Ikasleak irakasgaia gaindituz gero lortuko dituen ezagutzak eta gaitasunak:

1. Genomikaren oinarriak ezagutu eta genomaren anotazio prozesuaren urratsak menperatuko ditu. (T8)

2. Arazo biologiko bakoitzarentzat, genomikaren hurbilketa metodologiko egokienak ezagutu eta aplikatzen jakingo du, animalia, landare, birus, nahiz mikrobioma genomen azterketei doitutako analisi genomiko egokiak. (T2; T6)

3. Ulertu egingo ditu anotazio prozesuaren konplexutasunak eta mugak; eta horiek gainditzeko estrategia desberdinak ezagutuko ditu. (T6)

4. Genomaren anotaziorako garatzen diren tresna bioinformatikoak erabiltzen jakingo du. (T2; T20)

5. Genomikako ikerketen artikuluak irakurtzen jakingo du. Prozedura desberdinak erabiltzen dituzten artikuluak kritikoki irakurtzen jakingo du, lan fluxu bakoitzaren arrazoiak ulertzeko. Artikuluen eta lanen irakurketa kritiko egiteko gaitasuna du. (T4; T20; T24)

6. Emaitzen aurkezpen grafiko desberdinak ezagutu eta web orrialde baten bidez datuen aurkezpena egiten jakingo du.(T22)

Gaitasun/irakasgaiaren ikastearen emaitzak Biokimika eta Biologia molekularreko graduko ondoko gaitasunekin lerrokatzen dira:

• T2. Ikaskuntza autonomoa eta egoera berrietara egokitzeko ahalmena garatzea.

• T6. Sortzeko eta ekiteko gaitasuna garatzea: proiektuak formulatu, diseinatu eta kudeatzea, eta jakintza eta jarrera berriak bilatu eta integratzea.

• T8. Molekula biologikoen portaera, propietateak eta interakzioak ulertzeko beharrezkoak diren oinarri zientifikoak ezagutzea.

• T20. Arloaren berezko datu eta emaitza esperimentalak behar bezala aztertu eta interpretatzea.

• T22. Zientzialariek informazio zientifikoa sortu, transmititu eta zabaltzeko erabili ohi dituzten prozedurak ezagutzea.

• T24. Arloko literatura zientifikoa interpretatu eta ebaluatzea.



Irakasgaiko gaitasunak fakultateko zeharkako gaitasunekin lerrokatzen dira ere.

Bereziki ”Talde lana”, “Sormen eta ekintzaile gaitasunekin” eta “Autonomia eta erantzukizunak” gaitasunekin. (https://www.ehu.eus/eu/web/ztf-fct/competencias-transversales)

GENOMA PROEIKTUAK, EGITURA ETA HELBURUAK



1. Genomikaren oinarrizko helburuak. Genomak mapatzen. Mapa genetikoak. Mapa fisikoak

2. Giza genoma proiektua. Historia. Gaur egungo giza genomaren egoera. Interneteko balibideak

3. Animalien genomen proiektuak. Rodentia. Beste ornodunak. Ornogabeen genoma proiektuak

4. Landareen genomak: Arabidopsis taliana. Lekaleak. Beste landareak

5. Mikrobioen genoma proiektuak. Mikrobioen genomen sekuentziazioa. Legamien genomak. Parasitoen genomak. Gutxieneko genomaren kontzeptua. Metagenomika eta ingurune genomika.



GENOMEN SEKUENTZIAZIOA ETA ANOTAZIOA



6. Sekuetzaizio automatikoa. Sanger metodoa. Ekoizpen handiko sekuentziazioa. Kontigs-en elkarketa.

7. Sekuentziazio hierarkikoa, Shotgun. Sekuentzien berrikusketa.

8. Geneen lokalizazioa. Gene bilaketa: modu extrinsekoak, intrintzekoak eta integratuak. Gene lokalizazioa izaki prokariotoetan. ORF bilaketa. Gene bilaketa izaki eukariotoetan. RNA gene funtziodunen bilaketa.

9. Genomika konparatiboa. Homologia bidezko sekuentzien elkarketa. Gene ortologoak. Filogeniak.

10. Gene funtzioen finkapena. Geneen funtzioen azterketa informatikoa. Gene Ontologia. Funtzieon finkapena analisi esperimentalak kontutan izanik. Anotazioak. Genomen konparaketa.

11. Sekuentzia erregulatzaileen identifikazioa, proteinak kodetzen ez dituzten beste geneak

12. Genomen analisietatik lortutako ondorioak. Zelula bakarreko genomen azterketa. Izaki plurizelularren azterketa.



ALDAKORTASUN GENOMIKOAREN AZTERKETA



13. Aldakortasun genetikoa. Markatzaile motak: SNPak eta kopia kopuruan aldaketak (CNV). Aldakortasunaren izaera. Sailkapena eta banaketa. Lotura desoreka eta mapa haplotipikoak

14. Teknologia. SNP berriak bilatzen. SNPak genotipatzen. Bersekuentziazioa. CNV azterketa

15. Genomen azterketen ondorioak . SNPak eta gaixotasun konplexuak. Diagnostikoa, pronostikoa eta farmakogenomika. SNPen analisiari alternatiba CNV analisien aplikazioa



Adierazpen genomikoaren azterketa. Transkriptomika.



