Kategoriaren artxiboa: Softwarea

PHENIX

August 5, 2013Softwareaadmin

Informazio orokorra

PHENIXen dev-2229 (1.10 baino altuagoa) bertsioa (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography). PHENIX X izpiak eta beste metodoak erabiliz egitura makromolekularrak lortzeko softwarea da. [intlink id=”1975″ type=”post”]AMBER[/intlink]ekin erabiltzeko prest dago.

Nola erabili

Interfaz grafikoa Guinnessen exekutatzeko erabili:

phenix &

PHENIX kola sisteman exekutatzeko lehengo source aginduarekin PHENIXen ingurunea kargatu behar da. Adibidez exekutatu:

phenix.xtriage my_data.sca [options]

Informazio gehiago

PHENIX web orrialdea.
Documentazio web orrialdea.
Documentazioa pdf-n.

MCCCS Towhee 7.0.2

January 30, 2012Softwareaadmin

Towhee Monte Carlo kode libre bat da. Simulazio molekularrak egiten ditu atomoetan oinarritutako indar eremuak erabiliz.

Informazio orokorra

Towheek hainbat talde termodinamiko estatistiko (NVT, NPT, UVT, NVT eta NPT) simulatu ditzake, eta Monte Carloerabiliz . (Informazio gehiago).

Nola erabili

send_towhee

Towhee ilarara bidaltzeko send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
send_towhee OUT NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]

`JOBNAME:`	Outputaren izana da
`NODES:`	Nodo kopurua.
`PROCS:`	Prozesagailu kopurua
`TIME:`	Kolari eskatutako denbora `hh:mm:ss formatuan.`
`MEM:`	Aukerakoal. Memoria Gb-etan( 1GB/core-ko esleituko du adierazten ez bada).
[``Other Torque Options'' ]	Optional. Kola sistemari adierazi nahi zaizkion beste hainbat aukera. Ikus azpian adibidea.. More information about this options

Adibideak

OUT izango da output.a. Lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:

send_towhee OUT 1 4 04:00:00

Lana 2 nodo eta 8 prozesagailutara eskatutako denbora 192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu, 8 GB, eta lana ez da 1234. lana amaitu aurretik martxan jarriko.

send_towhee out 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .

send_towhee OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Lanen Monitorizazioa

Towhee lanaen jarraipena egiteko remote_vi tresna erabili daiteke.

remote_vi JOBID

send_towhee-n adierazitako output fitxategia erakutsiko digu. (Lana send_towhee-rekin bidali bada soilik).

Informazio gehiago

http://towhee.sourceforge.net

LAMMPS

January 24, 2012Biokimika, Softwareaadmin

LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”) Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.

Informazio orokorra

LAMMPS dinamika molekular klasikoak egiteko kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.

Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.

Nola erabili

send_lmp

LAMMPS ilarara bidaltzeko send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]

`JOBNAME:`	Is the name of the input with extension.
`NODES:`	Number of nodes.
`PROCS:`	Number of processors.
`TIME:`	Time requested to the queue system, format `hh:mm:ss.`
`MEM:`	Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
[``Other Torque Options'' ]	Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system. See examples below. More information about this options

Adibideak

Job1 lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:

send_lmp job1.in 1 4 04:00:00

Lana 2 nodo eta 8 prozesagailutara eskatutako denbora 192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu, 8 GB, eta lana ez da 1234. lana amaitu aurretik martxan jarriko.

send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .

send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

Lanen Monitorizazioa

LAMMPS lanaen jarraipena egiteko remote_vi tresna erabili daiteke.

remote_vi JOBID

*. out fitxategia erakutsiko digu. (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).

Informazio gehiago

http://lammps.sandia.gov

Gaussview

October 10, 2011Softwarea, Visualization @euadmin

5.0.9 bertsioa. [intlink id=”2380″ type=”post”]Gaussian[/intlink] lanak prestatzeko eta aztertzeko interfaz grafikoa da. Erabili ahal izateko exekutatu:

gv

NX programaren bitartez Guinnessen erabiltzea gomendatzen dizuegu. NX zuzen konfiguratzeko jarraitu pausoz pauzo guida hau.

Turbomole

August 8, 2011Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwareaadmin

Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements.

