Objetivos



Proporcionar a los alumnos sólidos conocimientos relacionados con los recursos bioinformáticos disponibles en Internet y las herramientas más utilizadas para extraer de manera rápida y eficaz toda la información que les pueda ser de utilidad.



Contenidos



1.- Ordenadores, sistemas operativos, Internet, TIC: Introducción. Definición de Bioinformática.

2.- Adquisición de datos: Secuenciación de genomas. Ensamblaje de secuencias. Secuenciación de proteínas.

3.- Bases de datos: GenBank-EMBL-DDBJ. UNIPROT. PROSITE. BLOCKS. PFAM. PDB.

4.- Anotación de bases de datos: Estructura de los registros. Tabla de características.

5.- Comparación de secuencias: Alineamiento de dos secuencias. Algoritmos de programación dinámica. Sistema de puntuación y significación estadística. Alineamiento múltiple de secuencias.

6.- Búsqueda de secuencias similares: BLAST. PSI-BLAST. Conservación de secuencias. Árboles filogenéticos.

7.- Herramientas de predicción: Predicción de genes. Predicción de elementos de estructura secundaria. Predicción de estructura terciaria.



Evaluación



La evaluación del trabajo del alumno se hace de forma continua. Para ello se valorará de forma ponderada cada uno de los diversos apartados metodológicos:



¿ Examen (oral, desarrollo o test) (60%)

¿ Trabajos individuales (seminarios) (10%)

¿ Trabajos en grupo (problemas) (10%)

¿ Trabajos relacionados con las clases prácticas (10%)

¿ Asistencia a clases prácticas (ordenador/laboratorio) (5%)

¿ Asistencia a los seminarios (5%)

Ordenadores, sistemas operativos, Internet, TIC Introducción. Definición de Bioinformática. Bases de datos. Internet. Herramientas bioinformáticas.

Adquisición de datos Las "ómicas". Secuenciación cíclica de DNA. Proyectos EST. Secuenciación de genomas. Ensamblaje de secuencias. Secuenciación de proteínas por el método de Edman. Formato de las secuencias

Bases de datos GenBank-EMBL-DDBJ. UNIPROT. PROSITE. BLOCKS. PFAM. PDB.

Anotación de bases de datos Estructura de los registros. Tabla de características. Estrategias de búsqueda.

Comparación de secuencias programación dinámica. Algoritmos heurísticos. Matrices de sustitución. Penalizaciones. Significación estadística. Alineamiento múltiple.

Búsqueda de secuencias similares BLAST. PSI-BLAST. Conservación de secuencias: Aminoácidos, patrones, motivos, dominios, perfiles. Árboles filogenéticos.

Herramientas de predicción Predicción de genes. Predicción de elementos de estructura secundaria. Predicción de estructura terciaria.

Evaluación



La evaluación del trabajo del alumno se hace de forma continua. Se valorará de forma específica y ponderada cada una de las diversas actividades docentes:



- Clases Magistrales: Examen (a elegir entre desarrollo o test)(55%). Imprescindible aprobarlo.

- Prácticas de Ordenador: Asistencia y trabajos individuales(25%)

- Seminarios: Asistencia, trabajos individuales, grado de participación(10%)

- Problemas: Asistencia, cuaderno, grado de participación(10%)

Para aprobar la asignatura será necesario aprobar el examen escrito (modalidad desarrollo o modalidad test). En caso de suspender el examen escrito, la puntuación obtenida en los demás apartados docentes se mantiene para las siguientes convocatorias.

Ordenador con conexión a Internet

Oinarrizko bibliografia

- Introducción a la bioinformática T. K. Attwood y D. J. Parry-Smith. Prentice Hall (2002)



- Bioinformatics for dummies (2nd edition) Jean-Michel Claverie y Cedric Notredame. Wiley Publishing Inc. (2007)

Gehiago sakontzeko bibliografia

- Bioinformatics. Sequence and genome analysis (2nd edition) David W. Mount. CSHL Press (2004) - Biological sequence analysis. Probabilistic models of proteins and nucleic acids. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh y G. Nitchison. Cambridge University Press (2006)

Aldizkariak

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