Archivo por meses: octubre 2010

Acceso

Cómo obtener cuenta

Los clusters se encuentran accesibles a todos los investigadores de la UPV/EHU que para conectarse deben de solicitar una cuenta, empresas y otras entidades contactar con los técnicos. No obstante, para utilizar los nodos de cálculo es necesario también solicitar tiempo de cálculo que será facuturado. Se evaluarán las peticiones y asignarán los recursos. La tarifas se encuentran en [intlink id=»28″ type=»category»]este link[/intlink]. El cluster [intlink id=»120″ type=»post»]Pendulo[/intlink] es de uso gratuito y no es necesario la solicitud de tiempo de cálculo.

Ver la página en inglés.

Software de desarrollo

Compiladores y versiones instaladas en las diferentes arquitecturas.

Compiladores

Xeon
Itanium Opteron
Pendulo
GNU ok ok ok ok
[intlink id=»454″ type=»post»]Intel[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»3664″ type=»post»]Portlan (PGI)[/intlink] 10.9 10.9
[intlink id=»3672″ type=»post»]Cuda[/intlink] 3.2
Java Java HotSpot(TM) Server VM (build 1.6.0_03-b05, mixed mode)OpenJDK 64-Bit Server VM (build 14.0-b16, mixed mode) Java JRockit(R) (build R27.6.3-40) Java Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM(build 14.0-b16, mixed mode)
[intlink id=»5434″ type=»post»]HMPP[/intlink] ok

MPI

Xeon
Itanium
Opteron Pendulo
[intlink id=»459″ type=»post»]HP-MPI[/intlink] ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]Bull-MPI[/intlink] ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]Intel MPI[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]Openmpi [/intlink] ok ok
[intlink id=»459″ type=»post»]mvapich2 1.4.1 [/intlink] ok

Librerías

Xeon Itanium
Opteron Pendulo
[intlink id=»447″ type=»post»]Intel MKL[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»462″ type=»post»] FFTW[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»3775″ type=»post»] GSL[/intlink] ok ok ok ok

Software de Cálculo

 

DL

Quantum Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»573″ type=»post»]Abinit[/intlink] ok ok ok ok
[intlink id=»1591″ type=»post»]ADF[/intlink] 2017.110 2017.110 1017.110
[intlink id=»1673″ type=»post»]BigDFT[/intlink] ok ok
[intlink id=»1951″ type=»post»]Casino 2.4[/intlink] ok
[intlink id=»1543″ type=»post»]Dirac 08[/intlink] ok
[intlink id=»591″ type=»post»]Espresso[/intlink] ok ok
[intlink id=»1563″ type=»post»]Gamess Jan 2009 [/intlink] ok
[intlink id=»12″ type=»post»]Gaussian 03 & 09[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»467″ type=»post»]Jaguar[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»1889″ type=»post»]MIKA .81[/intlink] ok
[intlink id=»2077″ type=»post»]NBO 5[/intlink] ok
[intlink id=»100″ type=»post»]NWChem 6.3 [/intlink] ok ok
[intlink id=»4228″ type=»post»]Orca 3.0.3 [/intlink] ok ok
[intlink id=»8843″ type=»post»]PSI4[/intlink] ok ok
[intlink id=»8081″ type=»post»]Qbox[/intlink] ok ok
[intlink id=»106″ type=»post»]Qsite[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»2404″ type=»post»]Siesta 2.0.1[/intlink] ok
[intlink id=»2404″ type=»post»]Siesta 3.0[/intlink] ok
[intlink id=»39″ type=»post»]TB-LMTO 4.6 [/intlink] ok
[intlink id=»3849″ type=»post»]Terachem [/intlink] ok
[intlink id=»4689″ type=»post»]Turbomole 6.6 [/intlink] ok ok
[intlink id=»98″ type=»post»]VASP[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»1637″ type=»post»]Wien2K[/intlink] ok ok
[intlink id=»1655″ type=»post»]Yambo 3.2.2 [/intlink] ok ok

BioChemistry / Molecular Mechanics

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»1969″ type=»post»]Amber[/intlink] ok ok
[intlink id=»2031″ type=»post»]DL_POLY [/intlink] ok ok
[intlink id=»1989″ type=»post»]Gromacs[/intlink] ok ok
[intlink id=»5753″ type=»post»]GULP 4.0[/intlink] ok
[intlink id=»5707″ type=»post»]LAMMPS[/intlink] ok
[intlink id=»2065″ type=»post»]Macromodel[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»2011″ type=»post»]NAMD 2.6 [/intlink] ok
[intlink id=»5803″ type=»post»] Towhee 7.0.2 [/intlink] ok

