{"id":1511,"date":"2010-09-15T15:59:20","date_gmt":"2010-09-15T13:59:20","guid":{"rendered":"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\/Arina\/?p=1511"},"modified":"2012-01-26T16:08:05","modified_gmt":"2012-01-26T14:08:05","slug":"blast2go-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/kalkulu-softwarea\/blast2go-2","title":{"rendered":"Blast2GO"},"content":{"rendered":"<h2>Informazio orokorra<\/h2>\n<p>Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago.<\/p>\n<h2>Nola exekutatu<\/h2>\n<p>Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada<\/p>\n<pre>blast2go<\/pre>\n<p>bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere,\u00a0<strong>[intlink id=\u00bb939&#8243; type=\u00bbpage\u00bb]opteron edo xeon[\/intlink]\u00a0nodoetan, eta bakarrik hauetan,<\/strong> data baseak lokalki instalatu ditugu kalkuluak oso era eraginkorran egin ahal izateko.<\/p>\n<p>Nodoetan kalkulatzeko nahikoa da\u00a0[intlink id=\u00bb661&#8243; type=\u00bbpost\u00bb]Torqueko[\/intlink]\u00a0skripetan gehitzea:<\/p>\n<pre>\/software\/bin\/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties<\/pre>\n<p>edo nahi diren opzioekin eta\u00a0<code>b2gPipe.properties<\/code> fitxeroa zuzen konfiguratzea. <code>B2gPipe.properties<\/code> adibide fitxero bat kopiatu dezakezue<\/p>\n<pre>cp \/software\/b2g4pipe\/b2gPipe.properties .<\/pre>\n<p>Lokalean instalatutak dauden data baseetara konektatzeko\u00a0<code>blast2go.properties<\/code> fitxeroa konfiguratu behar da interfaz grafikoarekin (tools -&gt; DB configuration) edo zuzenean editatuz datu hauekin:<\/p>\n<pre>\/\/ GO and B2G-Mapping Database\r\nDbacces.dbhost=localhost\r\nDbacces.dbname=b2g\r\nDbacces.dbuser=blast2go\r\nDbacces.dbpasswd=blast4it<\/pre>\n<p>Beharrezkoa da opteron etiketa erabiltzea kalkulua nodo hauetara bideratzeko eta seriean exekutatzen dan programa bat da, adibidez:<\/p>\n<pre>#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron<\/pre>\n<p>Data baseren bat instalatu edo eguneratu nahi bada jar zaitez harremanetan\u00a0<a href=\"http:\/\/www.ehu.es\/sgi\" target=\"_blank\">teknikariekin<\/a>.<\/p>\n<h2>Informazio Gehiago<\/h2>\n<p>BLASTeko\u00a0[intlink id=\u00bb1507&#8243; type=\u00bbpost\u00bb]mpiBLAST[\/intlink]\u00a0bertsio paraleloa ere instalatuta dago.<\/p>\n<p><a href=\"http:\/\/www.blast2go.org\/_media\/b2g_tutorial_23062009.pdf?id=downloads&amp;cache=cache\" target=\"_blank\">Blast2GOko tutoriala<\/a>.<\/p>\n<p>Informazio gehiago\u00a0<a href=\"http:\/\/www.blast2go.org\/\" target=\"_blank\">Blast2GO web orrialdea<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Informazio orokorra Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago. Nola exekutatu Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada blast2go bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko data baseetara konektatzen da. Hala ere,\u00a0[intlink id=\u00bb939&#8243; type=\u00bbpage\u00bb]opteron edo xeon[\/intlink]\u00a0nodoetan, eta bakarrik hauetan, data baseak &hellip; <a href=\"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/kalkulu-softwarea\/blast2go-2\" class=\"more-link\">Seguir leyendo <span class=\"screen-reader-text\">Blast2GO<\/span> <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_links_to":"","_links_to_target":""},"categories":[66],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1511"}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1511"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1511\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1515,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1511\/revisions\/1515"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1511"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1511"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.ehu.eus\/sgi\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1511"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}