Illinois-eko Uniberstitateak Dinamika Molekularreko kulkuluak egiten dituen kodea da NAMD. 2.6 Bertsioa dago instalatuta.
Nola Erabili
Softwarea /software/NAMD_2.8_Linux-x86_64-ibverbs katalogoan dago instalatuta, eta
send_namd scripta sortu dugu NAMD lanak bidaltzeko.
Hurrengo modura bidali daiteke NAMD arina zein Pendulon:
- send_namd erabiliz.
- Torque script bat sortu eta hau kolara bidaliz.
- send_namd
- Agindu hau aldagairik gabe egikaritzean, erabilera erakusten du.
- Erabiltzeko modua : send_namd JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [“Other queue options” ]
JOBNAME: NAMD fitxetegiaren inputa extensioa barne. NODES: Nodo kopurua. PROCS: Prozesagailu kopurua. TIME: Kalkulua egiteko eskatzen den denbora hh:mm:ss formatuan. MEM: memoria Gb-etan. [`` Torque beste aukerak'' ] Kola sistemari pasa nahi zaizkion beste aginduen zerrenda.
Ikus adibideak. [intlink id=”632″ type=”post”]. informazio gehiago[/intlink]Adibideak:
send_namd job.namd 1 8 04:00:00 1
send_namd job2.conf 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'‘
Kalkuluen Monitorizazioa:
remote_vi erabili daiteke lanen egoera ikusteko, *.out fitxategia irekiko du gvin editorearekin (bakarriksend_namd erabili bada lana bidaltzeko).
Adibidea:
remote_vi 38143.arina
Benchmarkak
Hainbat benchmark egin ditugu NAMD-akin eta hau da ikusitakoa:
| nodesxCores | xeon8 (days/ns) | xeon12 (days/ns) | zeon20 (days/ns) |
| 1×4 | 4.99249 | 3.84913 | |
| 1×8 | 2.50337 | 2.10316 | |
| 2×8 | 0.836564 | ||
| 3×8 | 0.773642 | ||
| 4×8 | 0.683973 | ||
8 Core arte, itanium arkitektura da eraginkorrena, baina nodo bat baino gehiago erabiltzean, eraginkortasuna erabat galzen da. Pendulon berriz, NAMD-ek askoz hobeto eskalatzen duenez,arkitektura horretarako oso programa egokia dela deritzogu, kalkuluak 16/32 Coretan egin daitezkelarik.