Wien2k requiere de un fichero especial. Los scripts se env\u00edan al sistema de colas con el comando<\/p>\n
qsub script_file<\/tt><\/p>\n
script_wien<\/a> de script que ejecuta el programa run_lapw en paralelo es<\/p>\n Las l\u00edneas que comienzan con\u00a0#PBS<\/tt> son \u00f3rdenes para el gestor de colas que seleccionan:<\/p>\n nodes<\/tt>: N\u00famero de nodos en los que se va a ejecutar el programa (ejemplo [val]=2).<\/p>\n ppn<\/tt>: N\u00famero de microprocesadores por nodo que va a usar el programa (ejemplo [val]=4).<\/p>\n mem<\/tt>: Memoria RAM reservada para el c\u00e1lculo, medida en mb o gb (ejemplo: [val]=100mb).<\/p>\n walltime<\/tt>: Tiempo de microprocesador reservado en formato hh:mm:ss (ejemplo: [val]=24:00:00).<\/p>\n En el script la variable\u00a0$USER<\/tt> devuelve el nombre del usuario,\u00a0$PBS_O_WORKDIR<\/tt> el directorio de trabajo desde donde se ejecuta el comando\u00a0qsub<\/tt> y\u00a0$PBS_JOBID<\/tt> el n\u00famero de identificaci\u00f3n del trabajo.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Wien2k requiere de un fichero especial. Los scripts se env\u00edan al sistema de colas con el comando qsub script_file script_wien de script que ejecuta el programa run_lapw en paralelo es #!\/bin\/bash #PBS -l nodes=[val]:ppn=[val] #PBS -l walltime=[val] #PBS -l mem=[val] # Vamos a nuestro home cd $PBS_O_WORKDIR #Creamos el fichero .machines cat $PBS_NODEFILE |cut -c1-6 … Seguir leyendo Como Mandar Wien2k<\/span> #!\/bin\/bash\r\n#PBS -l nodes=[val]:ppn=[val]\r\n#PBS -l walltime=[val]\r\n#PBS -l mem=[val]\r\n\r\n# Vamos a nuestro home\r\ncd $PBS_O_WORKDIR\r\n\r\n#Creamos el fichero .machines\r\ncat $PBS_NODEFILE |cut -c1-6 >.machines_current\r\naa=$(wc -l .machines_current |cut -d \" \" -f 1)\r\necho '#' > .machines\r\n\r\ni=1\r\nwhile [ $i -le $aa ];do\r\necho -n '1:' >>.machines\r\nhead -$i .machines_current |tail -1 >> .machines\r\nlet i=i+1\r\ndone\r\necho 'granularity:1' >>.machines\r\necho 'extrafine:1' >>.machines\r\n\r\n#Nuestro directorio de scratch\r\nscrt=\/scratch\/$USER\/$(echo $PBS_O_WORKDIR |xargs basename)\r\noutdir=bukatuta_$PBS_JOBID\r\nexport SCRATCH=$scrt\/scratch\r\n\r\n#Creamos el directorio\r\nmkdir $scrt\r\nmkdir $scrt\/scratch\r\n\r\n#Copiamos los archivos al directorio scratch\r\n#Usaremos cp -r $scrt para copiar tambi\u00c3\u00a9n subdirectorios.\r\ncp $PBS_O_WORKDIR\/* $scrt\r\ncp .machines $scrt\r\n\r\n#Nos movemos de directorio\r\ncd $scrt\r\n\r\n#Ejecutamos WIEN2k en paralelo\r\nrun_lapw -p\r\n#Movemos los archivos finales\r\nmkdir $PBS_O_WORKDIR\/$outdir\r\nmv -f $scrt\/* $PBS_O_WORKDIR\/$outdir\r\nmv -f $scrt\/.machines $PBS_O_WORKDIR\/$outdir\r\n\r\n#Borramos el directorio\r\nrmdir $scrt\r\nrm .??*<\/pre>\n