{"id":1167,"date":"2008-09-10T15:28:54","date_gmt":"2008-09-10T13:28:54","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/Arina\/?p=1167"},"modified":"2022-09-20T23:39:41","modified_gmt":"2022-09-20T21:39:41","slug":"como-mandar-siesta","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/arina_es\/mandar-trabajos\/como-mandar-siesta","title":{"rendered":"C\u00f3mo mandar trabajos de Siesta"},"content":{"rendered":"

C\u00f3mo mandar trabajos de siesta<\/h2>\n

Existen 3 posibilidades.<\/p>\n

    \n
  1. Con el comando send-siesta<\/code>.<\/li>\n
  2. Con el comando qsub<\/code> en interactivo.<\/li>\n
  3. Con un scrtip tradicional para qsub<\/code>.<\/li>\n<\/ol>\n

    Comando send_siesta<\/h2>\n

    Si se ejecuta send_siesta muestra una ayuda de como ejecutarse. El modo de mso del comando send_siesta es el siguiente:<\/p>\n

    send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [``Other queue options'']<\/code><\/p>\n\n\n\n\n\n\n\n\n
    JOBNAME:<\/tt><\/td>\nNombre del input de siesta sin extensi\u00f3n.<\/td>\n<\/tr>\n
    NODES:<\/tt><\/td>\nN\u00famero de nodos.<\/td>\n<\/tr>\n
    PROCS:<\/tt><\/td>\nN\u00famero de procesadores por nodo.<\/td>\n<\/tr>\n
    TIME:<\/tt><\/td>\nTiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.<\/tt><\/td>\n<\/tr>\n
    MEM:<\/tt><\/td>\nmemoria en Gb y sin especificar la unidad.<\/td>\n<\/tr>\n
    [``Other queue options'']<\/tt><\/td>\nExiste la posibilidad de pasar m\u00e1s variables al sistema de colas. M\u00e1s informaci\u00f3n sobre estas opciones<\/a><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

    El comando send_siesta<\/code> o qsub<\/code> interactivo copia el contenido del directorio desde el que se lanza al \/scratch<\/tt> o \/gscratch<\/tt> -si se usan 2 o m\u00e1s nodos-. Y es all\u00ed donde realiza el c\u00e1lculo.<\/p>\n

    Ejemplos<\/strong><\/p>\n

    Mandamos Siesta con el input job1.fdf a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo tipo itaniumb, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:<\/p>\n

    send_siesta job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1<\/pre>\n
    Mandamos Siesta con el input job3.fdf a 2 nodos, 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 60 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute despu\u00e9s del trabajo 1234.arinab:<\/p>\n
    send_siesta job3 2 4 60:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''<\/pre>\n
    Mandamos Siesta con el input job3.fdf a 1 nodo y 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 400 horas, 15 GB de RAM y que nos env\u00ede un email al inicio y final del c\u00e1lculo a la direci\u00f3n especificada.<\/p>\n
    send_siesta job3 1 4 400:00:00 15 ``-m be -M mi.email@ehu.es''<\/pre>\n
     <\/p>\n
    qsub interactivo<\/h2>\n
    Ejecutamos<\/p>\n
     qsub<\/pre>\n
    sin argumentos y respondemos a las preguntas.<\/p>\n
    qsub tradicional<\/h2>\n
    Tambi\u00e9n existe la posibilidad de mandar siesta de la forma cl\u00e1sica<\/strong>, donde el usuario se cr\u00e9a su script de PBS. Hay ejemplos en este link. Hay que a\u00f1adir al script la orden:<\/p>\n
    \/software\/bin\/siesta\/siesta_mpi < input.fdf > log.out<\/pre>\n
    Monitorizaci\u00f3n de los c\u00e1lculos<\/h2>\n
    Para facilitar el seguimiento y\/o control<\/strong> de los c\u00e1lculos, existen las suiguientes herramientas si ha sido enviado usando send_siesta<\/tt> o qsub en interactivo:<\/p>\n