Antropogenética

Práctica O2. Tratamientos de datos I (Heterogeneidad genética). Resultados

Sección 1.

1. AFC sin raíz

El primer eje explica el 60% de la varianza, es decir, de la heterogeneidad entre las poblaciones, en tanto que el segundo eje explica el 21%. Aparecen 7 ejes posibles, con los que se explica el 100% de la varianza, ya que tenemos 8 inserciones Alu. Para explicar n variables el máximo siempre serán n-1 ejes. La inserción Alu A25 caracteriza las poblaciones africanas, FXIIIB y PV92 las asiáticas y las europeas no muestran una gran inercia para ninguna inserción.


Las elipses equiprobables representan la probabilidad del 0,95 de encontrar una nueva muestra del mismo grupo en la superficie definida por la elipse. Quedan claramente separados los tres grupos poblacionales. Africa muestra más heterogeneidad que Europa y el Este de Asia.

2. AFC con raíz

Los Pastunes aparecen en una posición intermedia entre europeos y asiáticos, de acuerdo a su posición geográfica y su historia. La población raíz (Root), aparece también en un lugar intermedio, reflejando de forma incorrecta su posición genética. Esto es debido a los valores de 0 en todas sus frecuencias, lo que da lugar a problemas de cálculo de la distancia chi cuadrado.

3. MDS

La posición de la población ancestral hipotética es más clara desde un punto de vista genético en el MDS. Aparece en un extremo, mostrando el origen del proceso de poblamiento de los diferentes continentes. Los Pastunes aparecen de nuevo en una posición intermedia entre europeos y asiáticos, pero en este caso alejados de la población raíz.

3. Dendrograma

En un análisis NJ la población ancestral aparece en el gráfico identificando la raíz.

@Jose A. Peña, 2007-2019 Universidad del País Vasco