Informazio Orokorra

Katalisi homogeneo, heterogeneo, kimika organikoa eta inorganikoa, hainbat espectroskopia arazo eta biokimikako sistemak aztertzeko egokia da. Programaren funtzio nagusiak honakoak dira:

DFT (LDA, GGA, híbridos).
Erantzun funtzioak (HF, DFT).
spin-orbita interazioekin ebaztutako kalkulu erlatibistak.
Coupled-Cluster (CC2) kalkuluak oinarrizko eta kitzikatutako egoerentzat.
Egoera kitzikoatuien arteko trantsizio momentu kalkuluak (monoelectronikoak) CC2.
Egituren optimizazioak (minimo eta trantsizio egoerak).
Frekuentzi bibrazionalak ( HF eta DFT analitikoak, besteak numerikoki ebaztuak).
NMR.
C1 Douglas-Kroll-Hess energiak.
ab initio dinamika molekularrak.

Nola Erabili

Guinness programa /software/TURBOMOLE, karpetan dago eta kalkuluak ilaretara bidaltzeko send_turbo tresna sortu da. Begiratu [intlink id=”4727″ type=”post”] Turbomole nola bidali[/intlink].

TmoleX, tresna berriz inputak sortzeko eta emaitzak aztertzeko lagungarria da. TmoleX dohan jaitsi daiteke PCan instalatzeko edo Guinness-en eskuragarri dago. TmoleX erabiltzeko exekutatu:

TmoleX

Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

turbomole_stop 1111

Gogoratu “stop” fitxeroa ezabatzen kalkulua berriz bidali nahi baduzu.

Informazio gehiago

Turbomole web orrialdea.

Turbomole esku liburua.

Turbomole tutoriala.

Orca

July 15, 2011Kalkulu Softwarea, Quantum mechanics @eu, Softwareaadmin

Informazio Orokorra

Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT ugari ditu.

Nola Erabili

Exekutagarriak /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.

Nola bidali Orca lanak

Benchmarkak

Orca (B3LYP optimizazioa) kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.

Cores Xeon	Denbora	Speed Up	Eraginkortasuna
1	3438		100%
8	498	6.9	86%
16	316	10.90	62%
32	218	15.77	50%

