Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

Kalkulu Softwarea

PSI4

General information

PSI4 is an open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. It is very easy to use and has an optional Python interface.

How to Use

send_psi4

  • To send PSI4 to the queue system use the send_psi4 utility. When executed,
    shows the command syntax, which is summarized below:
  • send_psi4 JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below. More information about this options

More information

PSI4 web page.

PSI4

Información General

PSI4 is an open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy simulations of a variety of molecular properties. It is very easy to use and has an optional Python interface.

Cómo Usar

send_psi4

  • Para enviar PSI4 en el sistema de colas se ha creado la utilidad send_ps4. Cuando se ejecuta sin argumentos muestra la siguiente ayuda:

 

send_psi4 JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'']

 

JOBNAME: Is the name of the input with extension.
NODES: Number of nodes.
PROCS: Number of processors.
TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
[``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
See examples below. More information about this options

Ejemplos

Enviamos el input.in a un nodo, cuatro procesadores en ese nodo, con un tiempo de 4 horas solicitado:

send_psi4 job1 1 4 04:00:00

Enviamos un trabajo a 2 nodos compuation, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de memoria RAM y para empezar a correr después del trabajo 1234.arina haya terminado:

send_psi4 job2 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Enviamos el Trabajo a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con el tiempo de 200 horas, 2 GB de RAM y solicitamos se nos envíe un correo electrónico al principio y al final del cálculo de la dirección especificada .

send_psi4 job 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Más información

Página web de PSI4.

IDBA-UD

Informazio orokorra

IDBA-UD 1.1.1 is a iterative De Bruijn Graph De Novo Assembler for Short Reads Sequencing data with Highly Uneven Sequencing Depth. It is an extension of IDBA algorithm. IDBA-UD also iterates from small k to a large k. In each iteration, short and low-depth contigs are removed iteratively with cutoff threshold from low to high to reduce the errors in low-depth and high-depth regions. Paired-end reads are aligned to contigs and assembled locally to generate some missing k-mers in low-depth regions. With these technologies, IDBA-UD can iterate k value of de Bruijn graph to a very large value with less gaps and less branches to form long contigs in both low-depth and high-depth regions.

Nola erabili

Lanak koletara bidaltzeko ondorengo komandoa erabili daiteke

send_idba-ud

eta galdera batzuk erantzun eta gero bidaliko du lana.

Erendimendua

IDBA-UD ondo eskalatzen du 8 koreetaraino. Hortik gora ez dugu inongo hobenkuntzarik nabaritu. Benchmark --mimk 40 --step 20 aukerekin egin da eta step murriztu dugunean okerrago paralelizatzen du. Bigarren taulan ere step 10-ekin errendimendua ez da ona 4 koretik gora.

kore 1 oinarri bezala 2 kore oinarri bezala
Koreak Denbora (s) Azelerazioa Errendimendua (%) Azelerazioa Errendimendua
1 480 1 100
2 296 1.6 81 1.0 100
4 188 2.6 64 1.6 79
8 84 5.7 71 3.5 88
12 92 5.2 43 3.2 54

Bigarren benchmarka fitxategin handiago batekin egin dugu, 10 milio basetakoa eta --mink 20 --step 10 --min_support 2 aukerekin. Ikusten dugu konportamendu erregularragoa eta nola 4 koreetatik gora ez duen ondo eskalatzen.

Koreak Denbora (s) Azelerazioa errendimendua (%)
1 13050 1 100
2 6675 2.0 98
4 3849 3.4 85
8 3113 4.2 52
16 2337 5.6 35
20 2409 5.4 27

Informazio gehigo

IDBA-UD web orrialdea.

SPAdes

Informazio orokorra

SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads. Supports paired-end reads, mate-pairs and unpaired reads. SPAdes can take as input several paired-end and mate-pair libraries simultaneously. Note, that SPAdes was initially designed for small genomes. It was tested on single-cell and standard bacterial and fungal data sets.

Nola erabili

Kalkuluak bidaltzeko koletara

send_spades

komandoa erabili daiteke, honek galdera batzuk erantzutez kalkulua konfiguratuko du.

Errendimendua

Ez da neurtu inongo hobekuntzarik hainbat koreak erabiliz kalkulu normal batean, mota henetakoa:

spades.py -pe1-1 file1 -pe1-2 file2 -o outdir

Kore bakarra erabiltzea gomendatzen dugu, errendimendu hobea lortuko dela jakin ezik kore gehiago erabiliz gero.

Informazio gehiago

SPAdes web orrialdea.

MetAMOS

Informazio orokorra

MetAMOS represents a focused effort to create automated, reproducible, traceable assembly & analysis infused with current best practices and state-of-the-art methods. MetAMOS for input can start with next-generation sequencing reads or assemblies, and as output, produces: assembly reports, genomic scaffolds, open-reading frames, variant motifs, taxonomic or functional annotations, Krona charts and HTML report. 1.5rc3 version.

Nola erabili

Koletara lanak bidaltzeko

send_metamos

komandoa erabili daiteke eta egiten dituen galderak erantzuten. Kontutan hartu MetAMOS memoria asko behar duela, gutxi gorabehera RAM GB bat milioi read bakoitzeko.

Informazio gehiago

MetAMOS web orrialdea.

QIIME

Information orokorra

QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology) is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME is designed to take users from raw sequencing data generated on the Illumina or other platforms through publication quality graphics and statistics. This includes demultiplexing and quality filtering, OTU picking, taxonomic assignment, and phylogenetic reconstruction, and diversity analyses and visualizations. QIIME has been applied to studies based on billions of sequences from tens of thousands of samples

Nola erabili

QIIME lanak bidaltzeko exekutatu

send_qiime

eta erantzun galdereí.

USEARCH

QIIME USEARCH paketea erabili dezake.

Informazio gehiago

QIIME home page.

USEARCH.

 

 

USEARCH

Informazio orokorra

USEARCH is a unique sequence analysis tool that offers search and clustering algorithms that are often orders of magnitude faster than BLAST. Tenemos la versión de 32 bits que es gratuita, pero no distribuible a terceros. Tiene la limitación de 4 GB de RAM como máximo.

Cómo usar

USEARCH erabiltzeko erabili ondorengo komandoa

/software/bin/usearch

adibidez

usearch -cluster_otus data.fa -otus otus.fa -uparseout out.up -relabel OTU_ -sizein -sizeout

Momentuz USEARCH xeon20 etiketa duten nodoetan dago eskuragarri

QIIME

USEARCH QIIME-pean erabili daiteke

Informazio gehiago

USEARCH home page.

QIIME.

Trinity

Información general

2.1.1 release. Trinity, represents a novel method for the efficient and robust de novo reconstruction of transcriptomes from RNA-seq data. Trinity combines three independent software modules: Inchworm, Chrysalis, and Butterfly, applied sequentially to process large volumes of RNA-seq reads. Trinity partitions the sequence data into many individual de Bruijn graphs, each representing the transcriptional complexity at at a given gene or locus, and then processes each graph independently to extract full-length splicing isoforms and to tease apart transcripts derived from paralogous genes. Briefly, the process works like so:

  • Inchworm assembles the RNA-seq data into the unique sequences of transcripts, often generating full-length transcripts for a dominant isoform, but then reports just the unique portions of alternatively spliced transcripts.
  • Chrysalis clusters the Inchworm contigs into clusters and constructs complete de Bruijn graphs for each cluster. Each cluster represents the full transcriptonal complexity for a given gene (or sets of genes that share sequences in common). Chrysalis then partitions the full read set among these disjoint graphs.
  • Butterfly then processes the individual graphs in parallel, tracing the paths that reads and pairs of reads take within the graph, ultimately reporting full-length transcripts for alternatively spliced isoforms, and teasing apart transcripts that corresponds to paralogous genes.

Nola erabili

send_trinity

komandoa erabili daiteke lanak koletara bidaltzeko. Galdera batzuk erantzun eta gero koletara bidali behar den scripta sortu eta bidaliko du. Erabiltzaile  aurreratuentzak erabili daiteke ere adibide scrtip bat sortzeko.

Errendimendua

Trinity paraleloan exekutatu daiteke baina errendimendu txarrarekin 4 koretik gora, nahiz eta kore kopurua asko igo kalkulu denbora ez da asko jaisten. Trinimyk RAM asko erabiltzen du.

Trinityren errendimendua
Koreak  1 4 8 12
Denbora 5189 2116 1754 1852
Azelerazioa 1 2.45 2.96 2.80
Eraginkortasuna (%)  100 61 37 23

 

Informazio gehiago

Página web de Trinity.

ABySS

Informazio orokorra

1.3.2 ABySS bertsioa (Assembly By Short Sequences). ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. ABySS paraleloan exekutatu daiteke.

