ID) . '">' . __('  [Continue Reading]') . ''; } add_filter('excerpt_more', 'new_excerpt_more'); ?> Software de Cálculo – Informática Aplicada a la Investigación
IZO-SGI

Software de Cálculo

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 • BioChemistry / Molecular Mechanics

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 • Software de Visualización

 • Otro Software

 

Quantum Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Abinit ok ok
ADF 2017.110 2017.110 1017.110
BigDFT ok ok
Casino 2.4 ok
Dirac 08 ok
Espresso ok ok
Gamess Jan 2009 ok
Gaussian 03 & 09 ok ok ok
Jaguar ok ok ok
MIKA .81 ok
NBO 5 ok
NWChem 6.3 ok ok
Orca 3.0.3 ok ok
PSI4 ok ok
Qbox ok ok
Qsite ok ok ok
Siesta 2.0.1 ok
Siesta 3.0 ok
TB-LMTO 4.6 ok
Terachem ok
Turbomole 6.6 ok ok
VASP ok ok ok
Wien2K ok ok
Yambo 3.2.2 ok ok

BioChemistry / Molecular Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Amber ok ok
DL_POLY ok ok
Gromacs ok ok
GULP 4.0 ok
LAMMPS ok
Macromodel ok ok ok
NAMD 2.6 ok
Towhee 7.0.2 ok

Matemática y Gráficos

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Coin-or ok ok
CPLEX ok ok
Grace 5.1.19 ok ok ok
Mathematica ok ok ok
Matlab ok ok
Matplotlib ok
Octave 3.2.3 ok
Octave 3.2.4 ok
R, RCommander y RStudio 3.3.3 3.3.2 3.3.3
Scilab 5.1.1
Scilab 5.2.2 ok

Genética

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
ABySS ok
BEAST ok ok
BLAST ok
Blast2Go ok
Clean_reads ok
CLUMPP ok
Cufflinks ok
Genepop ok
IDBA-UD ok ok
MetAMOS ok
mpiBLAST ok
QIIME ok
SPAdes ok ok
structure ok
TopHat ok
Trinity ok
USEARCH ok
Velvet ok

Software de Visualización

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
Gaussview ok
Maestro ok ok
Molden ok ok
NX client ok ok
P4VASP ok ok
x2Go ok ok
XCrysDen ok
Xmakemol ok ok
VMD ok ok

Otro Software

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
GAP 4.4 ok
Gretl ok
HTK 3.4.1
NCL-NCAR ok
OOMMF ok ok
PHENIX ok
SCIPION ok
STAR-CCM+ ok ok ok
WRF 3.1 ok

 

2 Comments

  1. […] Por ello, hemos escogido tres programas que paralelizan BLAST de forma diferente pero directa y que en cualquiera de los casos producen resultados idénticos: el proporcionado por el NCBI, gpuBLAST [3] y mpiBLAST [4]. Los benchmark se han ejecutado en nodos Xeon de 8 cores a 2.24 GHz y con una tarjeta Tesla C2070 y este software está instalado en las máquinas del IZO-SGI [5]. […]

  2. […] In addition, we use different software with Group license (QCHEM, CHEMSHELL) , and mostly, with University license. To see the latter, click here. […]