Las líneas recogidas en el plan de investigación se diseñaron considerando imprescindible el acercamiento interdisciplinar. Son las siguientes:

• Historia y documentación. País Vasco (ss. XIV-XVI).
• Sociedad, conflictos y transgresión social (ss. XIV-XVIII) 
• Cultura política y dinamización de la actividad urbana (ss. XIV-XVIII) 
• Las élites vascas y navarras en la monarquía hispánica (ss. XVI-XIX)