Esta asignatura proporciona una visión integrada y actualizada del conocimiento de las proteínas a nivel estructural y químico. El alumno se familiarizará con con los distintos abordajes de la proteómica, los conceptos que se derivan del análisis estructural de las proteínas, y los últimos avances en la ingeniería aplicada a las mismas.



Además aprenderá a obtener estructuras de proteínas y ácidos nucleicos de las bases de datos estructurales, y manejar software adecuado para la visualización y comprensión de las relaciones estructura-función de macromoléculas

Proteómica Introducción. Proteómica descriptiva, proteómica de expresión y proteómica funcional. Análisis de subproteomas y complejos proteicos. Análisis de rutas de señalización celular. Análisis de interacciones entre proteínas. Espectrometría de masas aplicada a proteínas. Métodos de ionización MALDI, y ESI. Métodos de fragmentación. Analizadores. Identificación de proteínas por espectrometría de masas. Huella de masas peptídicas y huella de fragmentos peptídicos. Procesamiento de datos de espectros de masas. Proteómica cuantitativa. Modificaciones postraducción.



Estructura de proteínas Aminoácidos: Propiedades y clasificación. Escala de hidrofobicidad. Ionización. Grupos funcionales. Péptidos: Enlace peptídico. Estructura primaria. Estructura secundaria. Restricciones conformacionales de los polipéptidos. Tipos de estructura secundaria: hélices, láminas, giros y bucles. Estructura terciaria y cuaternaria de proteínas: Motivos y dominios estructurales. Clasificación de proteínas globulares. Proteínas de membrana. Introducción al plegamiento proteico.



Ingeniería de proteínas. Diseño "de novo" de estructura de proteínas. Diseño de actividades específicas. Diseño racional. Diseño modular. Minimización de las estructuras diseñadas. Aplicaciones del diseño de proteínas: estabilización de estructuras proteicas. Evolución dirigida de proteínas.

Clases teóricas, sesiones basadas en articulos de investigación representativos de la materia impartida y prácticas de ordenador.

Los exámenes (escrito y/o test) computarán un 75-80 % de la nota. Prácticas y trabajos el 20-25 % restante. Bastará con no presentarse a la prueba final para que la calificación final de la asignatura sea no presentado o no presentada

No se utiliza un único libro de texto.

Bibliografía básica

- Proteins and Proteomics: A laboratory manual. R.J. Simpson. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York. 2003.



- Introduction to protein structure. Branden, C. y Tooze, J. 2nd Edition. Garland Publishing, 1999.

Bibliografía de profundización

- Proteomics for Biological Discovery. Veenstra T.D. and Yates III J.R. Wiley, New Jersey, 2006.

- Estructura de proteínas. Gómez-Moreno, C y Sancho J. (coords.) Ariel Ciencia, 2003

Revistas

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