Matemática y Gráficos

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»1397″ type=»post»] Coin-or [/intlink] ok ok
[intlink id=»5232″ type=»post»] CPLEX [/intlink] ok ok
[intlink id=»1363″ type=»post»]Grace 5.1.19 [/intlink] ok ok ok
[intlink id=»598″ type=»post»]Mathematica[/intlink] ok ok ok
[intlink id=»600″ type=»post»]Matlab[/intlink] ok ok
[intlink id=»1371″ type=»post»]Matplotlib[/intlink] ok
[intlink id=»612″ type=»post»]Octave 3.2.3 [/intlink] ok
[intlink id=»612″ type=»post»]Octave 3.2.4 [/intlink] ok
[intlink id=»8631″ type=»post»]R, RCommander y RStudio[/intlink] 3.3.3 3.3.2 3.3.3
[intlink id=»606″ type=»post»]Scilab 5.1.1 [/intlink]
[intlink id=»606″ type=»post»]Scilab 5.2.2 [/intlink] ok

Genética

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»6111″ type=»post»]ABySS[/intlink] ok
[intlink id=»1477″ type=»post»]BEAST[/intlink] ok ok
[intlink id=»6005″ type=»post»]BLAST [/intlink] ok
[intlink id=»1493″ type=»post»]Blast2Go [/intlink] ok
[intlink id=»6101″ type=»post»]Clean_reads[/intlink] ok
[intlink id=»5889″ type=»post»]CLUMPP [/intlink] ok
[intlink id=»7668″ type=»post»] Cufflinks [/intlink] ok
[intlink id=»5915″ type=»post»]Genepop[/intlink] ok
[intlink id=»8051″ type=»post»]IDBA-UD[/intlink] ok ok
[intlink id=»7967″ type=»post»]MetAMOS[/intlink] ok
[intlink id=»1495″ type=»post»]mpiBLAST [/intlink] ok
[intlink id=»7686″ type=»post»]QIIME[/intlink] ok
[intlink id=»8019″ type=»post»]SPAdes[/intlink] ok ok
[intlink id=»5855″ type=»post»]structure [/intlink] ok
[intlink id=»7660″ type=»post»]TopHat [/intlink] ok
[intlink id=»7071″ type=»post»]Trinity[/intlink] ok
[intlink id=»7700″ type=»post»]USEARCH[/intlink] ok
[intlink id=»6055″ type=»post»]Velvet[/intlink] ok

Software de Visualización

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»5362″ type=»post»] Gaussview[/intlink] ok
[intlink id=»3528″ type=»post»] Maestro [/intlink] ok ok
[intlink id=»1275″ type=»post»] Molden[/intlink] ok ok
[intlink id=»1229″ type=»post»] NX client[/intlink] ok ok
[intlink id=»1353″ type=»post»] P4VASP [/intlink] ok ok
x2Go ok ok
[intlink id=»5514″ type=»post»] XCrysDen [/intlink] ok
[intlink id=»1261″ type=»post»] Xmakemol [/intlink] ok ok
[intlink id=»3550″ type=»post»] VMD [/intlink] ok ok

Otro Software

Katramila
(xeon,rh7,xeon20)
Guinness
(xeon,oxeon)
Kalk2017
(xeon,rh7,xeon28)
[intlink id=»1389″ type=»post»] GAP 4.4 [/intlink] ok
[intlink id=»5471″ type=»post»] Gretl [/intlink] ok
[intlink id=»1379″ type=»post»] HTK 3.4.1 [/intlink]
[intlink id=»1871″ type=»post»] NCL-NCAR [/intlink] ok
[intlink id=»1581″ type=»post»] OOMMF [/intlink] ok ok
[intlink id=»6864″ type=»post»] PHENIX [/intlink] ok
[intlink id=»8516″ type=»post»] SCIPION[/intlink] ok
[intlink id=»576″ type=»post»] STAR-CCM+ [/intlink] ok ok ok
[intlink id=»1875″ type=»post»] WRF 3.1 [/intlink] ok