Begiratu ere instalatuta dagoen velvet eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Nola erabili

Exekutableak /software/abyss/bin karpetan daude. Kolako skriptetean exekutatzeko gehitu adibidez:

/software/abyss/bin/abyss-pe [abyss-pe opzioak]

Errendimendua

Begiratu ere instalatuta dagoen velvet eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Paralelizazioa

Abysseko benchmark batzuk egin dira. Benchmarkak HeSeq2000 NGS Illumina batek emandako datuegin egin dira 100 bp sekuentzia bakoitzeko. 1. taulan ikus dezakegu nola ABySSek eskalatzen duen kore kopuruaren arabera, ikus daitekeen bezala ondo paralelizatzen du 8 kore arte.

Taula 1. abyss-pe programaren exekuxio denbora segundutan kore kopuruaren arabera.
Koreak 2 4 8 12 24
Denbora (s) 47798 27852 16874 14591 18633
Azelerazioa 1 1.7 2.8 3.3 2.6
Errendimendua (%) 100 86 71 55 21

Exekuzio denbora

Exekuxio denbora era neurtu dugu datu tamainaren funtzioan. 2. taulan erakusten da nola milioi bat sekuentziatik 10 milioietara pasatzean denbora ere 10 aldiz handiagoa dela. 10 milioitin 100 milioi sekuentzietara pasatzean denbora 10 eta 20 artean handitzen da. Beraz, exekuzio denboraren konportamendua gutxi gorabehera lineala da.

Taula 2. abyss-pe programaren exekuzio denbora segundutan sekuentzia kopuruaren arabera en 2, 4 y 8 koreentzako.
Sekuentziak 10e6 10e7 10e8
Denbora 2 koretan (s) 247 2620 47798
Denbora 4 koretan (s) 134 1437 27852
Denbora 8 koretan (s) 103 923 1687

RAM memoria

Programa hauetan exekuzio denbora baino garrantzitzua RAM memoria da, oso handia izan baitaiteke. 3. taulan ikusten dugu nola RAM memoria handitzen den sekuentzia kopuruaren funtzioan. Neurtutako balioen logaritmoak ere erakusten ditugu hauek erabili baititugu erregresio lineala egiteko. Kalkuluan 12 koretan egin dira.

Taula 3. abyss-pe programak erabilitako RAM memoria sekuentzia kopuruaren funtzioan. Balioen logaritmoak ere erakusten dira.
Sekuentziak 10e6 5*10e6 10e7 5*10e7 10e8
RAM (GB) 4.0 7.6 11 29 44
log(sekuentziak) 6 6.7 7 7.7 8
log(RAM) 0.60 0.88 1.03 1.46 1.65

Neurtutako balioak ondoko ekuaziora doitu ditugu non (s) sekuentzia kopurua da eta memoria GBetan ematen da:

log(RAM)=0.53*log(s)-2.65

edo beste era batean

RAM=(s^0.53)/447

Ondorioak

RAM erabilera txikiagoa da beste ensanbladorekin alderatuta.  Velvet adibidez (ikus ere Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU txostena eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua. Gainera, ABySS MPI erabiltzen du paralelizazioa lortzeko eta honi esker hainbat nodoen RAM memoria gehitu dezakegu kalkulu handiagoak egin ahal izateko.

Informazio gehiago

ABySSeko web orrialdea.
Velvet ensambladorea.
hpc blogean sarrera: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU txostena.

Clean_reads

Informazio orokorra

0.2.2 bertsioa. clean_reads programak Sanger, 454, Illumina eta Solid NGS (next generation sequencing) datuak garbitzen ditu. Kendu ditzake

  • Kalitate txarreko aldeak
  • Adaptadoreak
  • Vektoreak
  • Espresio regularrak

Kalitate eratainan eta luzeeran oinarritutako kalitate txarreko irakurketak eliminatu ditzazke ere. Paraleloan exekutatu daiteke.

Nola erabili

Kola sistemara lanak bidaltzeko  erabili dezakezue

send_clean_reads

komandoa zinek galdera batzuen bitartez skripta prestatu eta bidaliko du.

Errendimendua

clean_reads programak paraleloan exekutatu daiteke eta ondo eskalatzen du 8 kore arte. 12 koreentzako errendimendua asko jaisten da. Taulan ikus daite benchmarken emaitzak. Xeon E5645 procesadoreak erabiliz 12 koretako nodoan.

Exekuzio denbora segundutan kore kopuruaren arabera
koreak 1 4 8 12
Denbora (s) 1600 422 246 238
Azelerazioa 1 3.8 6.5 6.7
Errendimendua (%) 100 95 81 56

Ondorengo komandoa exekutatu da

clean_reads -i in.fastq -o out.fastq -p illumina -f fastq -g fastq -a a.fna -d UniVec -n 20 --qual_threshold=20 --only_3_end False -m 60 -t 12

Informazio gehiago

clean_reads web orrialdea.

Velvet

Informazio orokorra

1.2.03 bertsioa. Velvet is a set of algorithms manipulating de Bruijn graphs for genomic and de novo transcriptomic Sequence assembly. It was designed for short read sequencing technologies, such as Solexa or 454 Sequencing and was developed by Daniel Zerbino and Ewan Birney at the European Bioinformatics Institute. The tool takes in short read sequences, removes errors then produces high quality unique contigs. It then uses paired-end read and long read information, when available, to retrieve the repeated areas between contigs.

Begiratu ere instalatuta dagoen ABySS eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Nola erabili

velveth edo velvetg exekutatzeko Torque ilara sisteman gehitu zuen scriptetan:

/software/bin/velvet/velveth [velvet opzioak]
/software/bin/velvet/velvetg [velvet opzioak]

Erendimendua

Velvet OpenMP paralelizatzeko gaitasunarekin konpilatu da. Bere errendimendua neurtu dugu eta eskuragarri daude Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU dokumentuan. Velvetek RAM memoria kopuru handia behar dukalkulu handietarako eta neurtu dugu ere. Formula simple batzuk lortu ditugu RAM memoria aurreikusteko sarrera fitxeroen arabera, horrela ikertzaileak bere ikerketa planifikatu dezake.

Begiratu ere instalatuta dagoen ABySS eta biak konparatzen publikatu dugun artikulua.

Informazio gehiago

Velvet web horrialdea.
Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU, errendimenduari buruzko txostena.
hpc blogean sarrera: Velvet performance in the machines of the Computing Service of the UPV/EHU.

BLAST

Informazio orokorra

BLAST-en 2.2.24 bertsioa. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.

Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.

Base datuak

Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin behar ez diren kopiak ez edukitzeko.

Nola erabili

Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu

send_blast

komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.

Errendimendua eta gpuBLAST

Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira. mpiBLAST Zerbitzuan instalatuta dabo. Baita gpuBLAST ere baina ez dago aktibatuta GPGU nodoak gutxi direlako eta errendimendua asko hobetzen ez delako.

Informazio gehiago

BLASTeko web orrialdea.
Blast2GO ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.
mpiBLAST ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.

Genepop

Informazio orokorra

4.1 bertsioa.

Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations.

Nola erabili

Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

/software/bin/Genepop < input_file

Non input_file Genepop-en opzioak dituen fitxeroa da, hots, Genepop interaktiboan egiten dituen galdereen erantzuna. Gomendatzen dizuegu qsub interaktiboan erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

 

Informazio gehiago

Genepopen web orrialdea.

CLUMPP

Informazio orokorra

1.1.3 bertsioa. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as structure, so that they match up as closely as possible. The user has the option of choosing one of three algorithms for aligning replicates, with a tradeoff of speed and similarity to the optimal alignment.

Nola erabili

Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

/software/bin/CLUMPP

CLUMPPek behar dituen opzioekin. Gomendatzen dizuegu qsub interactiboan erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

 

Informazio gehiago

CLUMPPen web orrialdea.

Structure

Informazio orokorra

2.33 bertsioa

The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and admixed individuals, and estimating population allele frequencies in situations where many individuals are migrants or admixed. It can be applied to most of the commonly-used genetic markers, including SNPS, microsatellites, RFLPs and AFLPs.

Nola erabili

Interfaz grafikoa exekutatzeko Pendulon, Maiz edo Guinnessen exekutatu

structure

Aplikazio grafikoak exekutatu ahal izateko irakurri nola konektatu Arinara.

Ilara sisteman exekutatzeko gehitu kolarako skriptean

/software/bin/structure

structure behar dituen opzioekin. Gomendatzen dizuegu qsub interaktiboan erabiltzea lanak kolara bidaltzeko.

 

Informazio gehiago

Structureren web orrialdea.

XCrySDen

Informazio orokorra

XcrysSDen egitura kristalinoak eta molekularrak ikusteko programa da. Gainazal,  kontornoak eta egitura atomikoak marrazten ditu. Interaktiboki aldatu daitezke.

Nola erabili

XCrySDen erabiltzeko exekutatu:

xcrysden

Aplikazio grafikoak ireki ahal izateko (begiratu nola konektatu).

Informazio gehiago

XCrySDen web orrialdea.

