Archivo por meses: octubre 2010

Acceso

Cómo obtener cuenta

Los clusters se encuentran accesibles a todos los investigadores de la UPV/EHU que para conectarse deben de solicitar una cuenta, empresas y otras entidades contactar con los técnicos. No obstante, para utilizar los nodos de cálculo es necesario también solicitar tiempo de cálculo que será facuturado. Se evaluarán las peticiones y asignarán los recursos. La tarifas se encuentran en [intlink id=»28″ type=»category»]este link[/intlink]. El cluster [intlink id=»120″ type=»post»]Pendulo[/intlink] es de uso gratuito y no es necesario la solicitud de tiempo de cálculo.

Cómo conectarse

Para conectarse al servidor es necesario usar un cliente ssh. En máquinas con sistema operativo Windows/Mac(sin OSX) usar un programa tipo (Secure Shell, putty). Para poder exportar las ventanas de aplicaciones gráficas es necesaria una herramienta auxiliar, por ejemplo Xwin32 (consultar al CIDIR sobre las licencias o para instalarlo, ext 15-4400), Cygwin o X2GO.

En máquinas con sistema operativo Unix/Linux (también Mac OSX) simplemente usar desde un terminal:

ssh -X usuario@katramila.lgp.ehu.es

ssh -X usuario@kalk2017.lgp.ehu.es

Aplicaciones gráficas

El flag -X de la sección anterior nos permitirá ejecutar aplicaciones gráficas en Linux o OSX.

Para utilizar herramientas gráficas como StarCD, StarCCM+, ADF, Maestro, ECCE, … es recomedable usar X2GO tanto en Windows como en Linux, ya que estás irán mucho más rápido. La instalación es sencilla,únicamente debéis tener en cuenta la elección del servidor Guinness, Katramila o Péndulo y seleccionar tipo de sesión «Aplicación» y comando «Terminal» en las preferencias de sesión.

Software de desarrollo

Compiladores y versiones instaladas en las diferentes arquitecturas.

Compiladores

Xeon
Itanium Opteron
Pendulo
GNU ok ok ok ok
[intlink id=»454″ type=»post»]Intel[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»3664″ type=»post»]Portlan (PGI)[/intlink] 10.9 10.9
[intlink id=»3672″ type=»post»]Cuda[/intlink] 3.2
Java Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode)OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode) Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM(build 14.0-b16, mixed mode)
[intlink id=»5434″ type=»post»]HMPP[/intlink] ok

MPI

Xeon
Itanium
Opteron Pendulo
[intlink id=»459″ type=»post»]HP-MPI[/intlink] ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]Bull-MPI[/intlink] ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]Intel MPI[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]Openmpi [/intlink] ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]mvapich2 1.4.1 [/intlink] ok

Librerías

Xeon Itanium
Opteron Pendulo
[intlink id=»447″ type=»post»]Intel MKL[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»462″ type=»post»] FFTW[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»3775″ type=»post»] GSL[/intlink] ok ok ok ok

Software de Cálculo

 

DL

Quantum Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»573″ type=»post»]Abinit[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»1591″ type=»post»]ADF[/intlink] 2017.110 2017.110 1017.110
[intlink id=»1673″ type=»post»]BigDFT[/intlink] ok ok
[intlink id=»1951″ type=»post»]Casino 2.4[/intlink] ok
[intlink id=»1543″ type=»post»]Dirac 08[/intlink] ok
[intlink id=»591″ type=»post»]Espresso[/intlink] ok ok
[intlink id=»1563″ type=»post»]Gamess Jan 2009 [/intlink] ok
[intlink id=»12″ type=»post»]Gaussian 03 & 09[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»467″ type=»post»]Jaguar[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»1889″ type=»post»]MIKA .81[/intlink] ok
[intlink id=»2077″ type=»post»]NBO 5[/intlink] ok
[intlink id=»100″ type=»post»]NWChem 6.3 [/intlink] ok ok
[intlink id=»4228″ type=»post»]Orca 3.0.3 [/intlink] ok ok
[intlink id=»8843″ type=»post»]PSI4[/intlink] ok ok
[intlink id=»8081″ type=»post»]Qbox[/intlink] ok ok
[intlink id=»106″ type=»post»]Qsite[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»2404″ type=»post»]Siesta 2.0.1[/intlink] ok
[intlink id=»2404″ type=»post»]Siesta 3.0[/intlink] ok
[intlink id=»39″ type=»post»]TB-LMTO 4.6 [/intlink] ok
[intlink id=»3849″ type=»post»]Terachem [/intlink] ok
[intlink id=»4689″ type=»post»]Turbomole 6.6 [/intlink] ok ok
[intlink id=»98″ type=»post»]VASP[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»1637″ type=»post»]Wien2K[/intlink] ok ok
[intlink id=»1655″ type=»post»]Yambo 3.2.2 [/intlink] ok ok

