Arina klusterra

 1. Informazio orokorra

      1.1. Kalkuluarko baliabideen laburpena

      1.2. Beste baliabideak

 2. Ezaugarriak (Xeon)

      2.1. GPGPUs nodoak

 3. Itanium nodoen ezaugarriak

      3.1. Xeonetan Instalatutako softwarea honakoa da:

 4. Ezaugarriak (itanium2)

      4.1. Itaniumetan Instalatutako softwarea honakoa da:

 5. Ezaugarriak (opteron)

      5.1. Opteronetan Instalatutako softwarea honakoa da:

 6. Diska sitemaren ezaugarriak

1. Informazio orokorra

1.1. Kalkuluarko baliabideen laburpena

Arinak 1400 kalkulu kores ditu 1112 Xeon koretan , 248 Itanium2 koretan eta 40 opteron koretan banatuta eta 16 y 128 GB nodo bakoitzeko bitarteko memoriarekin. 4 Xeon zerbitzariak 2 Nvidia Tesla txartelak dituzte bakoitzak. Bi errendimendu altuko fitxero sistema daude Lustren oinarritatuta 4.2 TBetatkoa eta 22 TBetakoa. Kalkulu nodo guztiak Infiniband latenzia txikiko eta banda zabaleko sarearen bitartzen konektatuta daude.

1.2. Beste baliabideak

Arinaren zerbitzariei, arina (intanium2) eta maiz (opteron), erabiltzaileak kanpotik konektatzen dira. Zerbitzaria ethernet sarea medio dago nodoei konektatua. Sare horren bitartez esportatzen da direktorioa /home nodo guztietara, NFS bidez. Gauero direktorioaren segurtasun-kopia egiten da /home. Nodoren batek/homen idazten badu, informazioa zerbitzarira bidali behar da NFS sarea (motela) medio. Horregatik, ez da komeni kalkuluak egiterakoan direktorio hori erabiltzea, hobe da kalkuluak nodo bakoitzeko tokiko diskoetatik bidaltzea. Horretarako, nodoek 36 edo 72 Gb-ko tokiko diskoa dute, /scratch direktorioarekin (kalkulu berezietarako 130 Gb-ko nodo bat dago). Ikusi ataleko ilaren sistema medio lanak nodora nola bidali ikusi ilara-sistema..

3 GB-eko diska kuota dago /homeean usuario bakoitzeko. Hortik aurrera edukiera fakturatu egingo da. Ikus hemen.

Nodoak ahalmen eta abiadura handiko Infiniband sarea medio daude konektatuta, kalkulua egiterakoan komunikatzeko.

Arinak 1112 Xeon kore ditu, 260 Itanium2 eta beste 40 Opteron. Lau zerbitzari erabili daitezke konektatzeko eta konpilatzeko: Arina eta Arinaz Itanium2 procesadoreekin eta prozesadore hauentzako programak konpilatzeko,Guinness Xeon procesadoreekin eta prozesadore hauentzako programak konpilatzeko eta Maiz opteron prozesadoreekin opteron nodoentzako programak konpilatzeko. Guztira 740 prozesadore (Kore) eta 4.7 eta 7.1 TB diska (gehi disko lokalak) daude.

2. Ezaugarriak (Xeon)

  • Cluster BullX sistema operatiboa, Red Hat Linux AS 5.
  • 464 Xeon 5420 korak 2.3 GHz-etara eta 648 Xeon 5645 koreak 2.4 GHz-etara.
  • 24 eta 96 GB RAM nodo bakoitzeko bitartean.
  • Infiniband QDR a 40 Gb/s eta latenzia txikiko sarea.
  • Konpilatzeko zerbitzari nagusia Guinness.

2.1. GPGPUs nodoak

GPGPU nodoak aurrekoa bezalakoak dira baina infiniband QDR konexio bikoitza dute eta Nvidia Tesla 20 kalkulura zuzendutako tartelak

  • Bi Tesla 20 C2050 txartelekin bi nodo
  • Bi Tesla 20 C2070 txartelekin bi nodo

Nodoen ezaugarri berariazkoak:

Kopurua Izena Mota Proc. Cores Abiadura RAM (GB) Diskoa (GB) Etiketa
1 Guinness Zerbitzaria 2 8 2.3 GHz 12
1 cn3 Nodoa 2 8 2.3 GHz 96 250 xeon8
17 cn4-cn20 Nodoa 2 8 2.3 GHz 24 250 xeon8
36 cn21-56, Nodoa 2 8 2.3 GHz 48 250 xeon8
4 cn57-60 gpu nodo 2 8 2.3 GHz 24 450 gpu
18 cn61-78 Nodoa 2 12 2.4 GHz 48 250 xeon12
1 cn79 Nodoa 2 12 2.4 GHz 96 250 xeon12
35 cn80-cn114 Nodoa 2 12 2.4 GHz 24 250 xeon12

Todos los nodos de cálculo tienen además la etiqueta xeon. Las etiquetas se usan para seleccionar nodos específicos si fuese necesario a la hora de calcular. Los procesadores Xeon tienen la misma arquitectura que los Opteron por lo que los programas compilados en Guinness con compatibles en los nodos Opteron.

3. Itanium nodoen ezaugarriak

  • Cluster HP Integrity Server Red Hat Linux AS 4 sistema operatiboarekin.
  • 248 Itanium2 koreak 1.3 y 1.6 GHz-etara.
  • 4 y 128 GB nodo bakoitzeko RAM memoria bitartean.
  • SDR y DDR a 20 y 10 Gb/s eta latenzia txikiko Infiniband sarea.
  • Konpilatzeko zerbitzaria: Maiz.

