Irakasgai hau landuta ikasleak bereganatu behar dituen konpetentziak ondorengoak dira:



1.- Ordenagailu, sistema eragile, internet eta informazioaren eta komunikazioaren teknologiekin trebatzea.



2.- Molekulen datu base desberdinak maneiatzeko gai izan bai datuak sartu zein informazioa modu azkar eta eraginkorrean ateratzeko.



3.- Proteina eta azido nukleiko sekuentziak analizatzeko gai izan hauetatik ahal den informazio kantitate handiena ateratzeko.



4.- Sekuentziak alderatzeko gai izan bai homologia erlazioak ezartzeko zein patroi, motibo edo domeinu kontserbatuak identifikatzeko.



5.- Hiru dimentsiotako estrukturak programa egokiekin ikusteko gai izan estruktura-funtzio erlazioak hobeto ulertzeko.



6.- Iragarpen erremintak (estruktura zein funtzioa) erabiltzeko gai izan lortutako emaitzak modu kritikoan ebaluatzeko ahalmena izanik.



7.- Bere aktibitate profesionalaren funtsezko alderdiak bere alorreko (edo antzekoak) beste profesionalei zein espezializatu gabeko publiko bateri komunikatzeko gai izan.

1.- EDUKI TEORIKOA



50 minututako 30 klase erabiliko dira ondorengo gai-zerrenda azaltzeko:





I ATALA- SARRERA



1. gaia- Sarrera. Bioinformatikaren definizioa. Internet. Informazioaren teoria. Sekuentzia biologikoak. Sekuentzia biologikoen modelo matematikoak.





II ATALA- SEKUENTZIEN EBAZPENA



2. gaia- Azido nukleikoen sekuentziazio metodoak. Genomen sekuentziazioa. Genomika. Giza Genoma Proiektua. Bilatzaile genomikoak. Transkriptomika. DNA txipak.



3. Proteinen sekuentziazio metodoak. Proteomika.





III. ATALA- SEKUENTZIEN ANOTAZIOA ETA DATU BASE PRIMARIOAK



4. gaia- DNA sekuentzien analisia. Sekuentzien formatua. Geneen lokalizazioa. Elementu erregulatzaileen lokalizazioa. Sekuentzia kodetzaileen lokalizazioa. Exoien lokalizazioa. Puntu diagrama (dot plot).



5. gaia- Azido nukleikoen datu-baseak. GenBank-EMBL-DDBJ: Erregistroen egitura. Ezaugarrien taula. Bilaketa estrategiak. Datu-base genomikoak: Erregistroen egitura. Bilaketa estrategiak. EST datu-baseak.



6. gaia- Proteina sekuentzia baten analisia. Parametro fisiko-kimikoen zehaztea. Proteasen mozketa puntuak. Aldaketa postranskripzionalen guneak. Seinale sekuentziak. Profil hidrofobikoa eta eremu transmitzak.



7. gaia- Proteinen datu-baseak. UNIPROT. Erregistroen egiturak. Ezaugarrien taula. Bilaketa estrategiak.





IV. ATALA- SEKUENTZIEN ANALISIA



8. gaia- Sekuentzien konparaketa. Sekuentzia homologoak (ortologo, paralogo eta xenologoak). Lerrokatze motak. Puntuazio sistemak. Ordezkapen-matrizeak (PAM, BLOSUM). Penalizazioak. Esangura estatistikoa.



9. gaia- Bi sekuentzien lerrokatzea. Indar Gordinaren (“Fuerza Bruta”) algoritmoa. Puntu diagrama (dot plot). Programazio dinamikoaren algoritmoa. Lerrokatze globalak (Needleman-Wunsch). Lerrokatze lokalak (Smith-Waterman). Algoritmo heuristikoak: FASTA eta BLAST.



10. gaia- Sekuentzien bilaketa datu-baseetan. NCBI-ren BLAST tresna. Programaren aldaerak. Emaitzen analisia.



11. gaia- Sekuentzia anitzen lerrokatzea (multiple sequence alignment, MSA). Programazio dinamikoaren algoritmoak. Algoritmo heuristikoak (progresiboak, iteratiboak eta probabilitatezkoak). Lerrokatzeen edizioa Jalview eta Boxshade programak erabiliz.



12. gaia- MSA-en analisia. Motibo lokal kontserbatuak: motiboak, patroiak, arauak, hatzmarkak, blokeak, profilak, Markov-en ezkutuko modeloak. Datu base sekundarioak. PROSITE. Erregistroen egiturak. PRINTS. Erregistroen egiturak. PFAM. Erregistroen egiturak. INTERPRO.





Denboraren arabera:



V. ATALA- ESTRUKTURA BIOINFORMATIKA



13. gaia- Estruktura iragarpena. Estruktura sekundarioko elementuen iragarpena. Estruktura tertziarioaren aurreikuspena.





2.- ORDENAGAILU PRAKTIKAK



Jardute praktiko hauek burutzeko 4 ordutako 5 saio egingo dira.



1.- Nukleotido sekuentzien datu base primarioak (GenBank).

