a donde se conectan los usuarios desde el exterior. El servidor esta conectado a los nodos a traves de un red ethernet. Es a traves de esta red que se exporta el directorio /home a todos los nodos a traves de NFS. Todas las noches se realiza una copia de seguridad del directorio /home. Cuando un nodo escribe en /home la información ha de ser enviada al servidor a traves de la red NFS (lenta). Por ello no es recomendable hacer uso de este directorio durante el cálculo, sino lanzar los cálculos desde los discos locales de cada nodo. Para ello los nodos poseen un disco local de 36 o 72 GB con el directorio/scratch (existe un nodo para cálculos especiales de 130 GB). También se dispone de un sistema de almacenamiento de altas prestaciones para cálculo con 4.7 TB de espacio.

Arina consta de 280 núcleos o cores Itanium2 y 40 núcleos opteron. Existen 4 servidores de conexión y compilación: Arina y Arinaz con procesadores Itanium2 para compilar programas para procesadores Itanium2, Maiz, con procesadores opteron para compilar programas para procesadores opteron y Guinness con
procesadores Xeon. En total hay 720 núcleos y 4.7 TB en un sistema de disco especial de scratch para cálculo.

Caracteristicas de los Nodos Xeon

Cluster BullX con 440 microprocesadores Xeon 5420 y sistema operativo Red Hat Linux AS 5.

Características Técnicas del cluster:

Cantidad Nombre Tipo Proc. Cores Velocidad RAM (GB) Disco (GB) Etiqueta
1 Guinness Servidor 2 8 2.3 GHz 12
19 cn3-20,57 Nodo 2 8 2.3 GHz 24 250 xeon
36 cn21-56, Nodo 2 8 2.3 GHz 48 250 xeon

Conexión de red para cálculo infiniband QDR con 40 GB/s de ancho de banda y baja latencia.

Todos los nodos de cálculo tienen además la etiqueta xeon. Las etiquetas se usan para seleccionar esos nodos a la hora de calcular. Ver el sistema de colas.

Los procesadores Xeon tienen la misma arquitectura que los Opteron por lo que los programas compilados en Guinness con compatibles en los nodos Opteron.

Software disponible en los Nodos Xeon

Area Programas
Química Gaussian 09 Qsite Jaguar NWchem CPMD
Física Ab-Init BigDFT Siesta Espresso
Ingeniería StarCCM+
Bioquímica Gromacs Macromodel
Compiladores gnu Intel PGI
Librerias MKL FFTW GSL hdf5 netcdf

Caracteristicas de los Nodos Itanium

Cluster HP Integrity Server con 280 microprocesadores Itanium2 y sistema operativo Red Hat Linux AS 4.

Características Técnicas del cluster:

Cantidad Nombre Tipo Proc. Cores Velocidad RAM (GB) Disco (GB) Etiqueta
1 Arina Servidor 2 4 1.6 GHz 8
1 Arinaz Servidor 2 2 1.3 GHz 2
10 cn01-10 Nodo 4 4 1.3 GHz 4 36 itanium4
4 cn11-14 Nodo 4 4 1.3 GHz 16 36 itanium4
4 cn15-18 Nodo 4 8 1.6 GHz 16 72 itanium8
8 cnd20-27 Nodo 4 8 1.6 GHz 16 550 itaniumb
14 cnd28-41 Nodo 4 8 1.6 GHz 32 550 itaniumb
1 cnd42 Nodo 4 8 1.6 GHz 128 550 itaniumb
1 cnd43 Nodo 4 8 1.6 GHz 64 550 itaniumb

Conexión de red para cálculo infiniband con 10 GB/s de ancho de banda y baja latencia.

Todos los nodos de cálculo tienen además la etiqueta itanium. Las etiquetas se usan para seleccionar esos nodos a la hora de calcular.

Software disponible en los Nodos Itanium

Caracteristicas de los Nodos Opteron

Cluster DL585 Server con 40 microprocesadores Opteron y sistema operativo Red Hat Linux AS 4 (update 4).

Características Técnicas del cluster:

Cantidad Nombre Tipo Proc. Cores Velocidad RAM (GB) Disco (GB) Etiqueta
1 Maiz Servidor 2 4 1.8 GHz 4
4 cno01-04 Nodo 4 8 2.4 GHz 16 72 opteron
1 cno05 Nodo 4 8 2.4 GHz 32 72 opteron

Conexión de red para cálculo infiniband con 10 GB/s de ancho de banda y baja latencia.

Las etiquetas se usan para seleccionar esos nodos a la hora de calcular. Ver el sistema de colas.

Software disponible en los Nodos Opteron

Sistema de Archivos Paralelos

A parte de los discos locales de cada nodo (scratch) se tiene un sistema de archivos global para cálculo HP-SFS de 4.7 TB de capacidad, de escritura y lectura paralela en discos y basado en tecnología Lustre. Alcanza los 400MB/s de ancho de banda en escritura y los 600MB/s en lectura (un disco normal anda en 30-40 GB/s).

Recomendamos su uso si se da alguna de estas cirscunstancias.


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