Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

Softwarea

PHENIX

Informazio orokorra

PHENIXen dev-2229 (1.10 baino altuagoa) bertsioa (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography). PHENIX X izpiak eta beste metodoak erabiliz egitura makromolekularrak lortzeko softwarea da. AMBERekin erabiltzeko prest dago.

Nola erabili

Interfaz grafikoa Guinnessen exekutatzeko erabili:

phenix &

PHENIX kola sisteman exekutatzeko lehengo source aginduarekin PHENIXen ingurunea kargatu behar da. Adibidez exekutatu:

phenix.xtriage my_data.sca [options]

Informazio gehiago

PHENIX web orrialdea.
Documentazio web orrialdea.
Documentazioa pdf-n.

MCCCS Towhee 7.0.2

Towhee Monte Carlo kode libre bat da. Simulazio molekularrak egiten ditu atomoetan oinarritutako indar eremuak erabiliz.

 

Informazio orokorra

Towheek hainbat talde termodinamiko estatistiko  (NVT, NPT, UVT, NVT eta NPT) simulatu ditzake, eta Monte Carloerabiliz . (Informazio gehiago).

 

Nola erabili

send_towhee

  • Towhee ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
  • send_towhee OUT NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
JOBNAME: Outputaren izana da
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesagailu kopurua
TIME: Kolari eskatutako denbora hh:mm:ss formatuan.
MEM: Aukerakoal. Memoria  Gb-etan( 1GB/core-ko esleituko du adierazten ez bada).
[``Other Torque Options'' ] Optional. Kola sistemari adierazi nahi zaizkion beste hainbat aukera.
Ikus azpian adibidea..   More information about this options

Adibideak

  • OUT izango da output.a.   Lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
  • send_towhee OUT 1 4 04:00:00
  • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
  • send_towhee out 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
  • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
  • send_towhee OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    Towhee  lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    send_towhee-n adierazitako output  fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_towhee-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://towhee.sourceforge.net

     

    LAMMPS

    LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”)  Sandia National Laborategiak garatutako dinamika molekular programa bat da. LAMMPS-ek  MPI komunikazioa erabiltzen du kalkulu paraleloentzat. Kode  irekia da eta GNU General Public License baldintzapean banatzen da. 2019ko Ekainare 5eko bertsioa.

    Informazio orokorra

    LAMMPS  dinamika molekular klasikoak egiteko  kodea da. Egoera likido, solido edo gaseosoan dauden partikula multzoak simula ditzake. Sistemak atomikoak, polimerikok, biologikoak, metalikoak sistemak granularrak , eta “coarse grined” direlakoak aztertu ditzake indar-eremu eta muga-baldintza barietate desberdinak erabiliz.

    Zentzu orokorrean, LAMMPS-ek hedapen laburreko edo luzeko indarrekin elkar-interakzionatzen duten atomo-bilduma, molekula edo partíkula makroskopikoen Newtonen mugimenduaren ekuazioak integratzen ditu hasierako edo inguruneko baldintza desberdinak erabiliz.

    Nola erabili

    send_lmp

    • LAMMPS ilarara bidaltzeko   send_lmp tresna sortu dugu. Komando sintaxia, honakoa da:
    • send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
    JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
    NODES: Number of nodes.
    PROCS: Number of  processors.
    TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
    MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
    [``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
    See examples below.   More information about this options

    Adibideak

    • Job1  lana nodo batera eta 4 prozesagailuetara bidali dugu, 4 ordutarako:
    send_lmp job1.in 1 4 04:00:00
    • Lana  2 nodo eta 8 prozesagailutara  eskatutako denbora  192 ordutakoa izanik. Memoria ere adierazi dugu,  8 GB, eta lana ez da 1234.  lana amaitu aurretik martxan jarriko.
    send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'
    • Lana 4 nodo eta 4 prozesagailuetara bidali dugu. 200 ordu eta 2 GB-etako RAM-a askatu dugu. Gainera, kalkulua hasi eta amaitzean email bat bidaliko digu adierazitako emailera .
    send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

    Lanen Monitorizazioa

    LAMMPS lanaen jarraipena egiteko  remote_vi tresna erabili daiteke.

    remote_vi JOBID

    *. out fitxategia erakutsiko digu.  (Lana send_lmp-rekin bidali bada soilik).

    Informazio gehiago

    http://lammps.sandia.gov

    Gaussview

    5.0.9 bertsioa. Gaussian lanak prestatzeko eta aztertzeko interfaz grafikoa da. Erabili ahal izateko exekutatu:

    gv

    NX programaren bitartez Guinnessen erabiltzea gomendatzen dizuegu. NX zuzen konfiguratzeko jarraitu pausoz pauzo guida hau.

    Turbomole

    Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but to provide a fast and stable code which is able to treat molecules of industrial relevance at reasonable time and memory requirements.

    Informazio Orokorra

    Katalisi homogeneo,  heterogeneo, kimika organikoa eta inorganikoa,   hainbat espectroskopia arazo eta biokimikako sistemak aztertzeko egokia da. Programaren funtzio nagusiak honakoak dira:

    • DFT (LDA, GGA, híbridos).
    • Erantzun funtzioak (HF, DFT).
    • spin-orbita interazioekin ebaztutako kalkulu erlatibistak.
    • Coupled-Cluster (CC2) kalkuluak oinarrizko eta kitzikatutako egoerentzat.
    • Egoera kitzikoatuien arteko trantsizio momentu kalkuluak (monoelectronikoak)  CC2.
    • Egituren optimizazioak (minimo eta trantsizio egoerak).
    • Frekuentzi bibrazionalak ( HF eta DFT analitikoak, besteak numerikoki ebaztuak).
    • NMR.
    • C1 Douglas-Kroll-Hess energiak.
    • ab initio dinamika molekularrak.

