Gamess es un paquete de qu\u00edmica computacional con varios m\u00e9todos para calcular propidedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecanico-cu\u00e1nticas estandar para las funciones de onda o la densidad electr\u00f3nica. La versi\u00f3n 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada en el cluster. En estos momentos, se podran ejecutar los trabajos de gamess en v\u00e1rios nodos,\u00a0con 8 o m\u00e1s procesadores<\/strong>.<\/p>\n Para mandar trabajos de gamess<\/strong> a la cola, recomendamos el uso del comando\u00a0send_gamess<\/strong>. Este comando preparar\u00e1 script de TORQUE y lo enviar\u00e1 a la cola. El el *.log se mantendr\u00e1 en el \/scratch del nodo de remoto.<\/p>\n donde:<\/p>\n Enviar\u00e1 el trabajo ti3_cor en 1 nodo, con 8 procesadores, 90 horas de duraci\u00f3n y 4Gb de memoria RAM.<\/p>\n Enviar\u00e1 el trabajo ti3_cor en 4 nodos con 4 procesadoeres que tengan la propiedad itanium4, 4gb de RAM. El tiempo solicitado son 23 horas, y nos enviar\u00e1 un email al inicio y final del c\u00e1lculo. Por otra parte este trabajo no empezar\u00e1 hasta que termine el trabajo 4827.<\/p>\n Para poder visualizarlo, tenemos disponibles las herramientas<\/p>\n Para relaizar el seguimiento del trabajo existen las herramietas remote_vi y remote_molden. Su uso el el siguiente:<\/p>\n donde 2341(\/.arinab) es el identificador del trabajo en la cola.<\/p>\n Tambi\u00e9n se puede lanzar gamess con el comando [intlink id=\u00bb233″ type=\u00bbpost\u00bb]qsub interactivo[\/intlink].<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Informaci\u00f3n General Gamess es un paquete de qu\u00edmica computacional con varios m\u00e9todos para calcular propidedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecanico-cu\u00e1nticas estandar para las funciones de onda o la densidad electr\u00f3nica. La versi\u00f3n 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada en el cluster. En estos momentos, se podran ejecutar los trabajos de gamess en v\u00e1rios … Seguir leyendo Como Mandar Gamess<\/span> Comando send_gamess<\/h2>\n
Modo de Uso\u00a0del comando send_gamess :<\/h3>\n
send_gamess trabajo num_nodos num_proc tiempo MEM (opciones del TORQUE) <\/code><\/p>\n\n\n
\n trabajo:<\/strong><\/tt><\/td>\n es el nombre del input de gamess sin la extensi\u00f3n (*.com).<\/td>\n<\/tr>\n \n cola o tiempo:<\/strong><\/tt><\/td>\n se puede indicar la cola a la que se quiere mandar el c\u00e1lculo o el tiempo en formato (hh:mm:ss).<\/td>\n<\/tr>\n \n num_nodos:<\/strong><\/tt><\/td>\n el n\u00famero de nodos que se quiere usar.<\/td>\n<\/tr>\n \n num_proc:<\/strong><\/tt><\/td>\n el n\u00famero de procesadores que se quiere usar. M\u00e1ximo 8. Es posible a\u00f1adir propiedades de los nodos, por ejemplo 8:itaniumb<\/td>\n<\/tr>\n \n mem:<\/strong><\/tt><\/td>\n La memoria en Gb. Si no se especifica, el valor por defecto es nproc*900mb.<\/td>\n<\/tr>\n \n (opciones del TORQUE)<\/strong><\/tt><\/td>\n Opciones avanzadas que se quieren pasar al gestros de colas TORQUE.\u00a0[intlink id=\u00bb244″ type=\u00bbpost\u00bb]M\u00e1s informaci\u00f3n sobre estas opciones[\/intlink]<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n Ejemplos:<\/h3>\n
send_gamess ti3_cor 1 8 90:00:00 4<\/code><\/p>\nsend_gamess ti3_cor 4 8 190:00:00 16<\/code>
\nEnviar\u00e1 el trabajo ti3_cor en 4 nodos, y 8 procs en cada nodo, solicitando 190 horas y 16gb de memoria RAM.<\/p>\nsend_gamess ti3_cor 4 4:itanium4 23:00:00 4 ``-m be -M niris@ehu.es -W depend=afterany:4827''<\/code><\/p>\nSeguimiento del C\u00e1lculo<\/h3>\n
remote_vi 2341<\/code>
\no
\nremote_vi 2341.arinab<\/code><\/p>\nqsub\u00a0interactivo<\/h2>\n