Informazio orokorra
Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago.
Nola exekutatu
Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada
blast2go
bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere, [intlink id=”939″ type=”page”]opteron edo xeon[/intlink] nodoetan, eta bakarrik hauetan, data baseak lokalki instalatu ditugu kalkuluak oso era eraginkorran egin ahal izateko.
Nodoetan kalkulatzeko nahikoa da [intlink id=”661″ type=”post”]Torqueko[/intlink] skripetan gehitzea:
/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties
edo nahi diren opzioekin eta b2gPipe.properties fitxeroa zuzen konfiguratzea. B2gPipe.properties adibide fitxero bat kopiatu dezakezue
cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .
Lokalean instalatutak dauden data baseetara konektatzeko blast2go.properties fitxeroa konfiguratu behar da interfaz grafikoarekin (tools -> DB configuration) edo zuzenean editatuz datu hauekin:
// GO and B2G-Mapping Database Dbacces.dbhost=localhost Dbacces.dbname=b2g Dbacces.dbuser=blast2go Dbacces.dbpasswd=blast4it
Beharrezkoa da opteron etiketa erabiltzea kalkulua nodo hauetara bideratzeko eta seriean exekutatzen dan programa bat da, adibidez:
#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron
Data baseren bat instalatu edo eguneratu nahi bada jar zaitez harremanetan teknikariekin.
Informazio Gehiago
BLASTeko [intlink id=”1507″ type=”post”]mpiBLAST[/intlink] bertsio paraleloa ere instalatuta dago.
Informazio gehiago Blast2GO web orrialdea.