     

    Nola Erabili

    Guinness programa /software/TURBOMOLE, karpetan dago eta kalkuluak ilaretara bidaltzeko send_turbo tresna sortu da. Begiratu  Turbomole nola bidali.

    TmoleX, tresna berriz inputak sortzeko eta emaitzak aztertzeko lagungarria da. TmoleX dohan jaitsi daiteke PCan instalatzeko edo Guinness-en eskuragarri dago. TmoleX erabiltzeko exekutatu:

    TmoleX

    Kolan kalkulatzen ari den lan bat era garbi batean bukatzeko, adibidez 1111.arina zenbakiarekin exekutatzen hari denean, erabili:

    turbomole_stop 1111

    Gogoratu “stop” fitxeroa ezabatzen kalkulua berriz bidali nahi baduzu.

    Informazio gehiago

    Turbomole web orrialdea.

    Turbomole esku liburua.

    Turbomole tutoriala.

    Orca

    Informazio Orokorra

    Orca kalkulu Kuantikoak egiten dituen programa malgu, eraginkorra eta erabiltzeko erraza da.
    Geruza irekiko molekulen ezaugarri espektroskopikoan kalkulurako oso egokia da. Kimika kuantikoaren metodo estandarrak semiempirikoak, DFT  ugari ditu.

    Nola Erabili

    Exekutagarriak  /softwarea/orca katalogoan instalatu dira, eta send_orca tresna ere eraiki dugu lanak modu erraz batean bidali ahal izateko.

     Nola bidali Orca lanak

    Benchmarkak

    Orca (B3LYP optimizazioa)  kalkulu batzuien benchmarkak ere gin dura zerbitzuko makinetan itaniumetako eraginkortasuna oso txikia izanik, ez dira datuak adierazten.

    Cores Xeon Denbora Speed Up Eraginkortasuna
    1 3438 100%
    8 498 6.9 86%
    16 316 10.90 62%
    32 218 15.77 50%

    Eskura kagoen kalkulu softwarea

     

    Quantum Mechanics

    Kola etiketak

     Katramila
    xeon,rh7,xeon20
     Guinness
    xeon,oxeon
    Kalk2017
    xeon,rh7,xeon28
    Abinit ok ok
    ADF 2017.110 2017.110 2017.110
    BigDFT ok ok
    Casino 2.4 ok
    Dirac 08 ok
    Espresso ok ok
    Gamess Jan 2009 ok
    Gaussian 03 & 09 ok ok ok
    Jaguar ok ok ok
    MIKA .81 ok
    NBO 5 ok
    NWChem 6.3 6.3 ok
    Orca  3.0.3  ok ok
    PSI4 ok ok
    Qbox ok ok
    Qsite ok ok ok
    Siesta 2.0.1 ok
    Siesta 3.0 ok
    TB-LMTO 4.6 ok
    Terachem ok
    Turbomole 6.6 ok ok
    VASP ok ok ok
    Wien2K ok ok
    Yambo 3.2.2 ok ok

    Biochemistry / Molecular Mechanics

     Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)
     Guinness
    (xeon,oxeon)
    Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
    Amber ok ok
    DL_POLY ok ok
    Gromacs ok ok ok
    GULP 4.0 ok
    LAMMPS ok
    Macromodel ok ok ok
    NAMD 2.6 ok
    Towhee 7.0.2 ok

    Matematika eta Grafikoak

    Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)
    Guinness
    (xeon,oxeon)
    Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
    Coin-or ok ok
    CPLEX ok ok
    Grace 5.1.19 ok ok ok
    Mathematica ok ok ok
    Matlab ok ok
    Matplotlib ok
    Octave 3.2.3 ok
    Octave 3.2.4 ok
    R, RCommander eta RStudio 3.3.3 3.3.2 3.3.3
    Scilab 5.1.1 ok
    Scilab 5.2.2 ok

    Genetika

    Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)
    Guinness
    (xeon,oxeon)
    Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)

    Kola Etiketak

    xeon20
    rh7
    oxeon
    xeon12
    xeon8
    xeon28
    rh7
    ABySS ok
    BEAST ok ok
    BLAST ok
    Blast2Go ok
    Clean_reads ok
    CLUMPP ok
    Cufflinks ok
    Genepop ok
    IDBA-UD ok ok
    MetAMOS ok
    mpiBLAST ok
    QIIME ok
    SPAdes ok ok
    Structure ok
    TopHat ok
    Trinity ok
    USEARCH ok
    Velvet ok

    Bisualizazio Softwarea

    Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)
    Guinness
    (xeon,oxeon)
    Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
     
    Gaussview ok
    Maestro ok ok
    Molden ok
    NX client ok ok
    P4VASP ok ok
    x2Go ok ok
    XCrysDen ok
    Xmakemol ok ok
    VMD ok ok

    Beste Softwarea

    Katramila
    (xeon,rh7,xeon20)
    Guinness
    (xeon,oxeon)
    Kalk2017
    (xeon,rh7,xeon28)
    GAP 4.4 ok
    Gretl ok
    HTK 3.4.1
    NCL-NCAR ok
    OOMMF ok ok
    PHENIX ok
    SCIPION ok
    STAR-CCM+ ok ok ok
    WRF 3.1 ok