GRETL

Informazio orokorra

Gretl (Gnu Regression, Econometrics and Time-series Library) ekonometriako programa bat da. 1.9.6. bertsioa dago eskuragarri

Ezaugarriak

  • Incluye una gran variedad de estimadores: mínimos cuadrados, máxima verosimilitud, GMM; de una sola ecuación y de sistemas de ecuaciones
  • Métodos de series temporales: ARMA, GARCH, VARs y VECMs, contrastes de raíces unitarias y de cointegración, etc.
  • Variables dependientes limitadas: logit, probit, tobit, regresión por intervalos, modelos para datos de conteo y de duración, etc.
  • Los resultados de los modelos se pueden guardar como ficheros LaTeX, en formato tabular y/o de ecuación.
  • Incluye un lenguaje de programación vía ‘scripts’ (guiones de instrucciones): las órdenes se pueden introducir por medio de los menús o por medio de guiones.
  • Estructura de bucles de instrucciones para simulaciones de Monte Carlo y procedimientos de estimación iterativos.
  • Controlador gráfico mediante menús, para el ajuste fino de los gráficos Gnuplot.
  • Enlace a GNU R, GNU Octave y Ox para análisis más sofisticados de los datos.

Nola erabili

Gretl erabiltzeko exekutatu:

/software/bin/gretlcli

Informazio gehiago

Gretl web orrialdea.

CPLEX

Informazio orokorra

BM ILOG CPLEX Optimizer’s mathematical optimization technology enables smarter decision-making for efficient resource utilization. CPLEX provides robust algorithms for demanding problems: IBM ILOG CPLEX Optimizer has solved problems with millions of constraints and variables. 12.6.3 bertsioa instalatuta dago.

Features

  • Automatic and dynamic algorithm parameter control
    IBM ILOG CPLEX Optimizer automatically determines “smart” settings for a wide range of algorithm parameters, usually resulting in optimal linear programming solution performance. However, for a more hands-on approach, dozens of parameters may be manually adjusted, including algorithmic strategy controls, output information controls, optimization duration limits, and numerical tolerances.
  • Fast, automatic restarts from an advanced basis
    Large problems can be modified, and then solved again in a fraction of the original solution time.
  • A variety of problem modification options, such as:
    – The ability to add and delete variables
    – The ability to add and delete constraints
    – The ability to modify objective, right-hand side, bound and matrix coefficients
    – The ability to change constraint types
  • A wide variety of input/output options, such as:
    – Problem files: read/write MPS files, IBM ILOG CPLEX Optimizer LP files, MPS basis and revise files, binary problem/basis files
    – Log files: session information and various solution reports
    – Solution files: ASCII and binary solution files
    – IBM ILOG CPLEX Optimizer messages: Each message type (such as RESULTS, WARNINGS or ERRORS) can be directed to specified files, or completely suppressed.
  • Post solution information and analysis, including:
    – Objective function value
    – Solution variable and slack values
    – Constraint dual values (shadow prices)
    – Variable reduced costs
    – Right-hand side, objective function, and bound sensitivity ranges
    – Basic variables and constraints
    – Solution infeasibilities (if any exist)
    – Iteration/node count, solution time, process data
    – Infeasibility (IIS) finder for diagnosing problem infeasibilities
    – Feasibility optimizer for automatic correction of infeasible models

Nola erabili

CPLEX erabiltzeko exekutatu:

/software/bin/cplex/cplex

Benchmark

Benchmark txiki bat dago COIN-OR erabiliz COIN-OR web orrialdean.

Informazio gehiago

CPLEX web orrialdea.

Turbomole

Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements.

Informazio Orokorra

Katalisi homogeneo,  heterogeneo, kimika organikoa eta inorganikoa,   hainbat espectroskopia arazo eta biokimikako sistemak aztertzeko egokia da. Programaren funtzio nagusiak honakoak dira:

  • DFT (LDA, GGA, híbridos).
  • Erantzun funtzioak (HF, DFT).
  • spin-orbita interazioekin ebaztutako kalkulu erlatibistak.
  • Coupled-Cluster (CC2) kalkuluak oinarrizko eta kitzikatutako egoerentzat.
  • Egoera kitzikoatuien arteko trantsizio momentu kalkuluak (monoelectronikoak)  CC2.
  • Egituren optimizazioak (minimo eta trantsizio egoerak).
  • Frekuentzi bibrazionalak ( HF eta DFT analitikoak, besteak numerikoki ebaztuak).
  • NMR.
  • C1 Douglas-Kroll-Hess energiak.
  • ab initio dinamika molekularrak.

 

Nola Erabili

Guinness programa /software/TURBOMOLE, karpetan dago eta kalkuluak ilaretara bidaltzeko send_turbo tresna sortu da. Begiratu  Turbomole nola bidali.

TmoleX, tresna berriz inputak sortzeko eta emaitzak aztertzeko lagungarria da. TmoleX dohan jaitsi daiteke PCan instalatzeko edo Guinness-en eskuragarri dago. TmoleX erabiltzeko exekutatu:

TmoleX

Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

turbomole_stop 1111

Gogoratu “stop” fitxeroa ezabatzen kalkulua berriz bidali nahi baduzu.

Informazio gehiago

Turbomole web orrialdea.

Turbomole esku liburua.

Turbomole tutoriala.

Orca

Informazio Orokorra

Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT  ugari ditu.

Nola Erabili

Exekutagarriak  /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.

 Nola bidali Orca lanak

Benchmarkak

Orca (B3LYP optimizazioa)  kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.

Cores Xeon Denbora Speed Up Eraginkortasuna
1 3438 100%
8 498 6.9 86%
16 316 10.90 62%
32 218 15.77 50%

Portland (PGI)

Informazio orokorra

Portland Groupeko konpiladoreak eta garapen tresnen 10.9 bertsioa. Galdetu teknikariei erabilerari buruzko informazioa beharrez gero.

GPU-ak

PGI konpiladoreen teknologiak Fortran eta C-n egindako programak erraz konpilatzea ahalbidetzen du GPUtan exekutatzeko.

Beste ezaugarriak

Includes The Portland Group’s native parallelizing/optimizing FORTRAN 77, Fortran 90/95/03, HPF, OpenMP C++ and ANSI C compilers for 64-bit x64 and 32-bit x86.

Provides the features, quality, and reliability necessary for developing and maintaining advanced scientific and technical applications. Includes the PGDBG OpenMP and MPI parallel graphical debugger and the PGPROF OpenMP and MPI parallel graphical performance profiler that can debug and profile up to 16 local MPI processes. PGI Server also includes a precompiled MPICH message passing library.

Informazio gehiago

The Portland Group – PGI web orrialdea.

CUDA

Informazio orokorra

GPUrentzako garapen tresnak: konpiladorea, liburutegi matematikoak, debbugerrak, etab. Nvidia GPUrentzako programak idazteko.

Bere erabilierari buruzko informazio gehiago eskuratzeko idatzi teknikariei mesedez.

Informazio gehiago

Nvidia web orrialdea programatzaileentzako.

Maestro

Informazio orokorra

Maestro is the unified interface for all Schrödinger software. Impressive rendering capabilities, a powerful selection of analysis tools, and an easy-to-use design combine to make Maestro a versatile modeling environment for all researchers.

In Guinness eta Péndulo zerbitzariak 9.0 bertsioa instalatuta dago, Maizen 8.5 bertsioa. Maestro exekutatzeko Guinness erabiltzea gomendatzen dugu, zerbitzari berriena baita eta azkeneko bertsioak erabil dezakeena.

Nola erabili

Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori zerbitzura nola konektatu atalean azaltzen da.

Maestro exekutatzeko erabili

maestro

Informazio gehiago

Maestro web orrialdea.

Schrödinger web orrialdea.

AMBER

Informazio orokorra

AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) programaren 14. bertsioa eta AMBER-tools15. Potentzial enpirikoak erabiltzen dituen programa da eta dimanika molekularra eta energi minimizazioak egiten ditu. Sistema biologikoetarako erabiltzen da bereziki.

Nola erabili

Seriean eta paraleloan konpilatuta dago eta direktorio honetan topatu daitezke programak:

/software/bin/amber/

send_amber

lanak kolara bidalteko send_amber tresna prestatu dugu:

send_amber "Sander_options" Nodes Procs_Per_Node[property] Time [or Queue] [Mem] ["Other_queue_options"]

Sander_options: the options you want to use in the calculation, inside quotes
Nodes: is the number of nodes
Procs: is the number of processors (you may uinclude the node type) per node.
Time: or Queue the walltime (in hh:mm:ss format) or the queue name of the calculation
Mem: the PBS memory (in gb)
[Mem] and ["Other_queue_options"] are optional

“Other queue options” aukerarentzako see examples below:

send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" job1 1 8 p_slow
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 2 8:xeon vfast 16 "-W depend=afterany:1234"
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 4 8 24:00:00 32 "-m be -M mi.email@ehu.es"

Informazio gehiago

Amber home page.

On-line eskuliburua.

Tutorialak.

