Los Departamentos son las unidades de docencia e investigación encargadas de coordinar las enseñanzas de uno o varios ámbitos del conocimiento en uno o varios Centros, de acuerdo con la programación docente de la UPV/EHU, y de apoyar las actividades e iniciativas docentes e investigadoras de su personal docente e investigador.
La Facultad está compuesta por los siguientes Departamentos:

POLÍMEROS Y MATERIALES AVANZADOS: Física, Química y Tecnología

Las áreas que componen este Departamento son: Química Física, Química Orgánica, Ciencia de los Materiales y Física Aplicada.

• Director: Agustín Etxeberria Lizarraga
• Secretario: Joseba Iñaki Juaristi Oliden
• Web: Polímeros y materiales avanzados: Física, Química y Tecnología.

QUÍMICA APLICADA

Las áreas que componen este departamento son: Bioquímica, Ingeniería Química, Microbiología, Química Analítica, Química Inorgánica y Petrología.

• Director: José Manuel Seco Botana
• Secretaria: Rosa García Arrona
• Web: Química Aplicada

QUÍMICA ORGÁNICA I

Este departamento está constituido por una única área de conocimiento y se encuentra articulado en Secciones por razones geográficas (Secciones de Alava y Guipúzcoa).

• Directora: María Antonia Mielgo Vicente (San Sebastián)
• Secretaria: Nerea Alberro Osa (San Sebastián)
• Web: Química Orgánica

Entre el Personal Docente de la Facultad, se cuenta también con varios/as profesores/as adscritos/as a otros Departamentos de la UPV/EHU.