mpiBlAST es una versi\u00f3n paralela de blast<\/a> que permite su ejecuci\u00f3n paralela en muchos nodos. Est\u00e1 instalada la versi\u00f3n 1.6.0. Compara secuencias de nucle\u00f3tidos o prote\u00ednas con bases de datos y para estudiar relaciones funcionales y evolutivas as\u00ed como identificar miembros de familas de genes.<\/p>\n Por razones de rendimiento no se ha instalado en los Itanium.<\/p>\n En nuestras pruebas falla si el fichero de secuencias tiene secuencias de m\u00e1s de aprox\u00edmadamente 3150 bp.<\/p>\n mpiBLAST est\u00e1 basado en la antigua versi\u00f3n de blast y usa la sint\u00e1xis antigua. Puedes verla en este link<\/a>.<\/p>\n El Servicio tiene instaladas varias bases de datos para uso compartido, consulta con los t\u00e9cnicos<\/a> para m\u00e1s informaci\u00f3n. Si quieres actualizar o instalar m\u00e1s bases de datos contacta con los t\u00e9cnicos<\/a> para evitar copias m\u00faltiples innecesarias.<\/p>\n Para enviar trabajos al sistema de colas recomendamos el uso del comando<\/strong><\/p>\n Este comando realiza una serie de preguntas y permite lanzar mpiBLAST o el BLAST normal, as\u00ed como trocear el fichero de datos orginal para paralelizar sobre los datos o ajustar el tiempo de ejecuci\u00f3n a P\u00e9ndulo.<\/p>\n Tambi\u00e9n puedes crear t\u00fa propio script de [intlink id=\u00bb19″ type=\u00bbpost\u00bb]Torque[\/intlink] incluyendo esta l\u00ednea.<\/p>\n Por ejemplo, para usar blastx con la base de datos nr<\/em> y obtener los resultados en formato XML y luego poder usarlos con [intlink id=\u00bb1493″ type=\u00bbpost\u00bb]Blast2GO[\/intlink]:<\/p>\n Para tener un script de ejemplo puedes ejecutar un vez Es recomendable usar el flag Es necesario formatear la base de datos en fragmentos y asignar un fragmento a cada core (cpu). Recomendamos usar las bases de datos instaladas por los t\u00e9cnicos<\/strong>. Para fomatear las bases de datos nr<\/em> en 6 trozos por ejemplo, est\u00e1 el comando:<\/p>\n El n\u00famero de cores a solicitar para el c\u00e1lculo con mpiBLAST a de ser igual al n\u00famero de fragmentos de la base de datos m\u00e1s dos, en este caso solicitar\u00edamos 8 cores.<\/p>\n mpiBLAST escala muy bien. Hemos realizado unos test y benchmark que nos puede servir para predecir el uso de memoria y cpu de los c\u00e1lculos, que hemos plasmado en el informe sobre el rendimiento de mpiBLAST<\/a><\/strong>.<\/p>\n <\/p>\n Para preparar los c\u00e1lculos puede ser muy instructivo el informe sobre rendimiento de mpiBLAST<\/a>. Tambi\u00e9n hemos comparado mpiBLAST con el BLAST normal de NCBI y gpuBLAST. Se pueden encontrar los resultados en el blog del Servicio<\/a>.<\/p>\n Para m\u00e1s informaci\u00f3n p\u00e1gina web de mpiBLAST<\/a>. Aqu\u00ed se pueden encontrar manuales y tutoriales.<\/p>\n Tambi\u00e9n est\u00e1 instaldado [intlink id=\u00bb1493″ type=\u00bbpost\u00bb]Blast2GO[\/intlink].<\/p>\n Informe sobre el rendimiento de mpiBLAST<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Informaci\u00f3n general mpiBlAST es una versi\u00f3n paralela de blast que permite su ejecuci\u00f3n paralela en muchos nodos. Est\u00e1 instalada la versi\u00f3n 1.6.0. Compara secuencias de nucle\u00f3tidos o prote\u00ednas con bases de datos y para estudiar relaciones funcionales y evolutivas as\u00ed como identificar miembros de familas de genes. Por razones de rendimiento no se ha instalado … Seguir leyendo mpiBLAST<\/span> Bases de datos<\/h2>\n
C\u00f3mo ejecutar<\/h2>\n
send_blast<\/pre>\n
\/software\/bin\/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats<\/pre>\n
\/software\/bin\/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml<\/pre>\n
send_blast<\/code>. Tambi\u00e9n tenemos programas para facilitar el uso de BLAST, consulta con los t\u00e9cnicos.<\/p>\n-use-virtual-frags<\/code> para que no realice una copia local de la base de datos, esta se cargar\u00e1 \u00edntegramente en memoria. Para P\u00e9ndulo, que tiene poca memoria por nodo, es importante saber cuanta memoria va a necesitar nuestro c\u00e1lculo para que entre perf\u00e9ctamente (ver informe sobre rendimiento<\/a>).<\/p>\n\/software\/bin\/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T<\/pre>\n
Rendimiento<\/h2>\n
M\u00e1s informaci\u00f3n<\/h2>\n