SIESTA

(más…)

Gaussian 03 eta 09

Gaussian kimika konputazionaleko pakete bat da. Hainbat metodo ditu sistema molekular eta periodikoen propietateak kalkulatzeko; uhin-funtzioetarako edo dentsitate elektronikorako deskripzio mekaniko-kuantiko estandarrak erabiltzen ditu. (más…)

VASP

Informazio orokorra

Vienna Ab-initio of Simulation Package

DFT-ko ab-inito kalkulu programaren 5.4.4 bertsioa. Uhin lau eta pseudo-potentzialen (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriarekin, Vienako Unibertsitatean garatua. Lasaitze atomikoak egitea baimentzen du (dinamika molekularra). VSTS tresnekin konpilatuta.

Lizentzia izatea beharrezkoa da.

Nola erabili

Paraleloan honekin exekutatu daiteke:

/software/bin/vasp

p4vasp eta XCrySDen ikustarazteko softwarea instalatuta dago. Fitxeroak XCrySDen formatora pasatzeko XfsConvert instalatuta dago, erabiltzeko exekutatu:

v2xfs

Kalkuluen jarraipena

Kalkuluen conbergentzia aztertzeko

remote_vi JOB_ID

komandoa dago. Honek OSZICAR eta OUTCAR fitxeroak irekitzen ditu eta energia eta energiaren aldaketa marrazten ditu. Honetarako ssh -X erabili behar da konexioa irekitzerakoan edo X2GO erabili grafikoen lehioak ireki ahal izateko.

Informazio gehiago

VASP home page eta dokumentazioa.

VTST tools.

NWchem

Informazio orokorra

5.1 bertsioa HPMPI eta MPI-BULL-ekin konpilatua dago. QM eta QM/MM kalkuloak egiteaz gain, sistema periodikoak eta dinamika kuantikoa egiteko gai da programa hau.

Nola erabili NWchem

Informazio gehiago

NWchem home page.

NX Zerbitzaria

Informazio orokorra

NX terminal edo remotoko konexio grafiko bat egiteko tresna da.
Gure PC-tik aplikazio grafikoak modu eraginkorrean erabilzteko oso gomendagarria da, esate baterako, Maestro, ADFView, starccm+, gaussview ea,. bezalako programa grafikoak. Konexioa Arinarekin egiterako garaian, Guinness, Pendulo edo Maiz erabili beharko dira.

Nola erabili

Dokumentu honetan pausoz pauso azaltzen dugu nola egin konexioa.

Informazio gehiago

NX bezeroak Nomachine web-orritik jeitxi dezakezue.

Qsite

Schrodinger programa bat da  QM/MM kalkuluak egiten dituena. (más…)

NBO 5

NBO5 Natural Bond Orbital programa.
(más…)

Macromodel

Schrodinger-en Mekanika Molekularra erabiliz hainbat kalkuku mota egiten dituen programa da.

Informazio Orokorra

2011-ko otsaileraino izango da erabilgarria. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. 18 schrodinger token daude, macromodelek 2 behar ditu kalkulatzeko. Token-en egoera ikusteko

checklicenses

tresna erabili dezakezue uneoro zenbat token libre dauden jakiteko.

Maestro erabili daiteke Macromodel programarako behar den inputa eraikitzeko. Maestro, Schrodinger-en tresna guztiak bateratzen dituen interface grafikoa da MAIZ, Guinness eta Pendulotik erabili daiteke.

Maestro egikaritzeko agindua honakoa da:

maestro &.

NX bezeroaren bitartez erabilztea gomendatzen dugu. Ikus hemen nola:

Nola Erabili

Informazio Gehiago

Macromodel-en eskuliburuak arina:/software/schrodinger/docs-en daude eskuragarri.

JAGUAR

Jaguar Schrodinger-ek sortutako QM kalkuluak egiten dituen programa da. Arinan, 8 prozesu eduki ditzakegu batera kalkulatzen, bakoitza, nahi adina prozesagailutan. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. (más…)

DL_POLY

Informazio orokorra

Daresbury Laborategian garatutako dinamika molekularreko programaren 4.02 bertsioa makromolekula, polimero, sistema ioniko, disoluzio eta beste sistema molekularentzako. Programa arkitektura guztietan instalatu egin da, Arinan eta Pédulon (2.2 bertsioa).

Nola erabili

Programa exekutatzeko idatzi skriptetan:

/software/bin/DL_POLY/DL_POLY.Z

GPGPU nodoetan sartzen bada programa GPGPUak erabilik exekutatuko da. gpu etiketa erabiliz kola sisteman bideratu daiteke lana GPGPU nodo batetara.

Interfaz grafikoa ere instalatu egin da. Hau exekutatzeko gomendatzen dizuegu Pendulon edo Maizen egitea, azkarragoa baita. Exekutatzeko:

/software/bin/DL_POLY/gui

Hainbat tresnen iturriak ere instalatu dira ondorengo direktorioan /software/bin/DL_POLY/.

Benchmark

Benchmark txiki batzuen datuak egin ditugu 4.02 bertsioarekin. Bai paralilizazioa bai GPGPUen eraginkortasuna neurtzen da.

System 1 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
Itanium 1.6 GHz 1500 419 248 149 92 61
Opteron 1230 503 264 166 74
Xeon 2.27 GHz 807 227 126 67 37 25

Lehenengo bencharmark honetan ikusten da xeon nodoak eraginkorragoak direla eta gomandagarriak lan luzeetarako. DL_POLYk oso ondo paralelizatzen du.

System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores
Itanium 1.6 GHz 2137 303 165 93 47
Opteron 1592 482 177 134 55
Xeon 2.27 GHz 848 180 92 48 28
1 GPGPU 125 114 104 102
2 GPGPU 77 72 69
4 GPGPU 53 50
8 GPGPU 37
System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
Xeon 2.27 GHz 2918 774 411 223 122 71
1 GPGPU 362 333 338 337
2 GPGPU 240 222 220
4 GPGPU 145 142
8 GPGPU 97

GPGPUak kalkulua bizkortzen dute. GPGPU kopurua bikoizterakoan abiadura 1.5 alditan igotzen da, hau dela etaazkenean prozesadore asko erabiltzea eraginkorragoa da. Hartu dezagun azken benchmarka. Nodo bakoitzak 8 kore ditu eta 2 GPGPU. Nodo batean GPGPUak erabiliz 220 s behar dira eta koreak erabiliz 411 s. 4 GPGPU 32 kore baino azkarragoak dira baina 64 kore jadanik 71 s behar dituzte lana bukatzeko eta 8 GPGPU 97 s. GPGPUak PC bat edo nodo batean egindako kalkulu bat dezente bizkortzen dute baina kalkulu paralelo handientzako koreetako paralelizazioa eraginkorragoa da.

DL_POLY sistema handietarako da eta milaka kore erabili ahal ditu. DL_POLYko dokumentazioaren arabera:

The DL_POLY_4 parallel performance and efficiency are considered very-good-to-excellent as long as (i) all CPU cores are loaded with no less than 500 particles each and (ii) the major linked cells algorithm has no dimension less than 4.

Informazio Gehiago

DL_POLYren web orrialde nagusi.

DL_POLYren eskuliburua (pdf).

DL_POLY interfaz grafikoaren eskuliburua (pdf).

NAMD

Illinois-eko Uniberstitateak Dinamika Molekularreko kulkuluak egiten dituen kodea da NAMD. 2.6 Bertsioa dago instalatuta.
(más…)

GROMACS

Informazio orokorra

2018 bertsioa. GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.

Nola erabili

send_gmx

GROMACS lanak kolara bidalzeko send_gmx tresna sortu dugu. Egikaritzerakona, aginduaren laguntza erakusten da. Erabiltzeko modua:

send_gmx ``JOB and Options'' NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'' ]
``JOB and Options'': Kalkuluaren opzioak eta inputaren izena (extensioarekin). Oso garrantzitsua da komilla arten jartzea.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua.
TIME: kolari eskatutako denbora hh:mm:ss. formatuan
MEM: memoria en Gb-etan.
[``Torque beste aukerak'' ] kola sistemari agindu gehiago pasatzeko modua.
Ikus beheko adibideak. informazio gehiago

Adibideak

send_gmx ``-s job1.tpr'' 1 4 04:00:00 1

send_gmx ``-s job2.tpr'' 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

send_gmx ``-s job.tpr'' 1 8 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Ohiko pbs script bat sortu eta hau ere bidlai daiteke gero kolara. send_gmx erabili dezakezue adibide bat sortzeko.

Kalkuluen monitorizazioa

remote_vi  erabiliz md.log fitxeroa ikutsiko dugu.

Informazio gehiago

http://www.gromacs.org/About_Gromacs

Casino

Quantum Monte Carloren Casino programaren 2.4 bertsioa, Cambridgeko Unibertsitatean garatua.

Informazio orokorra

Sistema finituei edo periodikoei aplikatzeko programa paralelotua, uhinen funtzioak hedatzeko oinarri anizkunekin. Baimena nahitaezkoa da.

