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Las enfermedades transmitidas a través de los alimentos son causadas por el consumo de alimentos o agua contaminados por microorganismos patógenos, tales como bacterias y sus toxinas, virus y parásitos. Entran en el cuerpo a través del tracto gastrointestinal, donde ocurren a menudo los primeros síntomas. Muchos de estos microorganismos se encuentran en el intestino de los animales productores de alimentos y los riesgos de contaminación están presentes en toda la cadena alimentaria. Los brotes de transmisión de agentes patógenos de origen alimentario son importantes amenazas para la salud pública, por lo que se hace absolutamente necesario un mayor nivel de cooperación entre las autoridades competentes locales, nacionales e internacionales.

El Centro para la Prevención y el Control de las Enfermedades de los Estados Unidos (CDC) estima que los alimentos consumidos en ese país pueden estar contaminados por, al menos, 31 agentes responsables de enfermedades transmitidas por los alimentos. Anualmente estos agentes causan en EE.UU. 9,4 millones de infecciones o intoxicaciones, provocando 55.961 hospitalizaciones y 1.351 muertes. La Unión Europea (UE) ha adoptado un enfoque integrado de la seguridad alimentaria, desde la granja o el mar hasta la mesa, que consiste en un conjunto de medidas de evaluación y gestión del riesgo y que involucran a todos los agentes implicados: los Estados miembros de la UE, la Comisión Europea, el Parlamento Europeo, la Autoridad Europea para la Seguridad Alimentaria (EFSA), el Centro Europeo para la Prevención y el Control de las Enfermedades (ECDC) y las grandes empresas de alimentación.

La Secuenciación Completa del Genoma bacteriano (WGS) se está mostrando como una nueva herramienta de gran utilidad en la caracterización e identificación microbiana, de tal manera que implementar esta técnica en la vigilancia rutinaria y en las investigaciones de brotes de enfermedades de origen alimentario se está convirtiendo en un objetivo estratégico en todo el mundo. Sin embargo, los países con recursos limitados podrían no ser capaces de alcanzar este objetivo en un futuro próximo, poniéndoles en condiciones de inferioridad para la detección e investigación de brotes internacionales. Por eso, para garantizar la protección de los ciudadanos contra las amenazas sanitarias transfronterizas, se debe reforzar un mayor acceso a las nuevas metodologías, como la WGS. La estandarización y calibración del proceso, la simplificación del análisis informático y el consenso en la interpretación de los datos son los requisitos básicos que permitirán la transición del paradigma de diagnóstico actual a una consolidación de la WGS.

El uso generalizado y rutinario del análisis WGS para la protección de la salud pública está esencialmente limitado por la ausencia de un marco adecuado y accesible de tecnologías de la información, y por las limitadas habilidades de los microbiólogos de salud pública en el manejo de estas nuevas metodologías bioinformáticas. Con estos problemas en mente, estamos llevando a cabo la iniciativa europea denominada Innuendo, cuyo objetivo es desarrollar un marco intersectorial para la integración del WGS bacteriano en la vigilancia rutinaria y en las investigaciones epidemiológicas de las enfermedades transmitidas por los alimentos. Es esencial que los avances en bioinformática y genómica bacteriana se encuentren con las necesidades de la microbiología de salud pública. Este objetivo sólo puede alcanzarse a través de una integración de competencias entre diferentes disciplinas y profesiones. Por ello, a través de la cooperación activa entre expertos en genómica bacteriana, evolución, bioinformática, epidemiología, especialistas en validación, control de alimentos y salud pública, el consorcio Innuendo propone un enfoque intersectorial. Para diseñar una infraestructura de diagnóstico asequible y sostenible, el consorcio incluye organizaciones gubernamentales, autoridades competentes y centros de investigación de los sectores alimentario, veterinario y médico de seis países europeos. En el marco de este proyecto europeo financiado por EFSA hemos desarrollado recientemente un curso de verano internacional en el Campus de Álava de la UPV/EHU. Han participado más de 100 jóvenes investigadores de 20 países europeos, los cuales han tenido la oportunidad de conocer las últimas novedades en este ámbito, mediante charlas, talleres prácticos y la utilización de plataformas bioinformáticas de código abierto desarrolladas a lo largo de la primera fase del proyecto.

Termino esta crónica para Campusa desde los EE.UU., a donde me he desplazado para realizar una corta estancia de investigación en la Universidad Estatal de Arizona (ASU), en el Centro para el Estudio de los Mecanismos de la Evolución, el Biodesign Institute. Aquí estudian los mecanismos y procesos que condicionan la evolución de los genomas. Trataremos de entender más en profundidad cómo ocurre la evolución de los genomas microbianos, y qué efectos y consecuencias pueden tener en la interpretación de las nuevas técnicas WGS aplicadas al estudio epidemiológico. Detrás de una puerta que se abre siempre aparecen otras nuevas por abrir.

Fotos: Nuria González. UPV/EHU.