DNAren sekuentziazioaren inguruan etengabe garatzen ari den teknologiari eta datuak ekoizteko kostuen beherakadari esker, hainbat organismoren genoma osoen sekuentziazioak gora egin du azken urteotan.

Duela gutxi Frontiers in Genetics aldizkarian argitaratutako lan batean, lehenbizikoz osatu eta idatzi dute mapatxe txakurraren (Nyctereutes procyonoides) genoma osoa. Mapatxe txakurra azeriaren (Vulpes vulpes) ahaide hurbila da; Ekialdeko Asiakoa da jatorriz, baina 1940ko hamarkadan, larrugintza interesak zirela eta, Europan sartu, eta finkatu egin zen. Hegoaldeko herrialdeak kontuan hartuta, orain arte, Frantzian bakarrik aurkitu da, baina espezieen banaketa ereduek erakusten dute mapatxe txakurrek Iberiar penintsula koloniza dezaketela datozen 20 urteetan. Espezie inbaditzaile horrek garrantzi handia du osasun publikoaren ikuspegitik; izan ere, gizakiari eragin diezaioketen gaixotasun ugariren –hala nola COVID-19a– gordailu eta bektore da.

Genoma osatzeko, hirugarren belaunaldiko sekuentzia luzeak erabili dira (PacBio eta Oxford Nanopore Technologies), baita geneak iragartzeko eta idazteko teknika bioinformatiko berrienak ere. Ikerketaren erronka nagusietako bat mapatxe txakurraren egitura kromosomiko konplexua izan da, telomero eta zentromero handiegiak dituztelako eta B motako kromosomen kopurua aldakorra delako. Elementu horiek guztiek DNAren eskualde ez-kodifikatzaileak eta errepikakorrak dituzte, eta zailak dira sekuentziatzen eta aztertzen.

Azterlanean lortutako genomak 2,39 gigabase ditu, eta 27.000 gene identifikatu eta idatzi dira. Gainera, osatu den genomaren % 39 eskualde errepikakorrei dagokie. Hala ere, kopuruaren zenbatespena txikiegia izan liteke, lehen aipatutako eskualde errepikakor konplexuak direla eta. Bestalde, mapatxe txakurraren eta otsoaren arteko dibergentzia 12 milioi urtekoa bada ere, espero baino sintonia handiagoa atzeman da bi espezieen genomen egituraren eta osaketaren artean.

Luis Javier Chueca doktorearen ustez (azterlaneko ikerlari nagusia), “argitalpenean aurkeztutako genomak erreferentziatzat balioko die etorkizuneko azterlan ebolutiboei eta ekologikoei, baita geneen eta gaixotasunen arteko asoziazioei eta karniboroen arkitektura kromosomikoari buruzko azterlanei ere”.

Informazio osagarria

Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitateko Sistematika, Biogeografia, Jokabidearen Ekologia eta Eboluzioa taldeko Luis Javier Chueca doktorego osteko ikerlariak zuzendu du lana, Bioaniztasunaren Genomika Traslazionalaren Zentroarekin (LOEWE-TBG) eta Frankfurt am Maineko Goethe Unibertsitatearekin elkarlanean (Alemania).