Nola erabili

Exekutatzeko erabili runqmc agindua. Honek defektuz, casino lana 8 itanium core-tara bidlaiko du, 36 ordutarako 4gb memoria eskatuz.

runqmc aginduaren beste aukerak ikusteko, exekutatu

runqmc -help

Jarraian hainbat adidbide erakusten dira:

  • Lan bat bi opteron nodo bakoitzari 8 core eskatuz bidaltzeko vfast ilarara eta 15gb RAM-a eskatuz.
runqmc -queue vfast -nnodes 2 -tpn 8 -arch opteron -mem 15072
  • Lan bat lau itanium nodoetara bakoitzari 8 core eskatuz bidaltzeko p_slow ilarara eta 22gb RAM-a eskatuz.
runqmc -queue p_slow -nnodes 4 -tpn 8 -arch itanium -mem 22072

Informazio gehiago

Casino Program home page.

Eskuliburua pdf formatuan.

MIKA

Multigrid Instead of K-spAce. DFT kalkuluak espazio errealean egiteko programa-paketearen .81 bertsioa, sistema periodiko eta finituetarako; bertsioa hauek garatu dute: CSC eta Helsinkiko Unibertsitate Teknologikoa (HUT). (más…)

WRF

The Weather Research and Forecasting (WRF) Model (3.1 bertsioa) is a next-generation mesocale numerical weather prediction system designed to serve both operational forecasting and atmospheric research needs. (más…)

NCL – NCAR

Informazio Orokorra

The NCAR Command Language (NCL), a product of the Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR), is a free interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization.

NCL has robust file input and output. The graphics are world class and highly customizable.

Nola Erabili

Exekutatzeko adibidez:

/software/bin/ncdump

edo zerbitzarian zuzenean:

ncdump

Momentuz bakarrik itanium2 arkitekturentzako konpilatuta dago. Konpilatu da NETCDF-4, HDF4, HDF5, HDFEOS, GRIB2, vis5d+ soportearekin eta triangle erabiliz.

Informazio Gehiago

NCL web orrialdea.

BigDFT

Informazio orokorra

DFTren ab-initio kalkulu-programaren 1.5 bertsioa. Wavelet base bat erabiltzen du espazio errealean. (más…)

Yambo

3.2.2 version of the program for Many-Body calculations in solid state and molecular physics.
(más…)

Abinit

Informazio Orokorra

DFTren ab-initio kalkulu-programaren 7.0.4 bertsioa, uhin lau eta pseudopotentzialeko (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriduna; bertsioa Lovainako Unibertsitate Katolikoan garatu dute. Lasaitze atomikoak egiteko aukera ematen du (dinamika molekularra).

Hainbat plugginekin konpilatu egin da netcdfbigdftwannier90etsf_io eta libxc.

Nola Erabili

Programak /software/bin/abinit direktorioan daude. Horrela abinit exekutatzeko erabili

/software/bin/abinit/abinit < input.files > out.log

Eskatutako kore kopuruaren arabera paralelon exekutatuko da. Kalkuluak bidali daitezke ere qsub interaktiboa. komandoarekin.

Beste erabilera eta programa batzuk ere baditu, adibidez:

abinetcdf, abinitgw, aim, anaddb, anascr, band2eps, conducti, cut3d, lwf, macroave, mrgddb, mrggkk, mrgscr, newsp, optic, etab.

Benchmark

Benchmark baten datuak aurkezten dizuegu 6.12.3 bertsioarekin egindakoak.

System 1 cores 4 cores 8 cores
Xeon12 7218 2129 1045
Xeon8 7275 1918 1165
Itanium 8018 2082 1491
Opteron 17162 4877 2802

Itanium eta xeon nodoak hoberenak direla ikusten da. Opteronak zertzobait atzean geratzen dira.

Informazio gehiago

Abiniteko web orrialdea.
Eskuliburuak.

WIEN2k

Ab-initio kalkulu programaren 2k_14.2 bertsioa; full-potential (linearized) augmented plane-wave ((L)APW) + local orbitals (lo) method-etan oinarritua, Vienako Teknologia Unibertsitatean garatua.
(más…)

Espresso

Informazio orokorra

opEn-SourceP ackage for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization

DFTren ab-initio kalkulu-programa paketearen 6.1. bertsioa, uhin lau eta pseudopotentzialeko (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriduna.

Programa DEMOCRITOS National Simulation Center of the Italian INFMn garatu dute. Paketeak osagai hauek dauzka: uhin lauko (PW) oinarridun egitura elektronikoko programa bat, lehen printzipioetan (FPMD) oinarritutako dinamika molekularreko programa bat eta Car-Parrileno (CP). Halaber, pseudopotentzialak sortzeko programa bat eta Pwrako interfaze grafikoa ditu. Serieko eta paraleloko bertsioak daude.

Nola erabili

Espresso lanak kola sistemara bidaltzeko send_espresso agindua prestatu dugu. Ikus

Espresso nola bidali

Kalkuluen monitorizazioa

  • remote_vi JOBID Kalkuluarein *.out fitxeroa erakutsiko digu.
  • myjobs: Kalkulua martxan dagoenean CPU eta memoria (SIZE) erabilera erakutsiko digu.

Benchmark

pw.x eta ph.x programen benchmark txiki batzuen datuak aurkezten dizkizuegu zerbitzuko makinetan. Benchmarkean ikusi daite Xeonak hoberenak direla eta bikain eskalatzen dutela 32 kore arte, badirudi nabaritzen dela nodo hauen sare berriagoa.

Tabla 1: pw.x exekuzio denborak (4.2.1 bertsioarekin egindakoak).
System 8 cores 16 cores 32 cores
Xeon 1405 709 378
Itanium2 2614 1368 858
Opteron 2.4 4320 2020 1174
Core2duo 2.1
Tabla 2: ph.x exekuzio denborak(4.2.1 bertsioarekin egindakoak).
System 8 cores 16 cores 32 cores
Xeon 2504 1348 809
Itanium2 2968 1934 1391
Opteron 2.4 6240 3501 2033
Core2duo 2.1

Informazio gehiago

Espresso home page.
Web dokumentazioa.
Espresso wiki.

 

TB-LMTO


Informazio orokorra

Tight Binding Linear Muffin-Tin Orbital DFTko programaren 4.6 bertsioa linear muffintin orbital (LMTO) metodoan oinarrituta. Dohaineko softwarea da baina egilearen baimena behar da.

Nola erabili


Programak exekutatzeko erabili adibidez:

/software/bin/lm.run

Itaniumetan konpilatu ahal izateko optimizazioa jaitxi behar izan da eta nabarmen astiroago doa, opteronetan eta Penduloren aldean. Nahiko kode zaharra da eta era berezi batean kudeatzen du memoria, horrek itaniumetan arazoak dakartza.

Benchmarka

Benchmark txiki baten datuak aurkezten dizuegu non itaniumean aipatu dugun jokaera ikusten da

System segunduak
Itanium dual core 1225
Opteron 450
Core2Duo 332

Informazio gehiago

TB-LMTO-ko web orrialdea.

ADF

Informazio orokorra

Amsterdam Density Functional (2016.01 bertsioa).

The ADF package is software for first-principles electronic structure calculations. ADF is used by academic and industrial researchers in such diverse fields as pharmacochemistry and materials science. It is particularly popular in the research areas of homogeneous and heterogeneous catalysis, inorganic chemistry, heavy element chemistry, various types of spectroscopy, and biochemistry. Key Benefits of ADF

  • Spectroscopic properties and environments for any type of molecule
  • Excels in transition and heavy metal compounds
  • Accurate, robust, and fast
  • Expert staff and active community
  • Uses Slater functions, beats Gaussians!

ADF-ek bai molekulak bai solidoak kalkula ditzake (ADFBAND). Tresna grafiko potenteak ditu eta emaitzen azterketarako (Katramila-etik erabili daitezke soilik).

4 koreentzako lizentzia dauka zerbitzuak.

Nola erabili

Tresna grafikoak egikaritzeko erabili, Katramilan,

adfview

Arinatik adfinput tresnarekin sortutako lan bat kolara bidaltzeko send_adf komandoa gomendatzen dugu, bere sintaxia honakoa delarik:

send_adf JOBNAME NODES PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ]
  • JOBNAME: input-aren izena, extensiorik gabe (file.run izan behar du).
  • NODES: Nodo kopurua.
  • PROCS: Prozesagailu kopurua.
  • TIME:Eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan.
  • MEM: memoria GB-etan.
  • [“Otras opciones de Torque”] Kolari adierazi nahi zazikion beste aukera batzuk.

Adibidea

Adibidez au_min2.run inputa bidaltzeko 4 prozesadoretara, 20 orduko walltimekin eta 4 GB RAM erabili

send_adf au_min2.run 1 4 20:00:00 4

Informazio gehiago

ADFko web orrialdea.

ADFko documentazioa.