Ezaugarri berariazkoak:

Cantidad Nombre Tipo Proc. Cores Velocidad RAM (GB) Disco (GB) Etiqueta
1 Arina Servidor 2 4 1.6 GHz 8
1 Arinaz Servidor 2 2 1.3 GHz 2
5 cn01-10 Nodo 4 4 1.3 GHz 4 36 itanium4
3 cn11-14 Nodo 4 4 1.3 GHz 16 36 itanium4
3 cn15-18 Nodo 4 8 1.6 GHz 16 72 itanium8
8 cnd20-27 Nodo 4 8 1.6 GHz 16 550 itaniumb
14 cnd28-41 Nodo 4 8 1.6 GHz 32 550 itaniumb
1 cnd42 Nodo 4 8 1.6 GHz 128 550 itaniumb
1 cnd43 Nodo 4 8 1.6 GHz 64 550 itaniumb

Kalkulurako nodoen arteko infiniband QDR 40 GB/s-ko konexioa da.

Kalkulo nodo guztiek taulan agertzen den etiketaz gainera xeon etiketa dute. Etiketak nodo horiek aukeratzeko kalkulua egiterako oruan erabiltzen da, ikusi ilara-sistema.

Xeon eta Opteron prozesadoreak arkitektura berdina dute, beraz, Guinnessen konpilatutako programak Opteron nodoekin konpatibleak dira.

3.1. Xeonetan Instalatutako softwarea honakoa da:

Area Programas
Química Gaussian 09 Qsite Jaguar NWchem CPMD
Física Ab-Init BigDFT Siesta Espresso
Ingeniería StarCCM+
Bioquímica Gromacs Macromodel
Compiladores gnu Intel PGI
Librerias MKL FFTW GSL hdf5 netcdf

4. Ezaugarriak (itanium2)

Arina Clusterrak 280 Itanium2 prozesagailu (Kore) ditu, RedFat AS 4(4) sistema eragilearekin lanean. Guztia, Infiniband sare beten bitartez lotua dagoelarik.

Kopurua Izena Mota Proc. Cores Abiadura RAM (GB) Diskoa (GB) Etiketa
1 Arina Serbitzaria 2 4 1.6 GHz 8
1 Arinaz Serbizaria 2 2 1.3 GHz 2
10 cn01-10 Nodoa 4 4 1.3 GHz 4 36 itanium4
4 cn11-14 Nodoa 4 4 1.3 GHz 16 36 itanium4
4 cn15-18 Nodoa 4 8 1.6 GHz 16 72 itanium8
8 cnd20-27 Nodoa 4 8 1.6 GHz 16 550 itaniumb
14 cnd28-41 Nodoa 4 8 1.6 GHz 32 550 itaniumb
1 cnd42 Nodoa 4 8 1.6 GHz 128 550 itaniumb
1 cnd43 Nodoa 4 8 1.6 GHz 64 550 itaniumb

Kalkulurako nodoen arteko infiniband konexioa.

Kalkulo nodo guztiek taulan agertzen den etiketaz gainera itanium etiketa dute. Etiketak nodo horiek aukeratzeko kalkulua egiterako oruan erabiltzen da, ikusi ilara-sistema..

4.1. Itaniumetan Instalatutako softwarea honakoa da:

5. Ezaugarriak (opteron)

HP DL585 Server klustera 40 Opteron mikroporzesadoreekin eta Red Hat Linux AS 4 (update 4) sistema eragilearekin.

Lukuaren ezaugarri teknikoak:

Kopurua Izena Mota Proc. Cores Abiadura RAM (GB) Diskoa (GB) Etiketa
1 Maiz Serbitzaria 2 4 1.8 GHz 4
4 cno01-04 Nodoa 4 8 2.4 GHz 16 72 opteron
1 cno05 Nodoa 4 8 2.4 GHz 32 72 opteron

Kalkulurako nodoen arteko infiniband konexioa.

Etiketak nodo horiek aukeratzeko kalkulua egiterako oruan erabiltzen da, ikusi ilara-sistema..

5.1. Opteronetan Instalatutako softwarea honakoa da:

6. Diska sitemaren ezaugarriak

Noo bakoitzak dituen disko lokalez aparte (/scratch), Itanium eta Opteron nodoek HP-SFS diska sistema globala dute 4.7 TB-etako tamainarekin (Lustre teknologian oinarrituta dago) eta Xeon procesadoreak 7.1 TB-etako Lustre diska sistema bat. Lustre biltegi sistema oso eraginkorra da paralelon idazten baitu diska askotan.

  • Bere erabilira kalkuluetan erabiltzen diren aldi baterako fitxeroentzako da.
  • /gscratch bezala montatuta dago.
  • Bakarrik kalkulu nodoetatik idatzi/irakurri egin daiteke.
  • Fitzategi sistema bakarra da, hots, nodo guztiak direktorio bera ikuste dute.
  • Ez dira segurtasun kopiak egiten.
  • Oso egonkorra da eta erredundantea.

Bere erabilera gomendatzen dugu kasu hauetan

  • Programak asko idazten edo irakurtzen du.
  • Fitxeroak oso handiak dira disko localak erabili ahal izateko, gutxi gorabehera 8 GB erabilitako cpu bakoitzagatik.
  • Kalkulu bateko nodoak fitxero bera erabili behar badute, adibidez MPI lanak zenbait nodoetan.
Esta entrada fue publicada en Arina @eu, Baliabide Konputazionalak. Guarda el enlace permanente.