Mikrobioen genoma osoaren sekuentziazioa

Martxoaren 16an eta 17an, ‘Mikrobioen genoma osoaren sekuentziazioa' izeneko mintegi bana hartu ditu Euskal Herriko Unibertsitateko Arabako Campusak. Aipatu mintegiak Elikagaien Segurtasunerako Europako Elkarteak finantzatzen duen INNUENDO proiektuaren barruan kokatzen dira. UPV/EHUk elikagaiek transmititzen dituzten patogenoen zaintza epidemiologikoan genomika txertatu nahi duen proiektu honetan parte hartzen du.

E. coli O104/H4 bidezko infekzioaren azken izurri-agerraldia elikagaiek transmitituriko mikroorganismoek mundu osoko osasun publikoarentzat suposatzen duten mehatxuaren adibide argia izan zen. Testuinguru horretan ikasitako ikasbideak ondokoak izan ziren: tokiko, nazio mailako eta EBeko agintari eskudunen arteko lankidetza hobetzeko beharra, heziketari esfortzu handiagoa eskaintzeko beharra, datu-base komun bat garatzeko xedea lortzeko lan egiteko beharra eta arrisku mikrobianoen ebaluazioan ikuspegi berriak baliozkotzeko beharra.

Zentzu horretan, INNUENDO proiektuak EFSA erakundeak zehaztu duen zereginarekin bat egiten du: ikuspegi berrien garapena eta baliozkotzea sustatzea mikrobioak karakterizatzeko xedearekin, Osasun Publikoan eta Elikagaien Osasunean interesa duten eragile guztien -elikagaiak eta animalien eta gizakien osasuna kontrolatzeko laborategiak barne- esfortzuak koordinatuz.

Honela, elikagaiek transmititzen dituzten patogenoen zaintza epidemiologikoan genomika txertatu nahi duen arlo-arteko plataforma bat da INNUENDO eta ondokoak dira bere kideak: Helsinkiko Unibertsitatea, Lisboako Unibertsitatea, Euskal Herriko Unibertsitatea, Vienako Unibertsitatea eta THL-Finlandia, EVIRA-Finlandia, INSA-Portugal, BIOR-Letonia eta VFL- Estonia Erreferentziazko Zentro Nazionalak.

Proiektuaren xede nagusia da erreferentziazko marko estandarizatu bat eraikitzea genoma osoen sekuentziazio teknikak (WGS, Whole Genome Sequencing) bakterioetan erabili ahal izateko, zaintza epidemiologikoan eta elikagaiek transmititzen dituzten gaixotasunak nazioartean kontrolatzeko sisteman erabilia izan dadin. Horrek, elikagaiek transmititzen dituzten gaixotasunen nazioarteko agerraldi kasuak murriztuko lituzke.

Zehatzago esanda, funtsezkoa da Bioinformatikaren eta Genomika bakterianoren aitzinamenduak Osasun Publikoaren eta Elikagaien Mikrobiologiaren beharretara egokitzea. Datuak prozesatu eta integratzeko bioinformatika-egitura aurreratu bat eskura ez izateak WGSa aplikatzeko oztoporik handienetako bat izaten jarraitzen du. Mugatze horri aurre egiteko, partzuergoak bioinformatika arloko ezagutza egokiak dituzten bi kide hartzen ditu barnean (Lisboako Unibertsitatea eta Euskal Herriko Unibertsitatea), errendimendu altuko sekuentziazioko datuen analisiari eta mikrobioak tipifikatzeko erabilitako informatika erremintei dagokienean gehienbat. Halaber, proiektuaren buruak (Helsinkiko Unibertsitatea) eta partzuergoko beste zenbait kidek elikagaiek transmititzen dituzten patogeno ezberdinen (Campylobacter, Yersinia, E. coli eta Salmonella) biztanlerien genetika oso ondo ezagutzen dute eta ezagutza hori elikagaiek transmititzen dituzten infekzio-gaixotasunen zaintza epidemiologikoan aplikatu ahal izango diren gidalerroak zehaztu eta sustatzeko erabiliko dute.