Eskura kagoen kalkulu softwarea

October 5, 2010Softwareaadmin

Quantum Mechanics Kola etiketak	Katramila xeon,rh7,xeon20	Guinness xeon,oxeon	Kalk2017 xeon,rh7,xeon28
[intlink id=”1659″ type=”post”]Abinit[/intlink]
[intlink id=”1599″ type=”post”]ADF[/intlink]	2017.110	2017.110	2017.110
[intlink id=”1677″ type=”post”]BigDFT[/intlink]
[intlink id=”1959″ type=”post”]Casino 2.4[/intlink]
[intlink id=”1549″ type=”post”]Dirac 08[/intlink]
[intlink id=”1627″ type=”post”]Espresso[/intlink]
[intlink id=”1569″ type=”post”]Gamess Jan 2009 [/intlink]
[intlink id=”2380″ type=”post”]Gaussian 03 & 09[/intlink]
[intlink id=”2043″ type=”post”]Jaguar[/intlink]
[intlink id=”1893″ type=”post”]MIKA .81[/intlink]
[intlink id=”2071″ type=”post”]NBO 5[/intlink]
[intlink id=”2348″ type=”post”]NWChem 6.3[/intlink]	6.3
[intlink id=”4545″ type=”post”] Orca 3.0.3 [/intlink]
[intlink id=”8850″ type=”post”]PSI4[/intlink]
[intlink id=”8091″ type=”post”]Qbox[/intlink]
[intlink id=”2085″ type=”post”]Qsite[/intlink]
[intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 2.0.1[/intlink]
[intlink id=”2410″ type=”post”]Siesta 3.0[/intlink]
[intlink id=”1607″ type=”post”]TB-LMTO 4.6 [/intlink]
[intlink id=”3897″ type=”post”]Terachem [/intlink]
[intlink id=”4697″ type=”post”] Turbomole 6.6 [/intlink]
[intlink id=”2358″ type=”post”]VASP[/intlink]
[intlink id=”1641″ type=”post”]Wien2K[/intlink]
[intlink id=”1667″ type=”post”]Yambo 3.2.2 [/intlink]
Biochemistry / Molecular Mechanics	Katramila (xeon,rh7,xeon20)	Guinness (xeon,oxeon)	Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=”1975″ type=”post”]Amber[/intlink]
[intlink id=”2035″ type=”post”]DL_POLY [/intlink]
[intlink id=”2003″ type=”post”]Gromacs[/intlink]
[intlink id=”5759″ type=”post”]GULP 4.0 [/intlink]
[intlink id=”5719″ type=”post”]LAMMPS[/intlink]
[intlink id=”2057″ type=”post”]Macromodel[/intlink]
[intlink id=”2021″ type=”post”]NAMD 2.6 [/intlink]
[intlink id=”5953″ type=”post”]Towhee 7.0.2[/intlink]
Matematika eta Grafikoak	Katramila (xeon,rh7,xeon20)	Guinness (xeon,oxeon)	Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=”1401″ type=”post”] Coin-or [/intlink]
[intlink id=”5252″ type=”post”] CPLEX [/intlink]
[intlink id=”1367″ type=”post”]Grace 5.1.19 [/intlink]
[intlink id=”1447″ type=”post”]Mathematica [/intlink]
[intlink id=”1433″ type=”post”]Matlab [/intlink]
[intlink id=”1375″ type=”post”]Matplotlib[/intlink]
[intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.3 [/intlink]
[intlink id=”640″ type=”post”]Octave 3.2.4 [/intlink]
[intlink id=”8633″ type=”post”]R, RCommander eta RStudio[/intlink]	3.3.3	3.3.2	3.3.3
[intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.1.1 [/intlink]
[intlink id=”1421″ type=”post”]Scilab 5.2.2 [/intlink]
Genetika	Katramila (xeon,rh7,xeon20)	Guinness (xeon,oxeon)	Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28)
Kola Etiketak	xeon20 rh7	oxeon xeon12 xeon8	xeon28 rh7
[intlink id=”6226″ type=”post”]ABySS[/intlink]
[intlink id=”1483″ type=”post”]BEAST[/intlink]
[intlink id=”6011″ type=”post”]BLAST[/intlink]
[intlink id=”1511″ type=”post”]Blast2Go[/intlink]
[intlink id=”6121″ type=”post”]Clean_reads[/intlink]
[intlink id=”5897″ type=”post”]CLUMPP[/intlink]
[intlink id=”7668″ type=”post”] Cufflinks [/intlink]
[intlink id=”5921″ type=”post”]Genepop[/intlink]
[intlink id=”8067″ type=”post”]IDBA-UD[/intlink]
[intlink id=”7975″ type=”post”]MetAMOS[/intlink]
[intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink]
[intlink id=”7877″ type=”post”]QIIME[/intlink]
[intlink id=”8037″ type=”post”]SPAdes[/intlink]
[intlink id=”5861″ type=”post”]Structure[/intlink]
[intlink id=”7660″ type=”post”]TopHat [/intlink]
[intlink id=”7113″ type=”post”]Trinity[/intlink]
[intlink id=”7748″ type=”post”]USEARCH[/intlink]
[intlink id=”6059″ type=”post”]Velvet[/intlink]
Bisualizazio Softwarea	Katramila (xeon,rh7,xeon20)	Guinness (xeon,oxeon)	Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=”5370″ type=”post”] Gaussview[/intlink]
[intlink id=”3538″ type=”post”] Maestro [/intlink]
[intlink id=”1279″ type=”post”] Molden [/intlink]
[intlink id=”2133″ type=”post”] NX client[/intlink]
[intlink id=”1357″ type=”post”] P4VASP [/intlink]
x2Go
[intlink id=”5532″ type=”post”] XCrysDen [/intlink]
[intlink id=”1267″ type=”post”] Xmakemol [/intlink]
[intlink id=”3558″ type=”post”] VMD[/intlink]
Beste Softwarea	Katramila (xeon,rh7,xeon20)	Guinness (xeon,oxeon)	Kalk2017 (xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=”1393″ type=”post”] GAP 4.4 [/intlink]
[intlink id=”5475″ type=”post”] Gretl [/intlink]
[intlink id=”1383″ type=”post”] HTK 3.4.1 [/intlink]
[intlink id=”1865″ type=”post”] NCL-NCAR [/intlink]
[intlink id=”1587″ type=”post”] OOMMF [/intlink]
[intlink id=”6888″ type=”post”] PHENIX[/intlink]
[intlink id=”8522″ type=”post”] SCIPION[/intlink]
[intlink id=”1457″ type=”post”] STAR-CCM+[/intlink]
[intlink id=”1879″ type=”post”] WRF 3.1 [/intlink]

Informazio orokorra

Nola erabili

Informazio gehiago

Informazio orokorra

Nola erabili

Adibideak

Lanen Monitorizazioa

Informazio gehiago

Informazio orokorra

Nola erabili

Adibideak

Lanen Monitorizazioa

Informazio gehiago

Informazio Orokorra

Nola Erabili

Informazio gehiago

Informazio Orokorra

Nola Erabili

Benchmarkak

Quantum Mechanics

Biochemistry / Molecular Mechanics

Matematika eta Grafikoak

Genetika

Kola Etiketak

Bisualizazio Softwarea

Beste Softwarea