La Unidad de Proteómica de la UPV/EHU dispone de un espectrómetro de masas Waters Micromass Q-Tof micro dotado con un sistema NanoLockSpray y conectado a un HPLC Waters CapLC XE System y de la plataforma informática MassLynx.

Las características del equipo son:

• Fuente ZSprayTM-dual orthogonal.
• Resolución 5000 FWHM.
• Exactitud de masa por debajo de 5ppm tanto en modo MS como MS/MS.
• Analizador oa-Tof (orthogonal-time of flight) con rango de adquisición hasta 20000 m/z.
• Data Directed Analisis (DDATM): detección de compuestos de interés y cambio automático de MS a MS/MS.
• Precursor ion discovery: técnicas de adquisición clase-específicas (i.e. detección de motivos estructurales específicos) mediante detección por neutral loss o product ion.
• Cromatografía de flujo variable para una mayor calidad de análisis en MS/MS.

Tambien dispone del siguiente equipamiento:

• Electroforesis OFFGEL.
• Sistemas de cromatografía líquida.
• Espectrómetros de masas Q-Tof con fuentes ESI y MALDI y espectrómetro de masas Q-Exactive.
• Aplicaciones informáticas para análisis de datos:
  • Motores de búsqueda.
  • Análisis de imagen y cuantificación.

La Unidad de Proteómica de la UPV/EHU dispone de los siguientes motores de búsqueda:

El Proteomics Core Facility-SGIKER de la Universidad del País Vasco alberga actualmente 3 plataformas de espectrometría de masas de alta gama para una amplia gama de aplicaciones proteómicas.

nanoACQUITY UPLC - SYNAPT HDMS

• Tipo de instrumento: SYNAPT HDMS (Waters Corporation) es un espectrómetro de masas de movilidad iónica / tiempo de vuelo cuádruple / móvil. El sistema SYNAPT HDMS puede operar en modo TOF o modo Mobility-TOF. En el modo Mobility-TOF, permite el análisis de muestras diferenciadas por tamaño y forma, así como por masa. El sistema nanoACQUITY UPLC (Waters Corporation) suministra tasas de nanoflujo para separaciones cromatográficas de alta resolución de péptidos y proteínas a presiones ultra elevadas de hasta 10.000 psi.

• Aplicaciones:
• Identificación de proteínas en muestras de baja y mediana complejidad
• Determinación de masa intacta de proteínas

• Tipo de instrumento: el Q Exactive (ThermoFisher Scientific) es un espectrómetro de masas cuadrupolo híbrido Orbitrap. Combina la selección de precursores cuadrupolares de alto rendimiento con detección Orbitrap ™ de alta resolución y masa precisa (HR / AM). El Exactivo Q puede manejar aplicaciones rutinarias en proteómica de Identificación de proteína a experimentos de cuantificación específicos. El EASY-nLC 1000 (ThermoFisher Scientific) es un cromatógrafo líquido nanopartícula, sin división, optimizado para separar biomoléculas como proteínas y péptidos a presiones ultra elevadas de hasta 15,000 psi.

• Aplicaciones:
  • Identificación de proteínas en muestras de mediana y alta complejidad
  • Análisis basado en la cuantificación de proteínas
  • Cuantificación de proteína dirigida (PRM)
  • Análisis de PTM: fosforilación y ubiquitinación

• Tipo de instrumento: el Q Exactive (ThermoFisher Scientific) es un espectrómetro de masas cuadrupolo híbrido Orbitrap. Cuenta con un analizador Orbitrap de campo ultra alto que duplica su velocidad y resolución y utiliza un tubo de transferencia de alta capacidad para una alta carga de iones para obtener la máxima sensibilidad. En conjunto, estos componentes permiten una rápida identificación y análisis de péptidos, cuantificación TMT sin etiquetas, análisis proteómicos descendentes, sofisticadas características de DDA y DIA, dRT-PRM y BioPharma. El sistema EASY-nLC 1200 (ThermoFisher Scientific) proporciona un rendimiento UHPLC nano-flow sin esfuerzo a 18,000 psi. Brinda una excelente precisión de gradiente y permite el uso de columnas analíticas más largas para una mayor capacidad de pico.

• Aplicaciones:
  • Identificación de proteínas en muestras de alta complejidad y / o baja abundancia
  • Análisis basado en la cuantificación de proteínas
  • Cuantificación de proteína dirigida (PRM)
  • Cuantificación de proteína basada en el análisis independiente de datos (DIA)
  • Análisis de PTM: fosforilación y ubiquitinación