1. Diversidad de plantas y a nivel de vegetación; respuestas a cambios ambientales. Patrones de diversidad sintaxonómica, filogeográfica, filogenética y de caracteres funcionales. Gestión de bases de datos de vegetación.
2. Plantas invasoras. Patrones de invasión de las plantas alóctonas, y sus características en los diferentes ecosistemas y regiones geográficas; genética y dinámica poblacional asociada a la invasión biológica.
3. Biología de la Conservación. Gestión para la conservación de la biodiversidad vegetal, las especies de plantas amenazadas  su diversidad genética. Gestión de hábitats amenazados.
4. Ecología evolutiva. Efectos de los cambios ambientales a largo plazo; filogeografía y análisis comparativos filogenéticos; se combinan datos ecológicos y genómicos para investigar la diversificación ecológica mediante secuenciación de alto rendimiento.

Biología de la conservación. Gestión y manejo de especies y poblaciones vegetales amenazadas. Manejo de hábitats. Formación de especialistas en estos temas.

Plantas invasoras. Gestión de sus poblaciones.

Uso y explotación de bases de datos de vegetación: distribución de especies vegetales, identificación de su hábitat.

Cartografía de la vegetación y hábitats.

Supervisión de proyectos de ordenación territorial con vistas a la conservación de especies y hábitats.

Asesoramiento a administraciones públicas y entidades privadas en la ejecución de acciones de cara a la preservación de especies amenazadas y hábitats.

Establishment of a Red List of European Habitats, financiado por la Comisión Europea y contratado por Alterra (Stichting Dienst Landbouwkundig Onderzoek, NL) y la IUCN (International Union for Conservation of Nature). Diciembre de 2013-Junio de 2016.

El LIC Dunas de Astondo (ES2130004): seguimiento de los hábitats y propuestas para la gestión. Entidad financiadora: Diputación Foral de Bizkaia. Fechas de realización: Abril de 2013-Diciembre de 2017.

Seguimiento de las poblaciones de Ranunculus amplexicaulis, Diphasiastrum alpinum y Meum athamanticum en el Monte Gorbeia (Bizkaia). Entidad financiadora: Diputación Foral de Bizkaia Fechas de realización: Abril de 2013-Diciembre de 2017.

31003_156294. Landscape-scale functional diversity of plant, butterfly and bird communities along the Swiss elevation gradient. Swiss National Fund for Science. PI: Valentin Amrhein, University of Basel, Basel, Switzerland. 01.11.2014-31.10.2017.

ERC-339941. ADAPT—Life in a cold climate: The adaptations of cereals to new environments and the establishment of agriculture in Europe. European Commission. PI: Terry Brown, University of Manchester, UK. 01.02.2014-31.01.2019.