OOMMF

Informazio orokorra

Simulazio mikromagnetikoak egiteko programa. 1.2 bertsioa instalatuta dago. Ez da tcl-ko bertsio paraleloarekin kompilatu.

Nola erabili

oommf.tcl

egikaritzen bada grafikoki lan egin dezakegu kalkuluak prestatzeko eta emaitzak aztertzeko. Kalkulu koletara bidaltzeko ondorengo agindua exekutatu dezakezue

send_oommf

eta koleentzako scripta prestatu eta bidaliko du, gainara.

Benchmark

Benchmark txiki bat egin da 1.2 bertsioarekin. Paraleloan OOMMFek ondo eskalatzen du 4 koreetaraino, bakarrik xeonetan egin dugu hor lortzen baitira emaitza hoberenak.

 Node type xeon20 xeon12 xeon8
Time
776
905 1224

Informazio gehiago

OOMMF home page.

OOMMF dokumentazioa.

Gamess-US 12 JAN 2009 (R1)

Informazio orokorra

Kimika Konputazional programa bat da, sistema molekularren hainbat ezaugarri kalkulatu ditzakeenak metodo desberdinak erabiliz.

Nola bidali Gamess

Esteka honetan ikus dezakezu nola Gamess lanak bidali kola sistemara eta nola monitorizatu hauek.

Informazio gehiago

GAMESS-US web orria

Dirac 08

Informazio orokorra:

Dirak programa Zerbitzuko makina guztietan instalatua dago /software/Dirac08 katalogoan. Programa honek molekulen propietateak modelo kimiko kuantiko erlatibistak erabiliz kalkulatzen ditu.

Nola erabili

Zerbitzuko edozein makinatan erabiltzeko, torque script bat sortu behar da eta dirac-en pam erabili lanak bidaltzeko. SGI/IZO-k pam eguneratu du -mpi aukera ezabatuz kola sistemarekin integratuz. Dirac (baseak eta pam barne) /software/Dirac08 katalogoan daude.

Adibide moduan erabili daitekeen script hemen aurkitu daiteke.

Benchmarkak

Dirac kalkuluak konputazio baliabide dexente behar dituzte, batez ere I/O eragiketak egiteko eta beheko taulan ikusi daitekenez, ez du oso ongi paralelizatzen.

Frogetarako erabili den inputa eta sistema.

nproc Itanium Opteron Pendulo (1:ppn=nproc)
1 2176 4650 3603
2 2056 (1.04) 3370 (1.37) 3100 (1.16)
4 990 (2.19) 1847 (2.5) 1840 (1.97)
8 730(2.98) 1054 (4.4) NA
negritaz kalkuluen speed-up-a erakusten da.

Informazio Geiago

DIRAC Wikia eta dokumentazioa.

Blast2GO

Informazio orokorra

Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago.

Nola exekutatu

Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada

blast2go

bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere, opteron edo xeon nodoetan, eta bakarrik hauetan, data baseak lokalki instalatu ditugu kalkuluak oso era eraginkorran egin ahal izateko.

Nodoetan kalkulatzeko nahikoa da Torqueko skripetan gehitzea:

/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties

edo nahi diren opzioekin eta b2gPipe.properties fitxeroa zuzen konfiguratzea. B2gPipe.properties adibide fitxero bat kopiatu dezakezue

cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .

Lokalean instalatutak dauden data baseetara konektatzeko blast2go.properties fitxeroa konfiguratu behar da interfaz grafikoarekin (tools -> DB configuration) edo zuzenean editatuz datu hauekin:

// GO and B2G-Mapping Database
Dbacces.dbhost=localhost
Dbacces.dbname=b2g
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it

Beharrezkoa da opteron etiketa erabiltzea kalkulua nodo hauetara bideratzeko eta seriean exekutatzen dan programa bat da, adibidez:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron

Data baseren bat instalatu edo eguneratu nahi bada jar zaitez harremanetan teknikariekin.

Informazio Gehiago

BLASTeko mpiBLAST bertsio paraleloa ere instalatuta dago.

Blast2GOko tutoriala.

Informazio gehiago Blast2GO web orrialdea.

mpiBLAST

Informazio orokorra

mpiBLAST blast-en  bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.

Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.

Ikusi dugu kale eginten duela 1350 bp baino gehiago dituzten sekuentzietan.

mpiBLAST BLASTeko bertsio zaharrean oinarrituta dago eta sintaxi zaharra erabiltzen du,  esteka honetan eskuragarri dago.

Base datuak

Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan teknikariekin behar ez diren kopiak ez edukitzeko.

Nola erabili

Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu

send_blast

komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.

Zure Torqueko skriptetan exekutatu nahi baduzu honakoa gehitzea nahikoa da:

/software/bin/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats

Adibidez, blastx erabiltzeko nr base datuarekin eta emaitzak XMLn lortzeko eta Blast2GOrekin gero erabiltzeko honako agindua erabili beharko litzateke:

/software/bin/mpiblast -output-search-stats -use-virtual-frags -use-parallel-write -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml

send_blast behin exekutatu dezakezue adibide script bat lortzeko. Gomendagarria da -use-virtual-frags aukera erabiltzea data basearen kopia lokal bat egin ez dadin, hau memorian kargatuko da. Penduloko nodoak memoria gutxi dute eta garrantzitsua da jakitea zenbat memoria erabiliko duen kalkulua zuzen exekutatzeko (ikus mpiBLAST errendimenduari buruzko txostena).

Beharrezkoa da data basea formateatzea zatitan eta kore (cpu) bakotzari zati bat ematea. Adibidez, nr data basea 6 zatitan formateatzeko erabili:

/software/bin/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T

mpiBLAST kalkulorako eskatu behar diren kore kopurua data basearen zatiak gehi bi izan behar da, kasu honetan 8 kore adibidez.

mpiBLAST oso ondo eskalatzen du. Test eta benchmark batzuk egin ditugu memoriaren ta cpuren erabilera aurreikusteko ondorengo mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean.

Errendimendua

Kalkuluak prestatzeko lagungarri izan daiteke errendimenduari buruzko txostena. Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean aurkitzen dira.

Informazio gehiago

mpiBLASTeko web orrialdea. Hemen manualak eta tutorialak topatu ditzazkezu.
Blast2GO ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.

mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean

BEAST

Informazio orokorra

BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing phylogenies but is also a framework for testing evolutionary hypotheses without conditioning on a single tree topology. BEAST uses MCMC to average over tree space, so that each tree is weighted proportional to its posterior probability.

Nola erabili

input.xml sarrera fitxeroa exekutatzeko erabili:

/software/bin/beast input.xml > output.log

Beste BEAST instalatutako programak:

beast, beauti, loganalyser, logcombiner eta treeannotator.

Benchmark

Aurkezten ditugu zerbitzuko makinetan egindako benchamrk txikia BEASTeko errendimendua aztertzeko. Beast oso ondo eskalatzen du 8 koreetaraino. 16 koreak erabiltzea pena merezi dezake oso lan luzeetan denbora oraindik nahiko murrizten delako, baina efizienzia ez da jadanik oso ona.

Koreak Denbora (s)
Efizienzia (%)
1 12692 100
4 3573 89
8 1889 84
16 1200 66
20 1149 55

 

Informazio gehiago

BEAST programari buruz BEAST.

SatrCD

StarCD CFD programa bat da, eta bere bi bariante desberdinak daude Arina, Arinaz eta Maiz-en instalatuta. StarCDStarCCM+. Stardesign tresna berriz, Maizen dago bakarrik erabilgarri.Stardesign.

Programa hauek rabiltzeko:

Starcd 3.26
Lehengo starcd3 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &.
Starcd 4.04
Lehengo starcd4 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &.
starccm+
zuzenean egikaritu starccm+ aguindua.

stardesign
(Maizen Soilik!). egikaritu stardesign.

Bestalde, programa hauek Maizetik eta bertan dagoen FreeNXtresnaren bitartez erabiltzea gomendatzen dizuegu. Ikus hemen nola.

STAR-CCM+

Informazio orokorra

StarCCM+ CFD programa bat da. Bi bariante daude zerbitzuan, StarCCM+ 14.04.013 bertsioa. Itanium arkitekturarentzako egindako azken bertsioa eta instalatutakoa 6.04 da.

StarCCM+ Zerbitzuko zerbitzari batean exekutatzen bada aplikazio grafikoa irekitzen da, nodoetan kola sitemaren bitartez exekutatu behar, da interfaz grafikorik gabe.

Starview+ programa ere eskuragarri dago.

Nola erabili

Modu interaktiboan (interfaz grafikoarekin)

Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori zerbitzura nola konektatu atalean azaltzen da.

Starccm+, stardesign edo starview+ erabiltzeko exekutatu:

starccm+
starview+

Kola sisteman

Kalkulu nodoetan Starmcc+ kola sisteman erabiltzeko exekutatu qsub interaktibon:

qsub

eta beharrezkoak diren galderak egingo dizkizue, lehenengo galderan, bigarren aukera Starccm+ da erabiltzea da. Komando honek Xeon nodoak aukeratzen ditu, errendimendo hoberena ematen dutenak.

