{"id":1493,"date":"2010-09-15T15:52:02","date_gmt":"2010-09-15T13:52:02","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/Arina\/?p=1493"},"modified":"2012-01-26T16:08:32","modified_gmt":"2012-01-26T14:08:32","slug":"blast2go","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/blast2go","title":{"rendered":"Blast2GO"},"content":{"rendered":"<h2>Informaci\u00f3n general<\/h2>\n<p>Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Est\u00e1 instalada la versi\u00f3n 2.5.<\/p>\n<h2>C\u00f3mo usar Blast2GO<\/h2>\n<p>Si se ejecuta en Maiz, P\u00e9ndulo o Guinness<\/p>\n<pre>blast2go<\/pre>\n<p>se ejecuta la versi\u00f3n gr\u00e1fica que se conecta por red a las bases de datos de Blas2GO. No obstante,\u00a0<strong>s\u00f3lo en los nodos opteron y xeon<\/strong> hemos instalado localmente las bases de datos y para poder realizar c\u00e1lculos de forma muy eficiente.<\/p>\n<p>Para calcular en en los nodos basta incluir en el script de\u00a0Torque:<\/p>\n<pre>\/software\/bin\/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties<\/pre>\n<p>o con las opciones deseadas y haber configurado correctamente el fichero <code>b2Pipe.properties<\/code>. Una plantilla de b2gPipe.properties la pod\u00e9is copiar desde<\/p>\n<pre>cp \/software\/b2g4pipe\/b2gPipe.properties .<\/pre>\n<p>Para acceder a las bases de datos locales configurar en el fichero <code>b2gPipe.properties<\/code> a trav\u00e9s de la interfaz gr\u00e1fica de Blast2GO (tools -&gt; DB configuration) o edit\u00e1ndolo directamente con los siguientes datos.<\/p>\n<pre>\/\/ GO and B2G-Mapping Database\r\nDbacces.dbhost=localhost\r\nDbacces.dbname=b2g\r\nDbacces.dbuser=blast2go\r\nDbacces.dbpasswd=blast4it<\/pre>\n<p>Es necesario incluir la etiqueta opteron para dirigir el c\u00e1lculo a estos nodos y es un programa que se ejecuta en serie, es decir:<\/p>\n<pre>#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron<\/pre>\n<p>Si se desea actualizar o incluir alguna base de datos localmente contactar con los\u00a0<a href=\"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\" target=\"_blank\">t\u00e9cnicos<\/a>.<\/p>\n<h2>M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n<p>Tambi\u00e9n est\u00e1 instalada la versi\u00f3n paralela de BLAST\u00a0[intlink id=\u00bb1495&#8243; type=\u00bbpost\u00bb]mpiBLAST[\/intlink].<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/www.blast2go.org\/_media\/b2g_tutorial_23062009.pdf?id=downloads&amp;cache=cache\" target=\"_blank\">Tutorial de Blast2GO<\/a>.<\/p>\n<p>M\u00e1s informaci\u00f3n en la p\u00e1gina web de\u00a0<a href=\"http:\/\/www.blast2go.org\/\" target=\"_blank\">Blast2GO<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Informaci\u00f3n general Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Est\u00e1 instalada la versi\u00f3n 2.5. C\u00f3mo usar Blast2GO Si se ejecuta en Maiz, P\u00e9ndulo o Guinness blast2go se ejecuta la versi\u00f3n gr\u00e1fica que se conecta por red a las bases de datos de Blas2GO. &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/software-de-calculo\/blast2go\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">Blast2GO<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[176,3],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1493"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1493"}],"version-history":[{"count":15,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1493\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1503,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1493\/revisions\/1503"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1493"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1493"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1493"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}