Antropogenética

Práctica O2. Tratamientos de datos I (Heterogeneidad genética).

En esta práctica se van a estudiar las frecuencias de varios marcadores genéticos en una serie de poblaciones. Los datos se han tomado de la base de datos ALFRED y serán analizados principalmente mediante el programa Past.

Base de datos

https://alfred.med.yale.edu/ALFRED/index.jsp

Past

Copie los resultados que vaya obteniendo en un fichero Word. Guárdelo en la carpeta del escritorio que corresponde a su grupo de prácticas.

Copie la base de datos de la hoja de cálculo en Past (Especifique Row y Column attributes).
Esta pequeña base de datos incluye las frecuencias de las siguientes inserciones Alu:
A25, ACE, APOA1, B65, D1, FXIIIB, PV92 y TPA25
en las siguientes poblaciones:
!Kung, Nguni, Sotho-Tswana, Biaka, Nigeria, Rumanía, Francia, Grecia, Suiza, Albania, Han, Taiwan, Filipinas, Java, y Malasia.
Hay una columna inicial con el nombre Grupo, en la que se definen subgrupos poblacionales. Pero hay que especificar para esta columna el atributo "Group".
Además hay dos poblaciones que se usarán más tarde, "ROOT" y Pastunes.

Analice la base de datos mediante un Análisis Factorial de Correspondencias. Para ello habrá que seleccionar los datos de las 15 primeras poblaciones y después elegir en el menú "Multivariate" la opción "Ordination" y "Correspondence". Preste atención a la escala de los ejes en el gráfico.

Dibuje las elipses equiprobables del 95% para cada continente.

Responda a las preguntas:
1. ¿Cuál es la inserción que caracteriza a las poblaciones Africanas?
2. ¿Y las más características de las asiáticas?
3. ¿Hay alguna que caracterice a las europeas?
4. ¿Cuál es el porcentaje de la varianza explicado por los dos primeros ejes?

Incluya ahora una población antecesora teórica (ROOT) y la población Pastún tomada también de ALFRED. En la población antecesora todas las inserciones tienen una frecuencia próxima a 0 (el valor 0 daría error).

	Territorio de origen de los pastunes

Realice un nuevo Análisis Factorial de Correspondencias e interprete las posiciones de la población antecesora y de los pastunes.

Se podrán interpretar mejor algunas características del Análisis Factorial de Correspondencias si lo contrastamos con un Análisis de Escalamiento Multidimensional con las mismas poblaciones. Para ello, descargue el programa GeDis en su carpeta de prácticas desde la dirección:
GeDis

Descomprima el fichero.
Copie los datos en una hoja de cálculo con el formato GeDis. Guárdela con formato xls.

Ejecute el programa, haga que lea los datos (Input/Read Data) y calcule la matriz de distancias R de Harpending y Jenkins (Distances/Harpending and Jenkins'R).
Copie la matriz y péguela en Past.
Realice un Análisis de Escalamiento Multidimensional con Past (Multivariate/Ordination/Non-metric MDS). Seleccione la distancia "User distance".
Finalmente, obtenga un dendrograma mediante la opción "Multivariate/Clustering/Neighbour joining ".
Interprete la posición de la población antecesora.

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