Torqueko skripta erabili nahi baduzue egikaritu beharreo agindua honbakao da:

/software/bin/starccm+ -run macro_file.jar input_file.sim > log_file.log

sarrera eta log fitxeroei dagokien izenekin. “-run macro_file.java” hautazkoa da.  Link honetan adibide skript bat dago eta gomendagarria da begiratzea. 8 koreetara era paraleloan lanak bidaltzeko kalkulu intentsiboko lizantzia badago.

Kalkuluak nola jarraitu

Era erraz batean kalkulu baten jarraipena eta konbergentzia egiteko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari den kalkuluaren jarraipena egiteko, erabili:

starccm+_plot 1111

Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

starccm+_abort 1111

Baita konekta zaitezkete nodoetara aplikazio grafikoaren bitartez, “ni” komandoa zuen lana zein nodoan exekutatzen ari den erakuzten du.

Benchmarkak

Aurkezten ditugu zerbitzuko 8 koretako xeon makinetan (E5520 – 2.27 GHz) egindako benchmark bat STAR-CCM+-eko errendimendua aztertzeko, 8.02 bertsioa erabili da. Iterazio bakoitzak behar duen batez besteko denbora (segundutan) erabilitako kore kopuruaren arabera neurtu da.

8 cores 16 cores 32 cores
Tiempo por iteración 32.8 14.6 7.6
Aceleración ideal 1 2 4
Aceleración 1 2.2 4.3
Eficiencia 1 112 % 108 %

Lehenengo ikusten duguna STAR-CCM+-k oso ondo eskalatzen duela kore kopurua handitzen dugun einean da. Kore kopurua bikoizten dugunean denbora zati bi da. Izan ere adibide honetan errendimendu superlineala lortzen dugu eraginkortasuna %100 baino handiagoa izanik.

 

Informazio gehiago

StarCCM+ programari buruz CD-dapco.

Programaren interfaz grafikoak eskuliburu zabala du.

Mathematica

Informazio orokorra

Erabilera anitzeko matematika-programa, osagaiak: kalkulu numerikoa eta sinbolikoa, bistaratzea eta programazio-lengoaia (Mathematicaren script direlakoak). Guinnessen 10.0 bertsioa instalatuta dago eta Arinan (itanium nodoetan) 6.0a. Katramila eta nodo berrientzako 11.2 bertsioa instalatuta dago.

Mathematica paralelizatu daiteke.

Nola erabili

Interaktiboan

Interfaze grafikoa honekin exekuta daiteke:

mathematica

Mathematicako terminala

math

Oharra: Iturriekin arazoak izanez gero zure ordenagailuan iturriak instalatu behar dituzu. Errore mezua ezikusten baduzu (lehioa itxi “X” botoiarekin) funtzionatuko du baina baliteke sinboloak ondo ez ikustea.

Kola sisteman

Ilaretara bidaltzeko scriptetan linea hau erabili:

/software/bin/math < input > output

non input Mathematicarako aginduak dituen artxiboa da eta output ftxeroan pantailako irtera gordeko da.

Informazio gehiago

Mathematica home page.

Lineako dokumentazioa.

Matlab

Informazio orokorra

Erabilera anitzeko matematika-programaren 7.9 (2009b) bertsioa Opteronetan eta 7.12 (2010a) Xeonetan (inkopatibilitateak direla eta). Osagaiak: kalkulu numerikoa eta sinbolikoa, bistaratzea eta programazio-lengoaia (Matlab script direlakoak).

Nola erabili

Bakarrik eskuragarri dago opteron eta xeonentzako beraz Maizetik edo Guinnessetik (gomendatuta) erabili behar duzue. Ikus zerbitzarietara nola konektatu. Interfaze grafikoa honekin exekuta daiteke:

matlab

Ilaretara bidaltzeko scriptetan linea hau erabili:

/software/bin/matlab < input_file > output_file

input_file Mathematicarako aginduak dituen artxiboa da eta out_filera bideratzen da irtera estandarra. Arazoak izan ditugu 169 lerro baino gehiago dituzten .m programekin. Idukiz gero beste .m programa baten bitartez deitzen badira arazoa ebazten da.

Kalkulua nodoetara bidaltzeko opteron edo xeon etiketa erabili behar da. Beste aldetik bakarrik bi lizentzia ditugu momentuz eta beraz kola berezia sortu dugu nodoetako lanak ez daitezen hil lizentzia arazoengatik. Beraz, lerro hauek gehitu behar dira zuen scriptei Adibidez:

#PBS -q matlab
#PBS -l nodes=1:ppn=1:xeon

edo Opteronetara bidaltzeko

#PBS -q matlab
#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron

Benchmarkak

Octave, Scilab eta Matlab konparatzeko benchmark batzuk egin dira.

Toolboxes

Ezyfit toolbox askea instalatu egin da.

Optimization matlabeko toolboxa instalatu egin da.

Statistics matlabeko toolboxa instalatu egin da.

Informazio gehiago

Matlab home page.

Lineako dokumentazioa.

Scilab

Ezaugarri Orokorrak

Zenbakizko kalkuluko programa matematikoaren 5.1.1 bertsioa Itanium, Opteron eta Pendulo nodoetan eta 5.2.2 bertsioa Xeonetan. Interfaz grafikoa bakarrik Pendulon eta Guinnessen eskuragarri dago. Matlab-en antzekoa funtzionalitateei dagokienez. Ondokoentzako tresnak ditu:

  • 2D eta 3D bistaratzea.
  • Programazio hizkuntza (scripts de scilab).
  • Ekuazio diferentzialak ebaztea.
  • Sistema hibridoen modelizatzaile eta simulatzailea: seinale tratamendua, kontrol sistemak, sistema biologikoak…
  • Algebra simbolikoa (Maple).

Nola Exekutatu

scilab

eta interfaz grafikoa irekiko du Pendulon eta terminal bat maizen. Ilaretara jaurtitzeko script-etan

/software/bin/scilab -f script_scilab > output_file

erabili, hemen script_scilab Scilab-entzako aginduak dituen fitxetegia da.

Informazio Gehiago

Informazio eta dokumentazio gehiago Scilabi buruz Scilab home page.

Benchmarkak

Benchmark batzuk egin ditugu Scilab, Octave eta Matlab konparatuz zerbitzuko makinetan. Benchmark handi bat egin dugu eta beste bat berdina baina txikiagoa Pendulon egin ahal izateko. Lehenengo taulan puntuen laburpen bat daukagu eta bigarrenean eta hirugarrenean denbora emaitzak daude.

Tabla 3: Benchmark handien laburpena. Puntuazioa benchmarketan lorutako 3 scoreeen batezbesteko geometrikoa.
Octave Scilab Matlab
Itanium Opteron Xeon Opteron Xeon Opteron Xeon
Total score 47.6 31.4 14.5 31.6 15.6 22.0 9.5

Laburbilduz, Matlab eta Octaveko azken bertsioek Xeon nodoetan antzerako errendimendua dute (bukleen ejekuzioan ezik, irakurri beherago). Scilab %50 mantxoagoa da gutxi gora behera. Makinei begiratuta Xeon berriek Opteronak edo Itaniumak bikoizten dute errendimenduan. (NOTA: Scilab eta Octave konpilatu eta optimizatuta daude eta instalatzen diren binarioak baino bi aldiz azkarragoak dira)

3. taulan programa bakoitzak lortutako puntuazioa ikusten dugu. Xeonetan zentratuko gara. Horietan badirudi Matlab azkarrena dela baina denboretan fijatzen bagara 4 taulan ikusten dugu Octave antzerako denborak dituela Programation 4 benchmarkean ez ezik, non Octave oso gaizki doa. Benchmark honetan bukleak exekutatzeko denbora neurtzen da Toeplitz matriz bat zortuz. Matlaben teknologiak bukleak oso azkar exekutatzen ditu baina Octavek ez. Horregatik bukleen ordez operazio vektorialak edo funtzioak erabiltzea gomendatzen da (Adibidez, Octaven toeplizt(c,r) funtzioa erabiliz benchmark horretan ez du ia denborarik behar).

Benchmark txikian Pendulo ere neurtu dugu Opteron eta Itanium nodoen errendimendua lortuz gutxi gorabehera. Pendulon Octave eta Scilab ez dira konpilatu, binarioak instalatu dira

Matlabeko lizentzia kopurua limitatua da, baina Scilab edo Octave dohanik dira eta asko kalkulatu behar bada ez dauka lizentzien edo prozesuen muga.