16. Adierazpen mikroarraien analisia. Motak eta metodoak. Diseinu esperimentala. Analisi estatistikoak. Datuen mehatzegintza

17. Arraien emaitzen balioztatzea. Banakako geneen azterketa (Western, Q-PCR,..) Adierazpen data baseak.

18. Mikroarraien beste erabilpenak. Kromatin IP, Tiling arrai, siRNA arraia,…

19. Transkriptomikaren ondoriak. Mikroarraiak eta gaixotasun konplexuak: adibideak. Diagnostikoa, pronostikoa eta farmakogenomika.



Praktika egitaraua



1. Sekuentzien lerrokatzea

2. ORF bilaketa eta gene bilaketa (Homologia azterketa)

3. SNP bilaketa eta analisia

4. Genomaren azterketa orokorra

5. Transkriptomika

Irakasgaiaren metodologia ikaslearen parte hartzean oinarritzen da irakasgaia aurrera eramateko. Ikaslearekin interakzioa bilatuko da, atal zehatzen inguruan galderak eginez, bai klase osoari zuzenduta, edo banakakoei zuzenduta.

Klase magistraletan ikasleren azalpenak aparte, artikulu zientifikoen irakurketa eta analisia egingo da. Ikasleak kurtsoan zehar gutxienez 5 artikulu zientifiko irakurri eta aztertu beharko ditu banaka edo taldeka.



Ikerketa proiektua : Genoma proiektua: Ikasleak mihiztatu eta anotatu egin beharko du genoma eukariota bat.

Ikerketa proiektua gidatua izango da, baina talde bakoitzak bide desberdinak har ditzakeenez genomaren azterketan, talde bakoitzak bere bidea eta erritmoak izango ditu lana burutzeko. Talde bakoitzak genoma desberdin bat du, nabardura bereziekin. Beraz, ez dago lan fluxu bakar bat, talde bakoitzak bere bidea hartu dezake, metodologia eta software bereziak erabiliz eta abar. Arazo berari aurre egiteko aukera eta estrategia desberdinak daude.



Irakasleak gida lan bat egingo du, baina ez ditu protokoloak emango. Lan sesio bakoitzerako erronka edo mugarri bat jarriko zaie taldeei eta talde bakoitzak erronka hartu eta gainditu beharko du. Taldearen ardura da, erronka horri aurre egiteko lan tresna eta lan fluxua egokiak aurkitzea. Irakasleak taldeak arazoak dituenean laguntza emango du, software eta prozesuak azalduz, bideak erakutziz eta abar.

Irakasleak ziurtatuko du talde bakoitzak erronka aurrera eramaten duela eta ez du utziko talderik gidaritzarik gabe.

Erronka gainditzen denaren adierazle bezala ikasleak txosten txiki bat eman beharko dio irakasleari, (200 hitz gehienez) saio bakoitzeko erronken emaitzekin. Irakasleak feedback-a emango die erronka gainditu duen edo ez azalduz, ahulguneak eta indarguneak adieraziz.

10. asterako ikasleek erronka guztien emaitzak izango dituzte, eta hortik, eta ikastaroa bukatu arte, eztabaida eta aurkezpena lantzeko 5 aste izango dituzte. Tarte honetan talde bakoitzak 2 tutoretza izango ditu irakasleari lanaren nondik norakoak azaltzeko.

Artikuluen irakurketa

Artikuluak norberak irakurri behar ditu, 10 ideia nagusi azpimarratu eta gero taldean adostu 10 ideia horiek. Klasean taldearen ideia horien aukeraketa eta defentza eginten da. Talde desberdinek bere ideiak azaltzen dituzte eta ideia guztiekin artikulua azpimarratu egiten da. Azpimarratutako ideia bakoitzaren zergaitia klasean azaltzen da. Irakasleak artikuluen irakurketa kritiko egiten laguntzen du, balioztatuz edo ezeztatuz azpimarratutako ideiak.

Idatzizko azterketa azken notaren %50a, eta talde lana beste %50a. Azterketan eta Lanean gutxienez 4 bat lortu behar da irakasgaia gainditzeko.

-

Oinarrizko bibliografia

Greg Gibson, Spencer V. Muse (2009) A primer genome science 3rd edition. Editorial Sinauer

Pierce, B.A. Genetics Essentials: Concepts and Connections. 2015 (3rd Ed.). W. H. Freeman and Co. ISBN: 1464190755

Gehiago sakontzeko bibliografia

Terry A. Brown, Ed Panamericana (2008) Genomas. 3º Edición
Malcolm Campbell, Laurie J. Heyer (2006) Discovering Genomics, Proteomics, and Bioinformatics. Editorial Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2ª edición
Reece R.J. (2004) Analysis of Genes and Genomes Ed. Wiley

Aldizkariak

Nature
Science
Nature Review Genetics
Genomics