BioChemistry / Molecular Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»1969″ type=»post»]Amber[/intlink] ok ok
[intlink id=»2031″ type=»post»]DL_POLY [/intlink] ok ok
[intlink id=»1989″ type=»post»]Gromacs[/intlink] ok ok
[intlink id=»5753″ type=»post»]GULP 4.0[/intlink] ok
[intlink id=»5707″ type=»post»]LAMMPS[/intlink] ok
[intlink id=»2065″ type=»post»]Macromodel[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»2011″ type=»post»]NAMD 2.6 [/intlink] ok
[intlink id=»5803″ type=»post»] Towhee 7.0.2 [/intlink] ok

Matemática y Gráficos

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»1397″ type=»post»] Coin-or [/intlink] ok ok
[intlink id=»5232″ type=»post»] CPLEX [/intlink] ok ok
[intlink id=»1363″ type=»post»]Grace 5.1.19 [/intlink] ok ok ok
[intlink id=»598″ type=»post»]Mathematica[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»600″ type=»post»]Matlab[/intlink] ok ok
[intlink id=»1371″ type=»post»]Matplotlib[/intlink] ok
[intlink id=»612″ type=»post»]Octave 3.2.3 [/intlink] ok
[intlink id=»612″ type=»post»]Octave 3.2.4 [/intlink] ok
[intlink id=»8631″ type=»post»]R, RCommander y RStudio[/intlink] 3.3.3 3.3.2 3.3.3
[intlink id=»606″ type=»post»]Scilab 5.1.1 [/intlink]
[intlink id=»606″ type=»post»]Scilab 5.2.2 [/intlink] ok

Genética

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»6111″ type=»post»]ABySS[/intlink] ok
[intlink id=»1477″ type=»post»]BEAST[/intlink] ok ok
[intlink id=»6005″ type=»post»]BLAST [/intlink] ok
[intlink id=»1493″ type=»post»]Blast2Go [/intlink] ok
[intlink id=»6101″ type=»post»]Clean_reads[/intlink] ok
[intlink id=»5889″ type=»post»]CLUMPP [/intlink] ok
[intlink id=»7668″ type=»post»] Cufflinks [/intlink] ok
[intlink id=»5915″ type=»post»]Genepop[/intlink] ok
[intlink id=»8051″ type=»post»]IDBA-UD[/intlink] ok ok
[intlink id=»7967″ type=»post»]MetAMOS[/intlink] ok
[intlink id=»1495″ type=»post»]mpiBLAST [/intlink] ok
[intlink id=»7686″ type=»post»]QIIME[/intlink] ok
[intlink id=»8019″ type=»post»]SPAdes[/intlink] ok ok
[intlink id=»5855″ type=»post»]structure [/intlink] ok
[intlink id=»7660″ type=»post»]TopHat [/intlink] ok
[intlink id=»7071″ type=»post»]Trinity[/intlink] ok
[intlink id=»7700″ type=»post»]USEARCH[/intlink] ok
[intlink id=»6055″ type=»post»]Velvet[/intlink] ok

Software de Visualización

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»5362″ type=»post»] Gaussview[/intlink] ok
[intlink id=»3528″ type=»post»] Maestro [/intlink] ok ok
[intlink id=»1275″ type=»post»] Molden[/intlink] ok ok
[intlink id=»1229″ type=»post»] NX client[/intlink] ok ok
[intlink id=»1353″ type=»post»] P4VASP [/intlink] ok ok
x2Go ok ok
[intlink id=»5514″ type=»post»] XCrysDen [/intlink] ok
[intlink id=»1261″ type=»post»] Xmakemol [/intlink] ok ok
[intlink id=»3550″ type=»post»] VMD [/intlink] ok ok

Otro Software

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»1389″ type=»post»] GAP 4.4 [/intlink] ok
[intlink id=»5471″ type=»post»] Gretl [/intlink] ok
[intlink id=»1379″ type=»post»] HTK 3.4.1 [/intlink]
[intlink id=»1871″ type=»post»] NCL-NCAR [/intlink] ok
[intlink id=»1581″ type=»post»] OOMMF [/intlink] ok ok
[intlink id=»6864″ type=»post»] PHENIX [/intlink] ok
[intlink id=»8516″ type=»post»] SCIPION[/intlink] ok
[intlink id=»576″ type=»post»] STAR-CCM+ [/intlink] ok ok ok
[intlink id=»1875″ type=»post»] WRF 3.1 [/intlink] ok