La asignatura esta dividida en dos módulos. En el primero de ellos, se desarrollan los conceptos de estabilidad y plegamiento de proteínas y su relación con procesos patológicos. También la respuesta celular ante situaciones potencialmente patológicas y las posibles terapias aplicables. En el segundo, se tratan de forma sistemática las interacciones entre distintas macromoléculas: proteínas, ácidos nucleicos y lípidos. Se describen los tipos de interacciones que permiten la formación de complejos estables entre las mismas y la regulación de su afinidad relativa. En el bloque de temas interacción proteína-ligando se describen conceptos básicos del diseño y optimización de inhibidores de proteínas. Al ser una asignatura que se imparte en el segundo cuatrimestre del último año del grado, utilizará el conocimiento general adquirido por el estudiante (estructura de proteínas, metabolismo, termodinámica...). Se intentará integrar estos conocimientos para darles una proyección aplicada.



Contenidos

Estabilidad conformacional de las proteínas. Plegamiento proteico. Patologías relacionadas con el plegamiento proteico. Interacciones proteína - ligando. Diseño de fármacos. Interacciones proteína ¿ proteína. Interacciones proteína - ácidos nucleicos. Interacciones proteína ¿ lípido. Ingeniería de estructuras. Diseño de funciones proteicas.



Sistema de Evaluación

La docencia magistral será evaluada mediante pruebas escritas tipo respuestas múltiples y preguntas cortas (50-65%). Así mismo re realizará un trabajo monográfico sobre un tema relacionado con la asignatura, que se expondrá en los seminarios (10-15%). Se valorarán también las actividades relacionadas con las prácticas de ordenador (20-25%)

1. Diseño de fármacos. Ciclo de diseño. Diseño racional y combinatorio. Especificidad, afinidad y adaptabilidad de un fármaco. Optimización de inhibidores.

2. Métodos computacionales para el diseño de fármacos (CADD). Molecular docking, cribado de librerías virtuales, LBDD, SBDD,QSAR, docking reverso. Reposicionamiento de fármacos.

3. Patologías conformacionales como diana. Plegamiento proteico. Estados nativo y desnaturalizado. El equilibrio de desnaturalización. Estabilidad termodinámica de proteínas. Medida de la estabilidad conformacional. Interacciones que contribuyen a la estabilidad de las proteínas e importancia relativa. Importancia de la flexibilidad en la funcionalidad proteica (proteínas intrínsecamente desordenadas). Experimento de Anfinsen. Paradoja de Levinthal. Las distintas etapas del plegamiento (intermediarios). Aspectos termodinámicos y cinéticos del plegamiento. Estados de transición e intermediarios. Implicaciones del plegamiento en distintos procesos fisiológicos y patológicos. Plegamiento proteico y patología El problema de la agregación proteica y las chaperonas. Chaperonas intra e intermoleculares. Patologías relacionadas con plegamiento defectuoso de proteínas: enfermedades amiloidogénicas. Características de las transiciones conformacionales asociadas a estas patologías (prión, transtirretina,..). Respuestas celulares al plegamiento defectuoso y agregación proteica. Chaperonas farmacológicas. Terapias actuales y crítica de las mismas.

4. Interacciones proteína, proteína. Naturaleza de las superficies de interacción. Diseño de fármacos. Proteínas intrínsecamente desordenadas. Mecanismos de interacción entre de proteínas.

5. Interacciones proteína-ácidos nucleicos. Interacciones proteína-ácidos nucleicos, ligandos que modulan funciones de ácidos nucleicos, estructuras alternativas como diana.

6. Interacciones lípido-proteína. Interacciones lípido-proteína, métodos para el estudio de interacciones lípido-proteína. Moduladores de las interacciones.

Clases teóricas, defensa y crítica de artículos de investigación representativos de la materia impartida en grupos de cuatro alumnos, prácticas de aula y prácticas de ordenador.

EVALUACIÓN CONTINUA



- Prácticas de ordenador individuales (10%)

- Resolución de problemas propuestos en clase (10%)

- Trabajo monográfico sobre un tema relacionado con la asignatura, que se expondrá en grupo (10%).

- Examen escrito (70%)



Para hacer la media en base a estos porcentajes es necesario obtener en el examen escrito más de un 5.



El alumnado que no quiera participar en la evaluación continua podrá renunciar a ella oficialmente mediante un escrito dirigido al profesorado responsable, que deberá entregar en un plazo máximo de 9 semanas lectivas desde el comienzo del cuatrimestre.



EVALUACIÓN FINAL



En la evaluación final el examen escrito computará por el 100% de la nota. Este examen podrá incluir ejercicios o cuestiones adicionales correspondientes a las actividades complementarias realizadas en la evaluación continua.



RENUNCIA EVALUACIÓN CONTINUA



En el caso de evaluación continua, el alumnado podrá renunciar a la convocatoria en un plazo que, como mínimo, será hasta un mes antes de la fecha de finalización del periodo docente de la asignatura. Esta renuncia deberá presentarse por escrito ante el profesorado responsable de la asignatura.



RENUNCIA EVALUACIÓN FINAL



La no presentación a la prueba fijada en la fecha oficial de exámenes supondrá la renuncia automática a la convocatoria correspondiente.

No existe un libro de texto que reúna todos los temas de la asignatura, el alumno puede consultar las publicaciones científicas que se explicarán en las clases magistrales.

Oinarrizko bibliografia

-Creighton, T.E. "Protein Structure. A practical Approach". IRL Press, 1990.

-Branden, C. y Tooze, J. "Introduction to protein structure". 2nd Edition. Garland Publishing, 1999.

-Creighton, T. E. "Proteins. Structures and molecular properties". W. H. Freeman & Co., 1994.

Gehiago sakontzeko bibliografia

-Fersht, A. "Structure and mechanism in protein chemistry". W.H. Freeman & Co., 1999.
-Lesk, A. M. "Introduction to protein architecture". Oxford University Press, 2000.
-Gómez-Moreno, C y Sancho J. (coords.) "Estructura de proteínas". Ariel Ciencia, 2003.

Aldizkariak

Revisiones sobre los temas tratados en la asignatura que se publiquen en revistas especializadas.