Tabla 4: Benchmark handiaren emaitzak segundutan. Scorea batezbesteko geometrikoa da emaitza txarrena eta hoberena kenduta. Bukaeran benchmarkak deskribatzen dira. ++ oso denbora handiak dira eta ez dira kontutan hartzen bataz bestekoan.
Octave Scilab Matlab
Itanium Opteron Xeon Opteron Xeon Opteron Xeon
Matrix calculation
Matrix calc 1 108.6 35.9 12.8 93.0 33.2 24.5 12.4
Matrix calc 2 49.5 3.8 7.5 9.8 9.3 18.1 13.4
Matrix calc 3 122.3 32.8 25.1 27.8 25.6 24.8 18.4
Matrix calc 4 72.2 137.0 41.5 172.1 80.2 132.8 40.8
Matrix calc 5 37.2 42.5 17.9 40.0 18.0 54.8 18.7
Score 72.9 36.8 17.9 46.9 24.8 32.1 16.6
Matrix functions
Matrix func 1 2.6 1.2 0.5 11.0 0.9 1.7 0.6
Matrix func 2 153.5 99.5 37.2 290.9 71.8 124.0 39.9
Matrix func 3 48.1 50.8 22.1 48.1 21.6 65.8 23.0
Matrix func 4 57.1 72.8 29.1 66.1 29.8 106.5 32.8
Matrix func 5 32.1 42.9 16.1 39.7 16.3 51.0 16.5
Score 44.5 54.1 21.8 50.2 21.9 71.0 23.2
Programation
Programation 1 4.7 2.2 1.4 2.8 1.7 4.7 3.1
Programation 2 48.1 22.2 5.3 18.4 5.7 13.7 6.4
Programation 3 3.9 1.5 0.4 3.7 1.3 1.6 0.6
Programation 4 161.2 76.2 66.1 35.5 35.6 0.1 0.0
Programation 5 ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++
Score 33.2 15.5 7.8 13.4 7.0 4.7 2.2
Tabla 5: Benchmark txikiaren emaitzak segundutan. Scorea batezbesteko geometrikoa da emaitza txarrena eta hoberena kenduta. Bukaeran benchmarkak deskribatzen dira.
Octave Scilab Matlab
Pendulo Itanium Opteron Xeon Pendulo Opteron Xeon Opteron Xeon
Matrix calculation
Matrix calc 1 2.2 3.1 2.4 1.0 4.3 5.6 2.8 2.1 1.1
Matrix calc 2 0.9 5.2 0.3 0.7 1.1 1.1 0.9 1.2 1.2
Matrix calc 3 1.5 1.8 1.4 1.3 1.9 1.8 1.3 1.0 0.9
Matrix calc 4 1.8 1.8 3.8 1.2 18.4 6.4 2.3 3.0 1.2
Matrix calc 5 1.0 2.5 1.4 0.6 3.5 1.7 0.6 1.6 0.6
Score 1.4 2.4 1.7 0.96 3.1 2.6 1.7 1.6 1.1
Matrix functions
Matrix func 1 0.4 0.63 0.4 0.2 0.9 2.6 0.5 0.8 0.3
Matrix func 2 3.0 3.3 4.3 1.9 7.5 9.4 2.3 4.3 2.0
Matrix func 3 1.1 1.0 1.6 0.7 4.3 1.6 0.6 1.6 0.7
Matrix func 4 1.3 1.3 2.0 0.9 5.2 2.7 0.9 2.3 0.9
Matrix func 5 0.9 0.7 1.2 0.5 3.2 1.6 0.5 1.2 0.5
Score 1.1 1.0 1.6 0.65 4.2 2.2 0.67 1.7 0.66
Programation
Programat. 1 0.5 0.6 0.6 0.4 0.6 0.8 0.5 1.1 0.9
Programat. 2 30.0 2.6 3.9 1.1 4.3 3.5 1.2 2.6 1.3
Programat. 3 0.6 0.3 0.4 0.1 1.0 1.2 0.4 0.3 0.2
Programat. 4 8.2 14.3 7.2 5.8 3.3 3.7 3.2 0.0 0.0
Programat. 5 24.0 27.8 36.0 14.8 67.8 57.4 33.2 38.9 17.5
Score 4.9 2.8 2.6 1.4 2.4 2.5 1.3 0.9 0.58

Benchmarken deskribapena.

Matrix calculation
Matrix calc Creation, transp., deformation of a matrix.
Matrix calc Normal distributed random matrix ˆ1000.
Matrix calc Sorting of random values.
Matrix calc Cross-product matrix (b = a’ * a).
Matrix calc Linear regression over a matrix (c = a b’).
Matrix functions
Matrix func FFT over random values.
Matrix func Eigenvalues of a random matrix.
Matrix func Determinant of a random matrix.
Matrix func Cholesky decomposition of a matrix.
Matrix func Inverse of a random matrix.
Programation
Programation Fibonacci numbers calculation (vector calc).
Programation Creation of a Hilbert matrix (matrix calc).
Programation Grand common divisors of pairs (recursion).
Programation Creation of a Toeplitz matrix (loops).
Programation Escoufier’s method on a matrix (mixed).

Coin-or

Informazio orokorra

1.7.5 version. The Computational Infrastructure for Operations Research (COIN-OR**, or simply COIN) project is an initiative to spur the development of open-source software for the operations research community. Konpilatu egin da CPLEX erabiliz.

Nola erabili

blis, cbc, clp, OSSolverService eta symphony programak /software/bin/CoinAll karpetan daude. Adibidez, clp erabiltzeko exekutatu torque skriptetan

/software/bin/CoinAll/clp

Informazio gehiago

Coin-or home page.

GAP

Algebra diskreturako lengoaia matematikoaren 4.4 bertsioa.

GAP 2.5 aldiz astiroago da itanium nodoetan opteron-etan edo core2duo-etan baino. Gomendatzen dizuegu interaktibon Maiz edo Péndulon exekutatzea.

gap komandoa zuzenean exekutatu daiteke. Defektuz 512 MBetako lan ingurua erabiltzen du. Kola sistemako scriptetan beharrezkoa bada memoria hau handitzea -m erabili behar da, adibidez:

/software/bin/gap -m 900m < input-file > output-file

non input-file fitxeroak GAPentzako aginduak baititu, output-file fitxeroak pantailan erakusten dena gordetzen du eta 900 MBetako lan ingurua sortzen da GAPentzako.

Informazio eta dokumentazio gehiago GAP web orrialdean.

HTK

Markoven ezkutuko ereduekin lan egiteko programaren 3.4.1 bertsioa. Batez ere mintzamenaren azterketaren ikerkuntzan erabiltzen da.

Bakarrik Péndulon eta Opteron nodoetan instalatuta dago.

Programaren bat exekutatzeko erabili adibidez:

/software/bin/HDecode

Informazio gehiagorako HTK web orrialdea.

Matplotlib

Informazio orokorra

Python-entzako liburutegi matematikoak. Numpy liburutegiak eta ipython interpretea ere instalatu dira.

Python berriz konpilatu behar izan da eta erabili behar dira exekutatzen:

/software/bin/python

o directamente ipython con

/software/bin/ipython

Informazio gehiago

Matplotlib web orrialdea.

Numpy web orrialdea.

ipython web orrialdea.

Grace

Informazio orokorra

5.1.19 bertsioa instalatuta dago. Datu numerikoak bi dimentsiotan irudikatzeko aukera ematen du. Grafikak egiteko Grace WYSIWYG (What you see is what you get, hau da, Ikusten duzuna da Lortuko duzuna) motako programa da.

Ez dago maizen instalatuta. Erabiltzeko honako agindua exekutatu behar da:

xmgrace

Informazio gehiago

Informazio gehiago eta dokumentazioa Grace web orrialdean.

P4VASP

Informazio orokorra

P4Vasp VASPekin egindako kalkuluen egitura, dentsitate elektronikoak… bistaratzeko pakete bat da

Nola erabili

Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori zerbitzura nola konektatu atalean azaltzen da.

Erabiltzeko exekutatu

p4v

Informazio gehiago

P4Vasp Homepage

MOLDEN

Informazio orokorra

Molden egitura eta dentsitate elektronikoak bistaratzeko pakete bat da; programa hauetako formatuak irakurtzen ditu Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… Radboud University Nijmegen uniertsitatean garatua. 4.4 bertsioa dago eskuragarri. Exekutatzekomolden idatzi besterik ez da egin behar.

Nola erabili

Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori zerbitzura nola konektatu atalean azaltzen da.

Molden exekutatzeko erabili

molden

Informazio gehiago

Molden Homepage eta lineako manuala.

XMakemol

Informazio orokorra

Xmakemol egitura atomikoak ikusteko pakete bat da. Eskuragarri dagoen bertsioa 5.14 da.

Nola erabili

Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori zerbitzura nola konektatu atalean azaltzen da.

Exekutatzeko, hau erabili

xmakemol

Informazio gehiago

XMakemol Homepage.

Eskuliburua linean.

Octave

Zenbakizko kalkuluko programa matematikoaren 3.2.3 bertsioa dago itanium, Opteron eta Pendulon. Xeon-etan berriz 3.2.4. Zerbitzuko makina guztietan instalatuta dago (Arinan eta Pendulon).
(más…)