Nola bidali NWchem

 1. send_nwchem

 2. Qsub interaktiboa

 3. Lanen jarraipena

      3.1. Adibideak

 4. ECCE 4.0.2

 5. Informazio gehiago

1. send_nwchem

send_nwchem komandoa erabili daiteke lanak kolara bidaltzeko. Usage:

send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [“Other queue options”]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

job1 lana, itaniumb nodo batean eta 4 prozesadoretan bidalzteko:

send_nwchem job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
    job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 8 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu.
send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
    job2 lana 4 nodo 4 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako Ram memroia eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.
send_nwchem job2 32 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_nwchem aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -2 edo nodo gehiago erabiliz gero- kopiatuko du, kalkulua bertan burutuko da. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera

2. Qsub interaktiboa

Exekutatzen bada

qsub

qsub interaktiboan sartuko gara eta galdera batzuk egingo dizkizu

3. Lanen jarraipena

send_nwchem edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:¡
remote_vi:gvim erabiliz, nwchem kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_molden: moldenl erabiliz, siesta kalkuluaren *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol: xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.md.xyz fitxategia irekiko digu.
remote_qmde: xmgrace programarekin dinamika molekularra egiten ari den NWchem kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik.

3.1. Adibideak

remote_vi 1243
remote_xmakemol 2390
remote_molden 2390
remote_qmde 3432

4. ECCE 4.0.2

(Extensible Computational Chemistry Environment) NWchem talde bera garatutako programa (ECCE Homepage). Grafikoki NWchem, Gaussian eta beste kimika kuantikako programentzako inputak sortzeko da. Erabiltzeko exekutatu:ecce &Maiz-etik erabiltzea gomendatzen dizuegu  erabiliz.

5. Informazio gehiago

NwChem web eskuliburua.

Kategoria: F.A.Q. @eu, Lanak Bidaltzeko. Gorde lotura.