2.- Proteina sekuentzien datu base primarioak (Uniprot-KB).

3.- Sekuentzia biologikoen analisi estatistikoa.

4.- Sekuentzia homologoen bilaketa (BLAST - PSI-BLAST) eta sekuentzien lerrokatze anizkoitza (CLUSTALW, T-COFFEE, MUSCLE).

5.- Praktika integratua/Programazioa.





3.- GELAKO PRAKTIKAK



50 minututako 3-4 saio erabiliko dira ariketa mota desberdinak lantzeko:



1.- Sekuentzien analisiak.

2.- Posizioaren puntuazio espezifikoko matrizeak (PSSM).

3.- Sekuentzien lerrokatzea programazio dinamikoko algoritmoen bidez.





4.- MINTEGIAK



Taldeka landutako gairen baten inguruko mintegiak aurkezteko aukera planteatzen da.

Eskola magistralak (30 ordu presentzial eta 45 ordu ez presentzial)



Ikasgelan irakatsiko dira. Oinarrian Power Point aurkezpenak izango dira, baita bideoren bat ere.





Gelako praktikak (3-4 ordu presentzial eta 7,5 ordu ez presentzial)



Ikasgelan irakatsiko dira eta teorian azaldutako ariketa mota desberdinak egiteko erabiliko dira.





Ordenagailu praktikak (20 ordu presentzial eta 30 ordu ez-presentzial)



Ordenagailu geletan burutuko dira eta oinarria interneten eskuragarri dauden baliabide desberdinak erabiltzea izango da teorian azaldutako gai desberdinekin erlazionatuta dauden hainbat ariketa praktiko betetzeko.





Mintegiak (5 ordu presentzial eta 7,5 ordu ez-presentzial)



Ikasgelan emango dira. Landutako gairen baten inguruko mintegiak aurkezteko aukera planteatzen da.

Ikasgaiaren ebaluazioa modu mistoan egingo da: lauhilekoan zehar emango den ebaluazio jarraia eta azterketa baten bidez burutuko den azken ebaluazioa. Ondorengo irizpideak jarraituko dira:



1.- Azterketa (%60): azterketa test, galdera orokor eta ariketekin osatua egongo da. Irakasgaia gainditu ahal izateko derrigorrezkoa izango da idatzizko azterketa gainditzea. Azterketa ez gainditzekotan, beste irakaskuntza atal guztietan lortutako puntuazioak ondorengo deialdietarako gordeko dira.



2.- Ordenagailu praktikak (%20): etortzea eta bakarkako/talde lanak entregatzea derrigorrezkoa da. Gainditzea nahitaezkoa.



3.- Gelako praktikak (%10): etortzea eta bakarkako lanak entregatzea derrigorrezkoa da. Gainditzea nahitaezkoa.



4.- Mintegiak (%10): etortzea eta bakarkako/talde lanak entregatzea derrigorrezkoa da. Gainditzea nahitaezkoa.



Edozein modutan, ikasleak azken ebaluazio sistemaren bidez ebaluatua izateko eskubidea edukiko du. Honetarako, ikasleak idatziz aurkeztu beharko dio irakasle arduradunari ebaluazio jarraiari uko egiteko nahia irakasgaia hasi eta 9 astetako epemugan.



Ikasleak deialdiari uko egiteko eskubidea edukiko du. Honetarako, ikasleak idatziz aurkeztu beharko dio irakasle arduradunari lauhilekoa bukatu baino hilabete bat lehenagoko epemugan.



Deialdiari uko egiteak ez aurkeztua kalifikazioa suposatuko du.



ERANSKIN



Ebaluazio ez-presentzialerako aukera



Osasun-baldintzek ebaluazio presentziala egitea eragozten badu, ebaluazio ez-presentzial bat aktibatuko da, eta horren berri jakin bezain laister ikasleei emango zaie.

Internetera konexioa daukan ordenagailua.
Eskura jarritako irakaskuntza materiala.

Oinarrizko bibliografia

Oinarrizko bibliografía



- Understanding bioinformatics. Marketa Zvelebil and Jeremy O. Baum. Garland Science (2008).

- Bioinformatics and Functional Genomics (3rd edition). Jonathan Pevsner. Wiley Blackwell (2015).

- Bioinformatics. Sequence and genome analysis. (2nd edition) David W. Mount. CSHL Press (2004).

- Essential bioinformatics. Jin Xiong. Cambridge University Press (2006).

- Bioinformatics for dummies (2nd edition) Jean-Michel Claverie y Cedric Notredame. Wiley Publishing Inc. (2007).

- Introducción a la bioinformática. T. K. Attwood y D. J. Parry-Smith. Prentice Hall (2004).

Gehiago sakontzeko bibliografia

Gehiago sakontzeko bibliografía

- Biological sequence analysis. Probabilistic models of proteins and nucleic acids. R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh y G. Nitchison. Cambridge University Press (2006).
- Introduction to computational genomics. Nello Cristianini and Matthew W. Hahn. Cambridge University Press (2007).

Aldizkariak

Bioinformatics.
Database
Nucleic Acid Research (Database issue)