mpiBLAST blast<\/a>-en\u00a0\u00a0bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko.<\/p>\n Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu.<\/p>\n Ikusi dugu kale eginten duela 1350 bp baino gehiago dituzten sekuentzietan.<\/p>\n mpiBLAST BLASTeko bertsio zaharrean oinarrituta dago eta sintaxi zaharra erabiltzen du,\u00a0 esteka honetan<\/a> eskuragarri dago.<\/p>\n Serbitzuak hainbat base datuak instalatuta ditu, kontsultatu teknikariekin<\/a>. Data baseren bat eguneratu edo instalatu nahi baduzu jar zaitez harremanetan\u00a0teknikariekin <\/a> behar ez diren kopiak ez edukitzeko.<\/p>\n Lanak kola sistemara bidaltzeko gomendatzen dizuegu<\/strong><\/p>\n komandoa. Galdera batzuen bidez mpiBLAST edo BLAST arrunta bidali dezake, sekuentzien fitxeroa zatitu dezake paralelizatzeko datuetan eta hainbat gauza.<\/p>\n Zure [intlink id=\u00bb661″ type=\u00bbpost\u00bb]Torqueko[\/intlink]\u00a0skriptetan exekutatu nahi baduzu honakoa gehitzea nahikoa da:<\/p>\n Adibidez, blastx erabiltzeko\u00a0nr<\/em> base datuarekin eta emaitzak XMLn lortzeko eta\u00a0[intlink id=\u00bb1511″ type=\u00bbpost\u00bb]Blast2GO[\/intlink]rekin gero erabiltzeko honako agindua erabili beharko litzateke:<\/p>\n Beharrezkoa da data basea formateatzea zatitan eta kore (cpu) bakotzari zati bat ematea. Adibidez,\u00a0nr<\/em> data basea 6 zatitan formateatzeko erabili:<\/p>\n mpiBLAST kalkulorako eskatu behar diren kore kopurua data basearen zatiak gehi bi izan behar da, kasu honetan 8 kore adibidez.<\/p>\n mpiBLAST oso ondo eskalatzen du. Test eta benchmark batzuk egin ditugu memoriaren ta cpuren erabilera aurreikusteko ondorengo\u00a0mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean<\/a><\/strong>.<\/p>\n Kalkuluak prestatzeko lagungarri izan daiteke errendimenduari buruzko txostena<\/a>. Konparatu dugu ere mpiBLAST, NCBIko BLAST normalarekin eta gpuBLASTarekin, emaitzak Zerbitzuko blogean<\/a> aurkitzen dira.<\/p>\n mpiBLASTeko web orrialdea<\/big><\/a>. Hemen manualak eta tutorialak topatu ditzazkezu. <\/strong>mpiBLAST errendimenduari buruzko txostenean<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Informazio orokorra mpiBLAST blast-en\u00a0\u00a0bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko. Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan instalatu. Ikusi dugu kale eginten duela 1350 bp baino gehiago dituzten sekuentzietan. mpiBLAST BLASTeko bertsio … Seguir leyendo mpiBLAST<\/span> Base datuak<\/h2>\n
Nola erabili<\/h2>\n
send_blast<\/pre>\n
\/software\/bin\/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats<\/pre>\n
\/software\/bin\/mpiblast -output-search-stats -use-virtual-frags -use-parallel-write -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml<\/pre>\n
send_blast<\/code> behin exekutatu dezakezue adibide script bat lortzeko. Gomendagarria da\u00a0-use-virtual-frags<\/code> aukera erabiltzea data basearen kopia lokal bat egin ez dadin, hau memorian kargatuko da. Penduloko nodoak memoria gutxi dute eta garrantzitsua da jakitea zenbat memoria erabiliko duen kalkulua zuzen exekutatzeko (ikus\u00a0mpiBLAST errendimenduari buruzko txostena<\/a>).<\/p>\n\/software\/bin\/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T<\/pre>\n
Errendimendua<\/h2>\n
Informazio gehiago<\/h2>\n
\n[intlink id=\u00bb1511″ type=\u00bbpost\u00bb]Blast2GO[\/intlink]\u00a0ere instalatuta dago zerbitzuko makinetan.<\/p>\n